«§2. Комиссии Временного Правительства Великого Княжества Литовского вверяется заведование финансами края, доставка провианта, организация местного oполчeния, народной гвардии и жандармерии. §3. При Комиссии Временного Правительства Великого Княжества Литовского будет состоять Императорский Комиссар. §4. Губернии: Виленская, Гродненская, Минская и Белостокская будут в свою очередь управляться отдельными комиссиями, состоящими из трёх членов под председательством интенданта. §5. Означенные административные комиссии будут подчинены комиссии Временного Литовского Правительства. §6. Администрация каждого отдельного уезда подчиняется Подпрефекту. §7. Город Вильно находится под управлением Мэра (Maire) или Президента, четырех советников (Adiunktow) и муниципалитета, состоящего из 12 членов. Означенной администрации вменяется в обязанность заведывать имениями, принадлежащими городу, надзор над благотворительными учреждениями и над муниципальной полицией».[19]
Комиссия делилась на 7 комитетов (отделов), в которых председатели назначались императорским указом. Обращает на себя внимание порядок следования (по важности) этих комитетов: продовольствия и магазинов (председатель — бывший литовский маршал Станислав Солтан), полиции (председатель — бывший литовский обозный Карл Прозор), финансов (председатель — граф Иосиф Сераковский), военнго (председатель — князь Александр Сапега), судейский (председатель — бывший подкоморий граф Франциск Иельский, внутренних дел (председатель — Граф Александр Потоцкий), народного просвещения и религии (председатель — ректор университета Ян Спедетский). Генеральный секретарь комиссии — Иосиф Коссаковский.[20]
Михаил Ромер стал мэром Вильно, а 16 сентября его сменил Ян Хорайн. У мэра было 4 помощника и 12 членов муниципалитета.[21] Переведённый из Варшавы барон Биньон занял должность комиссара при временном правительстве.[22]Приказом Бертье от второго июля военным губернатором был назначен уже известный военный теоретик, но пока ещё не ставший ренегатом, бригадный генерал, швейцарец А.А. Жомини. Он сменил генерала Ж. Барбанегра, переведённого на аналогичную должность в Минск (и тут этот последний не задержался и его место занял генерал Брониковский). Должности военных генерал-губернаторов также занимали: в Гродно в разное время генералы Брюн и Лебрен, в Белостоке генерал Феррьер. Генерал-губернатором всего княжества стал граф Дирк ван Хогендорп, оставивший интересные мемуары.
30 августа Жомини был снят со своего поста и направлен в Смоленск (там он сменил генерала Армана Огюстена Луи Коленкура герцога Виченцского), где, кстати, тоже пробыл не долго. Только 4 октября его место в управлении г. Вильно занял барон Рох Годар.[23]
Причины перевода Жомини до сих пор остаются спорными: по одной версии — из-за разногласий с начальником Хогендорпом, по другой — за плохую работу (о чём неоднократно писал Наполеон). Можно предположить, что эти причины связаны между собой. Для честолюбивого швейцарца этот конфликт закончился даже временным домашним арестом.[24]Работа гражданских органов была не очень слаженной и эффективной. Генерал Хогендорп в раздражении писал: «Они ничего не делают». Вследствие этого Наполеон принял решение, что «власть военная и власть гражданская должны быть совмещены», и 24 августа Хогендорп был поставлен во главе временного правительства.[25]
Поскольку гражданская инициатива была слабой, её пытались подогреть следующими воззваниями: «Правительством приняты меры для того, чтобы восстановить порядок и облегчить ваше положение, но чтобы достигнуть этого, необходимо чтобы и вы приложили к этому свои старания…».[26]
Объясняли и суть конфликтной ситуации: «Вражда императора Наполеона с императором Александром до вас не касается: ваши обязанности будут состоять лишь в том, чтобы наблюдать за благоденствием города».[27] Участь Литвы решалась на полях сражений. В день своего рождения 24 декабря Александр объявил о всеобщей амнистии (коллаборационистам) в Литве. Иначе обстояло дело в исконно русских территориях: следствие и суд по делу «о бывших в разных должностях у неприятеля чиновниках» продолжалось до 30 августа 1814 г. К этому времени многие из лиц находящихся под следствием либо умерли, либо покончили жизнь самоубийством.[28] Ещё раз подчеркну, что ничего подобного в Европе в предшествующие годы не наблюдалось.Начиная со Смоленска, Наполеон вступил уже на земли, давно принадлежащие российской короне. И соответственно этому, и отношение местных жителей к французам уже не было столь восторженным.