Диагностика у индейцев в равной мере основывалась на магических и естественных понятиях о причине болезни. Относя недуг к действию небесных сил, они принимали во внимание влияние природы и образ жизни самого больного. Анатомический словарь инков включал в себя около 60 терминов; майя — более 150; ацтеки обозначали органы человеческого тела, используя несколько сотен слов. Примерно такое же соотношение было в обозначении болезней и симптоматики. Инки называли 70 недугов, а майя — 200. Последние четко именовали заболевания полости рта, глотки, желудка, почек, сердца. Различали 3 вида поноса: кровавый; жидкий стул, напоминающий дизентерийный; холерный. Своеобразное обозначение имелось для туберкулеза, запора, кишечной и почечной колики, одышки, кровотечения, болезненного мочеиспускания, лихорадочных состояний. Врачеватели майя умели распознавать респираторные заболевания (насморк, воспаление носоглотки, кашель) и устранять последствия проклятия Ксочикетзаль: лекари определяли первичный шанкр, бубон и 5 форм кожных проявлений сифилиса.
Медики майя относились к жреческому сословию. Именуя себя ахмен, они хранили свои знания в тайне, передавая их только сородичам. Среди лекарей ацтеков существовало четкое разделение по специальностям. Знахари, называемые тиситль и тепатиани, занимались траволечением. Тламатки помогали роженицам. Тезок делали кровопускание. Науали ставили диагноз и определяли порядок терапии, ориентируясь на положение небесных светил. В кодексах назывались имена искусных зубоврачевателей, кровопускателей, своеобразных офтальмологов, лечивших глаза.
В то же время создатели культуры Паракас отличались особым мастерством в хирургии. Виртуозно осуществляя ампутации конечностей, они могли изготавливать протезы. В качестве шин при переломах приспосабливались перья птиц; раны закрывались пластырями из растений, обладавших заживляющими и антисептическими свойствами. Операционные швы делали иглами, изготовленными из колючек агавы или остро заточенных костей животных. Если инки и ацтеки традиционно сшивали раны нитями из волос или сизалем (волокна агавы), то представители бразильских племен знали весьма оригинальный способ. В качестве хирургических портных выступали крупные муравьи. Живые насекомые захватывали края раны мощными челюстями, таким образом сближая края разреза. После этого голову муравью отсекали, а туловище оставляли в ране, обеззараживая ее муравьиной кислотой.
В соответствии с особыми представлениями о красоте майя и ацтеки считали, что человека украшает высокий плоский лоб, вытянутый череп и раскосые глаза. Представители высших слоев общества инкрустировали зубы полудрагоценными камнями, прокалывали носовую перегородку, мочку уха и язык. Процесс изменения формы черепа начинался с самого рождения: младенцу перетягивали голову ремнями, закрепляя с двух сторон доски. Косоглазие достигалось постоянным ношением крупной бусины, зафиксированной в области переносицы.
В «Истории государства инков» представлены почти все известные автору лекарственные растения. Включенные в состав различных снадобий травы помогали в изгнании глистов и укреплении десен. Они ускоряли заживление ран, в качестве рвотного и слабительного средства применялись для очищения желудка. Инка Гарсиласо рассказал о чудесном растении matecllu, способном за два дня растворить бельмо.
Траволечение у индейцев было тесно связано с лечебной магией. Располагая огромным арсеналом рациональных лекарственных средств, знахари считали свое искусство даром богов, обращаясь к ним за советом и поддержкой. В рукотворных садах ацтеков произрастало более 3000 целебных трав, большинство из которых остались тайной для наших современников. Высокий уровень американской фармацевтики стал открытием для испанцев: в то время в Европе не разводили аптекарских садов и огородов.
Автор «Кодекса Бадиано» представил 285 растений, обладающих целебными свойствами. Наименования и описания трав, цветов, деревьев проиллюстрированы цветными рисунками, дополнены указанием правил сбора, приготовления снадобий и рекомендациями к их использованию. Многие рецепты Мартина де ла Круса стали достоянием научной медицины. Например, во многих клиниках мира используются вытяжки из коры хинного и гуаякового деревьев, травы наркотического действия, перуанский бальзам, листья кокки.
Ценным сырьем для изготовления лекарств от сердечно-сосудистых заболеваний является ядовитая наперстянка. Однако некоторые рецепты инки решили сохранить в тайне. Известно, что в современных племенах знахари применяют травы, по своим качествам схожие с контрацептивами длительного действия. Одновременно существуют растения, способные снимать противозачаточный эффект, причем без ущерба для здоровья женщины.