Драматургия первой части определяется болезненными метаниями души Иоанна Грозного — души, обуреваемой губительными страстями, но и ищущей упокоения в смирении и раскаянии. В зависимости от внешних обстоятельств верх берёт то одно, то иное стремление, отчего резко меняется поведение царя, а поступки его становятся непредсказуемы. Всё завершается смертью грешника, так и не сумевшего побороть свои страсти. Среди этих-то метаний и действует Борис, поставивший пред собою далёкую, почти несбыточную цель — восхождение на трон. Именно Годунов становится подлинным убийцею Грозного, точно рассчитав, каким разрушительным для жизни царя станет гневное волнение, которое Борис возбуждает в нём сообщением о речах колдунов-прорицателей.
Во второй трагедии Борис вынужден противоборствовать не необузданности страстей кровавого тирана, но ангельской кротости его сына. Жизнь оборачивается иною, трагичною же стороною: попытка утвердить отношения между людьми на началах христиански чистых завершается крахом, благие намерения приводят ко многим смертям, гибельным и для судеб царства. Кротость Феодора, сопровождаемая наивной доверчивостью, превращается в обыденное незнание тёмных сторон человеческой натуры — Феодор сознательно отказывается верить в это тёмное, что переполняет жизнь, он хочет существовать в мире идеальных жизненных начал, но дурные страсти неискоренимы, Борис легко совершает необходимые шаги к трону. И поистине страшен он, когда, ни словом не обмолвившись о потаённом желании своём и многажды наказывая беречь царевича Димитрия, отдаёт незримо приказание устранить его из жизни.
Третья трагедия, трагедия самого Бориса, обнаруживает иную грань — ту же проблему, какую в те же годы мучительно осмыслял Достоевский, проблему времени, но и проблему всех времён: возможен ли грех ради благой цели, можно ли преступить через кровь, нравственно позволить себе это пере-ступление во имя блага всеобщего? Борис у Толстого — не традиционный и заурядный злодей-властолюбец, он рвётся к трону не ради насыщения примитивной страсти — нет. Годунов государственно мудр, прозорлив, искренне желает блага стране и народу. Он хорошо видит, сколькие беды несёт благому делу и жестокий деспотизм Иоанна, и бездумная жалостливость Феодора. Он же и ясно сознаёт: только ему доступно провести царство через все препятствия к истинному процветанию — ради этого он и совершает то, что в итоге приводит его к гибельному концу.
Выбор темы и главного героя трагедии неизбежно вынуждает сопоставление «Царя Бориса» с «Борисом Годуновым» Пушкина. Влияние предшественника порою ощутимо у Толстого, но всё же он строит драматургию свою на иной основе, более традиционной для европейской литературы нового времени. У Пушкина, если вспомним, развитие сценического действия строилось не на сцеплении событий и связи героев в единой плоскости, но на взаимоотношении человека с Промыслом Божиим, на взаимодействии двух уровней исторического бытия: мета-истории и событийной суеты. Толстой всё строит на основе, традиционно присущей трагедии «шекспировского типа» (если позволить себе этот условный термин) — такая система прозрачнее для понимания, что, к слову, подтверждается и театральной практикой: постоянными провалами пушкинских постановок и триумфами толстовских. Не вдаваясь в сопоставление на более глубоком уровне (где обнаружится явное превосходство пушкинской драматургии), отметим лишь, что Толстой сумел отстоять свою самостоятельность в трагедийном осмыслении истории. Впрочем, историю он, в сопоставлении с Пушкиным, представляет более традиционно: как борьбу добра со злом, осуществляющуюся в столкновении человеческих страстей. Такой же подход к истории нетрудно распознать и в историческом романе «Князь Серебряный» (1862). А.К.Толстой даёт всегда исключительно нравственный анализ исторических событий, причём совершает его всегда в пространстве христианской нравственности, — да иного и быть не могло.