Одним из таких дел было усовершенствование системы православной проповеди, в противовес католической. Для этого были необходимы книги, выпускаемые типографией Киево-Печерской Лавры. В 1655 году в типографии Лавры был издан «Патерикон» Сильвестра Косова, а в 1658 году «Тератургимы, или Описание земли чудес, как в самом Печерском монастыре, так и в обеих святых пещерах» Афанасия Кальнофойского. Цель обоих изданий – явить жития печерских святых гражданам католической Речи Посполитой и заградить уста тем, кто говорил о безблагодатности Православной Церкви.
В 1645 году по инициативе митрополита Киевского Петра, с благословения Константинопольского Патриарха, происходит канонизация шестидесяти девяти подвижников Киево-Печерской Лавры. Одновременно в лаврской типографии выходит «Правило молебное ко Преподобным Отцем нашим Печерским и всем Святым, в Малой России просиявшим, певаемое, когда и где кто изволит».
В 1644 году была отреставрирована церковь Спаса на Берестове (Преображения Господня).
В 1656 году настоятелем Киево-Печерской Лавры становится архимандрит Иннокентий (Гизель). По его инициативе в 1661 году в типографии Лавры выходит первое печатное издание Киево-Печерского Патерика, а в 1674 году – «Синопсис Киевский», сочинение самого архимандрита Иннокентия. Также в настоятельство архимандрита Иннокентия в Лавре в 1674 году была построена первая деревянная колокольня, а в 1679 году Аннозачатьевская церковь.
После кончины архимандрита Иннокентия в 1685 году его преемником избран Варлаам (Ясинский).
В 1687 году Киевская митрополия воссоединилась с Московским Патриархатом. В следующем, 1688 году за Киево-Печерской обителью закреплено звание Лавры, уже в Московской юрисдикции.
Так для Киево-Печерской Лавры ушла в прошлое борьба с унией, следующий период в жизни обители – это время церковного строительства. В 1691 году в пещерах был сооружен храм во имя преподобного Варлаама, игумена Печерского. В 1696 году была построена церковь в честь Рождества Богородицы. В том же году началось строительство церквей Воскресения Господня и преподобного Феодосия Печерского на средства белоцерковского полковника К. Мокиевского.
Вообще в это время богатая казацкая старшина щедро жертвует на украшение Киево-Печерской обители. Благодаря их пожертвованиям были отремонтированы Успенский собор и Троицкая церковь. Печально известный гетман Иван Мазепа в 1700 году дает обители средства на строительство новых стен и башен. В том же году полтавский полковник Павел Герцик жертвует средства на строительство каменной Крестовоздвиженской церкви.
В 1718 году Киево-Печерскую Лавру ждало новое испытание – страшный пожар, начисто уничтоживший все деревянные постройки и повредивший каменные. Во время этого пожара погибла обширная лаврская библиотека и многие архивы. Узнав об этом, император Петр I, обычно равнодушный к церковному строительству, сделал щедрое пожертвование на восстановление Лавры. Тем более, о Киево-Печерской обители позаботилась казацкая старшина, давшая большие средства на восстановление и благоукрашение Печерского монастыря.
Благодаря пожертвованиям обитель быстро восстанавливается. Уже в 1720 году была построена новая лаврская типография. Одновременно начат ремонт Успенского собора, завершившийся в 1729 году. В 1751 году взамен сгоревшей деревянной колокольни в Киево-Печерской Лавре начинается строительство каменной, ныне известной как Великая Лаврская колокольня.
В 1765 году строится колокольня на Ближних пещерах. В том же году в Лавре создается собственная иконописная мастерская.
С 1786 года, согласно указу Святейшего Синода, Киево-Печерская обитель вновь входит в юрисдикцию Киевского митрополита, отныне именуемого священноархимандритом Лавры. Согласно тому же синодальному указу, первым лицом после настоятеля в Лавре был наместник – как правило, игумен или архимандрит. Всеми делами монастыря управлял Духовный Собор во главе с наместником. В его состав входили руководители лаврских ведомств. По духовным штатам следующим по старшинству после наместника был казначей. В его ведении находились книги прихода и расхода всех лаврских ведомств. Начальник счетного стола сверял приходные и расходные статьи, составлял ежемесячные и годовые ведомости. Благочинный отвечал за порядок в Лавре, наблюдал за поведением монахов, послушников, распоряжался караулом. Экклезиарх ведал всеми лаврскими церквами, ризницами, утварью, выделкой и продажей свечей, колокольным благовестом и церковной стражей. Келарь ведал трапезной, просфорней и всеми съестными припасами. Помощником келаря был «ключник погребный». Блюстители обеих пещер стояли во главе братии пещер и наблюдали за порядком в пещерах и пещерных церквах. На попечении больничного начальника были больные и престарелые из числа лаврской братии. Эконом внутренний распоряжался всем имуществом внутри Лавры; эконом внешний руководил лаврскими угодьями и хозяйством вне Киева. Типограф управлял типографией. Библиотекарь ведал лаврской библиотекой. Для исповеди монахов избирался ими духовник.