5 мая подводная лодка «I-367» покинула базу и к востоку от о. Окинава двумя из своих пяти человеко-торпед потопила 2 корабля противника, тип которых не установлен.
Подводная лодка «I-361», патрулировавшая в районе о. Окинава в период с 23 мая по 15 июня, не вернулась в базу. Подводная лодка «I-363» получила приказ атаковать корабли противника на линии коммуникации, связывающей о. Окинава с о-вами Улити, но, не найдя цели, вернулась в базу, не выпустив ни одной из своих человеко-торпед. Подводная лодка «I-165» вышла в район Марианских о-вов, но не возвратилась в базу.
Подводная лодка «I-36» во время патрулирования подверглась сильнейшим атакам со стороны противника, но ей удалось уцелеть. Эта лодка 6 июня покинула базу и направилась в район Марианских о-вов. Во время похода обнаружилось, что все имевшиеся у нее человеко-торпеды неисправны. Силами личного состава подводной лодки удалось исправить три торпеды из шести. В районе Сайпана лодка обнаружила торговое судно и выпустила одну торпеду, но судно было настороже и уклонилось от атаки. Лодка преследовала это судно в течение полутора часов, но вдруг показался эскадренный миноносец, расстояние до которого было не более 900 м. Командир поспешно убрал перископ, но тут же над лодкой разорвались 2 глубинные бомбы, которые вывели из строя рулевое управление лодки. Полчаса спустя эскадренный миноносец возвратился в район местонахождения лодки и возобновил атаки, пройдя над нею четыре раза. Водители торпед попросили разрешения на выпуск. Приказ о выпуске был отдан, но оказалось, что на торпедах не действовали электроприводы рулевого управления. Кроме того, телефонная связь водителей торпед с лодкой была прервана. Командир отменил приказ о выпуске. В это время подошел еще один эскадренный миноносец и принял участие в атаках лодки. Это обстоятельство могло привести к тому, что торпеды окажутся бесполезными, и поэтому две из них были выпущены. Двадцать минут спустя раздался сильный взрыв — это рвалась новая серия глубинных бомб. Для того чтобы уклониться от атак, подводная лодка погрузилась еще глубже. После двух дней пребывания под водой она наконец всплыла. Противника поблизости не было. Батареи лодки были полностью разряжены, воздуха высокого давления осталось всего на одно всплытие. Тем не менее ей удалось 30 июня возвратиться в Куре.
В 1942 году было решено построить 18 больших подводных лодок, каждая из которых способна была принять на борт 3 самолета-торпедоносца. Прошел слух, что испытания самолета, который должен поступить на вооружение этих лодок, близки к завершению. Однако, пока ожидали окончания строительства лодок, военная обстановка продолжала ухудшаться. В декабре 1944 года было закончено строительство первой подводной лодки этого типа, то есть «I-400», а в январе 1945 года ожидалось окончание строительства лодки «I-401». Кроме того, для этих же целей были переоборудованы подводные лодки «I-13» и «I-14», которые могли принимать по два самолета. Переоборудование было закончено в январе и феврале 1945 года соответственно.
Все четыре подводные лодки были сведены в один отряд, командиром которого был назначен капитан 2-го ранга Аридзуми. В районе Внутреннего Японского моря приступили к проведению частичных испытаний. Лодки предназначались для выполнения операции по бомбардировке Панамского канала, но самолеты, которыми предполагалось вооружить лодки, еще не были готовы, поэтому отработка задач по выпуску их с лодок тогда была еще невозможна и осуществить ее удалось только в конце апреля 1945 года В процессе отработки были различные неудачи. Например, лодка «I-401» наскочила на мину, и выход отряда на выполнение задания был отсрочен. Планирование же операции заканчивалось.
Радиус действия подводных лодок типа «I-400» равнялся 40 тыс. миль, так что запасов горючего хватало с избытком на рейс до Панамы и обратно. Переоборудованные лодки типа «I-13» имели меньший радиус действия, поэтому пополнение их горючим в море должны были производить лодки типа «I-400». Лодки обоих типов должны были принять четырехмесячный запас продовольствия. Всего предполагалось взять 10 самолетов, из которых 6 вооружались торпедами, остальные 4 — бомбами. Планом операции предусматривалось нанесение двух ударов по шлюзам канала в каком-нибудь одном месте с тем, чтобы полностью их разрушить. При отработке задач был изготовлен макет шлюзов, по которым проводились многократные учебные бомбометания. В конце июня были проведены тренировки с каждым отдельным самолетом, во время которых разбились две машины.