В конце концов, конфликт с Сербской Церковью оказался улажен. На заседании ее Синода от 26 сентября 1942 г. была заслушана информация о том, что епископ Владимир (Раич) просил митрополита Серафима, ввиду сложившейся политической ситуации, взять словацкие общины под свою защиту и оказать им духовную поддержку. Синод постановил, что в настоящее время такая ситуация допустима, поскольку митрополит Серафим действовал не самовольно, а по просьбе епархиального архиерея, однако было решено просить епископа Владимира попытаться найти возможность его возвращения в епархию. В случае невозможности осуществления этого пожелания, Синод решил просить главу правительства Сербии Недича дипломатическим путем добиться передачи управления словацкими приходами служившему в Венгрии сербскому епископу Будимскому Георгию.[561]
Это постановление так и не удалось провести в жизнь, и митрополит Серафим управлял православными приходами Словакии до начала 1945 г. При этом неоднократно возникали новые осложнения с других сторон. Активная издательская и миссионерская деятельность братства преп. Иова еще до начала войны с СССР вызывала сильную тревогу у немецких властей. 23 октября 1940 г. Главное управление имперской безопасности (РСХА) отправило специальному уполномоченному при немецком посланнике в Братиславе штурмбаннфюреру СС Хану письмо по поводу проводимой монастырем потенциально опасной для Германии панславянской деятельности: «Было установлено, что панславянские круги внутри Православной Церкви на территории Генерал-губернаторства поддерживают тесные связи с Владимировским [Ладомировским] монастырем в Словакии. Настоятель монастыря архимандрит Серафим руководит русофильской православной церковной деятельностью в восточном пространстве.
Насколько здесь известно, эта миссионерская работа организуется при поддержке бывшего чешского сенатора Юрко Лазо, который в свое время принадлежал к партии Бенеша. Главной областью интересов этой Миссии являются Восточная Словакия, Закарпатская Украина и Лемковщина в Генерал-губернаторстве. Архимандрит Серафим ранее был старшим лейтенантом артиллерии в царской армии. Настоящим руководителем работы является его заместитель — русифицированный немец проф. Петр Струве [в действительности сын этого профессора — игумен Савва]. В монастыре имеется собственная типография, в которой издается газета „Православная Русь“. Через священника Ткачука, который, как и Струве по убеждениям является русифицированным немцем, этот центр панславянской Православной Миссии имеет связь с Берлинским архиепископом Серафимом.
Характерной чертой данной панславянской Православной Миссии являются попытки отколоть украинские группы от общеукраинской массы. Это пытаются сделать, прежде всего, на Лемковщине с помощью русофильского течения в православном духовенстве. Глава данного русофильского течения — священник Павлишин, который, как доказано, до осени 1939 г. тесно сотрудничал с польскими ведомствами. Так как возникло подозрение, что эти русофильские течения могут быть каким-либо образом связаны с просоветскими движениями, а, кроме того, поскольку в Краковском округе наблюдались сильные волнения среди украинского населения, просим собрать более точные сведения о Владимировском монастыре и объеме его деятельности. Намечен перевод священника Павлишина из Кзарне в Радомский округ, вследствие чего, могут быть ослаблены связи с Владимировой».[562]
Хан исполнил данное ему поручение и 5 декабря посетил братство. В его ответном письме от 15 декабря 1940 г. (пересланным в РСХА 14 января 1941 г.) говорилось, что в момент посещения три типографских станка печатали газету «Православная Русь», журнал «Детство и юность во Христе», книги псалмов и религиозные листки. При этом отвергалась версия, что появившиеся в Словакии коммунистические листовки напечатаны в монастыре, который ведет пропаганду не в «московском», а в царском духе: «Теперь становится ясным, что Ладомировский монастырь станет опорным пунктом Российской империи, своего рода подготовительным и сборным пунктом для будущего царской России в том случае, если ситуация начнет развиваться таким образом, а также если благодаря чрезвычайно притягательному влиянию этого монастыря русские и украинские эмигранты начнут собираться, и усмотрят в стремлениях украинцев к самостийности „жало в собственной плоти“».
Хан также отмечал, что если в Словакии и дальше будут применяться террористические методы против украинцев, то монастырь может значительно расширить свое влияние, так как мечты о Российской империи у местных набожных украинцев «падают на благодатную почву». При этом монастырь имеет своих приверженцев и среди словаков католиков и униатов, поскольку они знают монахов, как бывших царских офицеров, «то есть офицеров того государства, от которого ранее ожидали блага все славяне Австро-Венгрии».[563]