В отсутствие архимандрита Серафима переселение в Братиславу организовал благочинный и эконом иеромонах Иов (Леонтьев). 24 октября 1944 г. Архиерейский Синод РПЦЗ постановил возвести о. Иова во игумена за успешную эвакуацию братского имущества и наградить наперсным крестом иеромонаха Киприана (Пыжова) за создание храма на подворье обители в Братиславе (вмещавшем до 100 богомольцев). В это время монастырь преп. Иова снова перешел в непосредственное подчинение Архиерейскому Синоду, эвакуированному из Белграда в Вену, а затем в Карлсбад (Карловы Вары).
Часть книг (однако, не так много, как хотели) заблаговременно отправили в Швейцарию (одну тонну) и в Германию. Еще в мае 1944 г. митрополит Серафим (Ляде) ходатайствовал о перевозе на территорию Германии из Словакии нескольких тонн церковной литературы, однако немецкое ведомство по торговле и перевозке книг ответило отказом, сообщив, что ввоз в III рейх такого большого количества религиозной литературы невозможен. Не помогла и поддержка Рейхсминистерства церковных дел, которое в начале июня было вынуждено сообщить Владыке Серафиму об отказе.[662]
Ко времени эвакуации состав братии несколько изменился. В первой половине 1942 г. умер служивший на приходе в с. Чертежное иеромонах Михаил (Никифоров), а 20 июля того же года — от туберкулеза иеромонах Григорий (Пыжов) — седьмой насельник, похороненный на братском кладбище. Когда смертельно больного о. Григория в словацкую больницу пришел причастить о. Виталий (Устинов), иеромонах поведал ему о явлении Пресвятой Богородицы и предсказал, что братство преп. Иова уедет далеко из этих мест. Перед смертью о. Григорий дал заповедь: «Ни с кем не спорь, никому не доказывай, но бери любовью». Находившиеся в больнице католические монахини говорили после его смерти: «Он — святой, он — святой». Из-за военных действий тело иеромонаха только на десятый день привезли в монастырь, но, несмотря на июльскую жару, трупного запаха и признаков тления не было.[663]
После смерти о. Михаила обслуживать церковь в Чертежном и общину в расположенном неподалеку г. Межилаборцы (где находилось кладбище русских воинов, павших в Первую мировую войну) из монастыря был направлен местный уроженец иеромонах Игнатий (Чокина), вскоре возведенный в сан игумена. В связи с этим 1944 г. иеромонах Киприан (Пыжов) написал иконы для иконостаса церкви в с. Чертежное. Архиерейский Синод был вынужден рассматривать дело самовольно покинувшего обитель монаха Вячеслава (Нестеренко), постановив лишить его монашества, если он в месячный срок не вернется в монастырь. Правда, к такому наказанию прибегать не пришлось. Следует отметить, что Духовный Собор обители в середине октября 1941 г. отправил письмо с изложением дела монаха Вячеслава архиепископу Виталию (Максименко) в США.
Постепенно появлялись новые насельники: в 1941 г. — временно иеромонах Антоний (Медведев), затем — иеродиакон Геласий (Майборода, позднее архимандрит), священник Константин Махлайчук, послушник Василий Ковшов. С января 1942 г. по май 1945 г. в обители проживал и служил протоиерей Иоанн Иванов (ранее настоятель церкви в Межилаборцах).
14 ноября 1944 г., уже в Братиславе, в число братии были приняты архимандрит Агапид и игумен Валентин, а 5 декабря в братство вступил послушником эвакуировавшийся с Украины бывший член тайной иосифлянской общины Петр Чернобыль (в дальнейшем архимандрит Нектарий). В своих воспоминаниях о. Нектарий писал, что в Братиславе он пел на клиросе монастырской церкви, и в числе посещавших храм многих русских эмигрантов, беженцев и восточных рабочих был один тверянин, отбывавший в 1930-е гг. срок заключения в лагере вместе с катакомбным схиепископом Петром (Ладыгиным). Этот очевидец рассказал о схиепископе и мучениях заключенных в советских лагерях на специально устроенной встрече с братией.[664]
9 августа 1944 г. архимандрит Серафим последний раз отправил письмо Синоду Болгарской Церкви. Он сообщил, что, переехав в Братиславу, монахи захватили с собой большую часть типографского шрифта, рассчитывая возобновить издательскую деятельность в братиславской типографии «Меркурий», где им предоставили печатные машины и возможность работать. В связи с этим отец Серафим просил Синод о продолжении финансирования издательской работы насельников, а так о желательности оказания помощи эвакуированной в Словакию большой группе священнослужителей автономной Украинской Православной Церкви.[665]
Однако вскоре после прихода письма в Софию политическая ситуация в Болгарии коренным образом изменилась (страна была занята советскими войсками), и помощь в этот раз оказана не была.