Майя молились богине деторождения Иксчель, трепетали перед образом покровителя смерти Ах-Пуч, а лихорадки, желтуху и кровавый понос относили к проделкам обезьян, в иерархии пантеона считавшихся низшими созданиями. У некоторых племен здоровьем распоряжался всесильный Маниту. Самый многочисленный сонм богов был у ацтеков. Преемники майя предоставили каждому небожителю узкий круг обязанностей, в том числе связанных с врачеванием. Бог дождя Тлалок насылал простуды, язвы, болезни суставов. Тзапотлатена знала тайны приготовления лекарственных средств. Ксипетотек портил людям кожу, ослеплял, а нежная богиня любви Ксочикетзаль могла наделить неверного любовника бубоном или кожной сыпью. Особо почиталась богиня деторождения Тласолтеотль. Инки считали главным божеством покровителя трупов Тотема Вари. Добрый бог Мамакоча почитался у них как покровитель здоровья и защитник от всяких недугов. Сын бога солнца Имайяну владел секретом лечебных трав и делился им со знахарями.
Погребениям знатных персон сопутствовали пышные ритуалы с жертвоприношениями и бальзамирование трупов. Майя и ацтеки применяли простейший способ, состоящий в высушивании трупа, когда терялась форма мягких частей.
Более просвещенные инки знали химические методы сохранения тела, используя их для мумификации правителей и самых знатных особ. Анатомирование производилось подобно тому, как это делали египтяне: вначале вскрывалась брюшная полость, затем разрезалась диафрагма и вынимались внутренности. Мозг извлекался через большое отверстие в затылочной части черепа. Труп обрабатывался бальзамирующим веществом под названием «толу». В его состав входили древесная смола, перуанский бальзам, соли, алкалоиды (азотсодержащие соединения), ментол, танин, а также другие продукты местной флоры.
В сухих прохладных пещерах, где обычно устраивались гробницы, мумификация происходила сама собой. В южноамериканской культуре Паракас погребения устраивались в склепах, где вместе с мумией оставался богатый инвентарь.
Склепы представляли собой высокие подземные пещеры с множеством помещений. Чистый, холодный воздух высокогорных гробниц также способствовал длительному сохранению трупов. Во время религиозных праздников мумии выносили на главную площадь столицы, с тем чтобы сменить им истлевшее платье и вновь украсить драгоценностями. Резкая смена температур способствовала разложению трупа, а распространение продуктов гниения влекло за собой массовые заболевания.
Упоминания об эпидемиях встречались во многих медицинских текстах, но не всегда связывались с религиозным культом. Заразная болезнь, сопровождавшаяся приступами лихорадки, анемией, рвотой и поносом, унесла жизни многих обитателей континента. Назвав ее малярией (от исп. mal aires — «дурной воздух»), конкистадоры были недалеки от истины, указав в качестве вероятной причины недуга плохой климат.
Ацтеки имели четкие представления о строении человеческого организма. Столь совершенные познания они почерпнули, исполняя жестокий ритуал жертвоприношения, во время которого у живых людей вскрывали грудную клетку и вынимали сердце, а черепа складывали горой рядом с храмом почитаемого божества. Традициями ацтеков не предусматривалось приносить в жертву своих соплеменников. Богам отдавали пленников, захваченных во время ежегодных «отборных войн». В 1519 году пирамида перед святилищем в Теночтитлане состояла из 6 2000 черепов.
Индейцы майя практиковали ритуальные убийства крайне редко, совершая их в исключительных случаях. Однако они не менее почтительно относились к смерти, часто совершая пагубное членовредительство, чтобы задобрить разгневанное божество. Обнаруженные археологами трепанированные черепа имели большие квадратные отверстия в затылочной части. Удивительно, что после такой процедуры выживало до 60 процентов прооперированных. Это подтверждает наличие костной мозоли по краям отверстия, которое часто закрывалось золотыми пластинами. Впрочем, трепанация производилась не только в ритуальных целях. Операция вскрытия черепа помогала спасти жизнь человеку, получившему ранение в голову, приносила облегчение при воспалительном процессе в костной ткани и сифилитических язвах.
В качестве хирургического инструмента инки использовали нож туми. Его изготавливали из золота, серебра, меди или обсидиана. Ручка украшалась резьбой или миниатюрной фигуркой бога. Пациенты индейских хирургов не страдали от боли. Анестезия (полная потеря чувствительности) достигалась действием растений, обладающих наркотическим свойством. Так, настой сока кактуса погружал человека в сон на несколько суток. Обезболивающие средства жителей Америки поразили европейцев, в то время не имевших представления о наркозе.