Со смертью Птолемея XIII завершилась целая эпоха в истории птолемеевской династии, ибо отныне в Александрии и Египте царила лишь воля Цезаря. Он назначил младшего брата Клеопатры одиннадцатилетнего Птолемея XIV ее соправителем. Оба — Клеопатра VII и Птолемей XIV — номинально осуществляли совместное правление, однако младший брат был всего лишь марионеткой. В документах они именуются «отцелюбивыми богами», но все знали, что теперь ничего не могло произойти без согласия Цезаря. Он был всемогущим патроном, которому все должны были подчиняться. Три римских легиона остались в Египте в качестве гарнизона. Это показывает, какое большое значение придавал Цезарь обладанию этой страной. Египет, как житница Востока, представлял для Рима поистине ни с чем не сравнимую ценность. Кто станет упрекать Цезаря в том, что после ужасов войны, в которой над ним не раз нависала смертельная опасность, он поддался чарам Клеопатры и справлял вместе с ней шумные празднества на Ниле? На роскошно убранном корабле он поплыл вместе с царицей вверх по течению на юг. В пиршествах, нередко продолжавшихся до утра, Цезарь не ударял лицом в грязь; перенесенные опасности и близость Клеопатры пробудили в нем прежнюю любовь к радостям жизни, а Клеопатра делала все, чтобы всецело пленить римлянина. Однако пребывание Цезаря в Египте стало подходить к концу. В начале июня 47 г. он покинул эту страну. Больше в своей жизни он уже никогда не ступал на ее землю, и если позднее вспоминал о Египте, то все происшедшее Должно было казаться ему сном, изменившим всю его жизнь.
События, происходившие на Переднем Востоке, настоятельно требовали личного присутствия Цезаря. В частности, в Малой Азии в липе Фарнака у римлян появился противник, которого во что бы то ни стало следовало обуздать.
Лишь несколько недель спустя после отъезда Цезаря у Клеопатры родился сын (согласно стеле, найденной в Серапеуме, а в настоящее время находящейся в парижском Лувре, — 23 июня 47 г.). Он получил имя Цезарь, но александрийцы называли его Цезарионом, т. е. «маленьким Цезарем». Поскольку диктатор Цезарь недвусмысленно разрешил дать ребенку свое имя, отцовство Цезаря не может вызвать никаких сомнений. Не меняет дела и то, что уже в древности высказывались и противоположные мнения. Так, друг Цезаря Г. Оппий оспаривал его отцовство, и в этом следовал ему живший во времена Северов историк Кассий Дион [Hist. Rom., XLVII, 31, 5]. А в наши дни прежде всего Жером Каркопино старался доказать, что этот ребенок не мог происходить от Цезаря. Однако все это — совершенно напрасный труд, и доводы видного французского историка надо признать теперь совершенно несостоятельными, в особенности с тех пор, как Хейнц Хейвен еще раз весьма основательно исследовал этот вопрос.
Благодаря рождению Цезариона, которого мы уверенно можем считать сыном Цезаря, положение Клеопатры заметно упрочилось. Да и всемогущий римский диктатор наконец получил сына, в котором ему было отказано в его браке с Кальпурнией. Этот сын стал теперь законным наследником трона фараонов; тем самым Клеопатра теснейшим образом связала своего любовника с судьбой птолемеевской династии. Хотя царица не была формально законной супругой Цезаря, она все же была царицей Египта и в качестве протеже Цезаря, по римским понятиям — его клиентки, пользовалась его личной защитой. В Египте отцовство Цезаря также было воспринято безоговорочно. Жрецы Гермонфиды утверждали, что сына Клеопатры зачал бог Ра, приняв образ Цезаря. На стене храма в Гермонфиде они реалистически изобразили рождение царевича. Таким образом, союз Цезаря и Клеопатры был узаконен перед всем миром. Иначе, разумеется, думали об этом римляне. Когда спустя год Цезарь праздновал триумф в Риме, он не мог помешать своим воинам потешаться над его отношениями с Клеопатрой и публично декламировать стишки фривольного содержания.