Признание Птолемея XIII помпеянским антисенатом в Фессалониках было решающим событием и в жизни Клеопатры. Оно относится к концу 49 г. до н. э. и имело значение постольку, поскольку законное римское правительство совершенно недвусмысленно высказалось в пользу юного Птолемея. А Клеопатра? Ее положение было, мягко говоря, неопределенно: победу одержала противная группировка, к которой нужно отнести не только Потина, но и Ахиллу и Феодота, греческого ритора с Хиоса. Какими мыслями мог руководствоваться при этом великий Помпей? Он намеренно игнорировал завещание Птолемея XII, которое по вполне попятным причинам не предусматривало единоличного правления его сына Птолемея XIII. Однако Помпей полагал, что необходимо приноровиться к политической ситуации в Египте, ибо эта страна была очень важна для республиканцев и ее ресурсы имели большое значение для предстоящей решающей борьбы с Цезарем.
Спрашивается, как должна была отнестись к решению великого Помпея Клеопатра? не толкнуло ли оно ее невольно на сторону другой партии — партии Цезаря? Но в конце 49 г. Цезарь был еще далеко. Он занял Италию, затем отправился в Испанию, а в конце 49 г. собирал свои войска в Южной Италии для предстоящей решающей борьбы в Греции. У него были совсем другие заботы и не было времени беспокоиться из-за внутренних событий в Египте.
А затем разразилась Фарсальская битва (9 августа 48 г.). Помпей, вопреки всем ожиданиям, потерпел катастрофическое поражение. Его поведение в этом сражении свидетельствует о том, что он был сломлен — это была лишь течь прежнего Помпея. Великий полководец поднялся на случайно проходивший мимо корабль римского негоцианта и через Амфиполь и Лесбос направился в Пелузий. Явившуюся было мысль обратиться за помощью к парфянам он тут же отбросил, и вполне обоснованно, ибо соглашение с заклятым врагом Рима (напомним о поражении Красса при Каррах в 53 г.) полностью дискредитировало бы его в глазах всех римлян. Согласно традиции, роковой совет направиться в Египет дал Феофан Митиленский, друг и историограф Помпея. Птолемей XIII был связан с Помпеем отношениями гостеприимства, и потому надеялись, что царь не оставит на произвол судьбы потерпевшего поражение римлянина.
Как, однако, обстояло дело в долине Нила? Здесь все еще не был закончен династический спор. Клеопатра отправилась в Сирию; по-видимому, следует предположить, что она была изгнана из Египта. В Сирии она рядом наборов сколотила войско, при поддержке которого рассчитывала вернуть себе трон. Птолемей XIII ожидал ее вторжения у восточной границы Египта; он стоял у Касийского мыса, а напротив разбили лагерь отряды его сестры.
Здесь и разыгралась страшная трагедия. Сюда прибыл бежавший на корабле Помпей. Хотя друзья отговаривали его, он все-таки сошел на берег, и бывший римский военный трибун Л. Септимий и центурион Сальвий закололи его мечами. Помпей погиб 28 сентября 48 г. до н. э., за день до своего пятидесятивосьмилетия. Убийство это, вне всякого сомнения, лежит на совести советников Птолемея XIII Потина, Ахиллы и Феодота. Всего два дня спустя в Александрии высадился Цезарь (1 октября 48 г.) и узнал о смерти своего великого противника. Цезарь вступил в город как римский консул, с фасциями, — жест, воспринятый александрийцами как публичное оскорбление, ибо римскому магистрату не следовало нести фасции там, где кончалось dominium populi romani — господство римского народа, Египет же, несмотря на свою зависимость от Рима, номинально был свободной страной — он подчинялся своим собственным законам, а не законам римлян. Однако Цезарь просто не обратил на это никакого внимания. Он игнорировал также вспыхнувшее в городе волнение, хотя прекрасно знал, что это был ответ на его поведение.
Когда царь Птолемей XIII вернулся в столицу, настало время уладить династический спор между ним и его сестрой Клеопатрой. В ту пору Цезарь уже начал переговоры с Клеопатрой; ей было позволено возвратиться в Александрию. При помощи авантюристической проделки царице удалось проникнуть в укрепленный дворец к Цезарю. Ее друг, сицилийский грек Аполлодор, помог ей сесть в маленькую лодку, где она велела упрятать себя в большой мешок для белья. Таким образом, никем не замеченная, она пробралась со стороны моря в царский дворец, который Цезарь сделал своей резиденцией.