Проводившиеся в ноябре — начале декабря 1844 г. выборы показали политическое разделение нации между экспансионистами и сторонниками мирного, спокойного развития страны почти пополам, ибо в аргументации обеих сторон были элементы как соответствовавшие самым широким настроениям, так и противоречившие им. Сам Полк весьма сомневался в том, что сможет добиться победы. Полк получил всего лишь на 40 тыс. голосов больше, чем Клей: разница составляла менее 1,5 %. В коллегии выборщиков за Полка проголосовали 170 человек, за Клея — 105. Результаты выборов были парадоксальными в том отношении, что Полк, впервые в истории американского президентства, проиграл выборы не только в штате, где официально проживал — в Теннесси, но и в Северной Каролине, где он родился. Зато он вышел победителем в таких важнейших штатах, как Нью-Йорк и Пенсильвания. Если бы Клею удалось овладеть Нью-Йорком, в котором он пользовался ранее большим авторитетом, он стал бы президентом. Наблюдатели полагали, что Клей просто «надоел» ньюйоркцам своей осторожностью.
Так или иначе, именно Полк в марте 1845 г. принес клятву в качестве главы исполнительной власти. Ему еще не исполнилось 50 лет, и он стал самым молодым президентом США. Техника развивалась, и информация об инаугурации нового президента впервые разлетелась по всему миру по телеграфу. Точно так же впервые в мировой печати появились фото, изображавшие это событие.
При формировании кабинета Полк стремился сочетать представительство крупнейших штатов с назначением людей, преданных ему лично и сыгравших активную роль в его избирательной кампании. Деловые качества кандидатов на министерские посты интересовали его в последнюю очередь, так как он намеревался лично определять политику страны. В правительстве были представлены Нью-Йорк, Пенсильвания, Вирджиния. Государственным секретарем был назначен Джеймс Бьюкенен из Пенсильвании, влиятельный и амбициозный политик, в то время слабо разбиравшийся в международных делах. Но еще более показательным было назначение историка Джорджа Бэнкрофта, выдвигавшего Полка на съезде Демократической партии, секретарем (министром) военно-морского флота. Разнобой в назначениях привел к тому, что ни одна кандидатура не встретила серьезной оппозиции в Конгрессе и все они были утверждены. Кабинет оставался стабильным на протяжении всех лет президентства Полка. Единственная замена произошла в 1846 г., когда Бэнкрофт, попросивший назначить его на дипломатический пост, был заменен другим, второстепенным, чиновником.
Свое желание решать все дела в Белом доме новый президент не скрывал. Он говорил: «Я намерен сам быть президентом Соединенных Штатов». Свое намерение, как показало ближайшее будущее, он действительно осуществил, проводя по 9—10 часов в день за работой и почти не оставляя столицу для отдыха. Он повторял ту же мысль: «Никакой президент, который верно и сознательно исполняет свои обязанности, не может позволить себе отдых. Я предпочитаю сам наблюдать за всеми действиями правительства, а не доверять общественные дела подчиненным».
Уже в инаугурационной речи Полк поставил задачи, которые он считал важнейшими для своей администрации: включить в состав США всю или часть территории Орегона, приобрести у Мексики Калифорнию с ее удобными гаванями, где создать тихоокеанские порты, сократить таможенные тарифы, воссоздать независимую казначейскую систему, которую ранее попытался основать Ван Бюрен, но которая позже была ликвидирована вигами. Он не упоминал характера своей политики по вопросу о рабстве, но фактически, заявляя о намерении сохранить основные институции, завещанные предшественниками, а затем и политической практикой, проявил себя противником ликвидации основанной на рабстве плантационной системы на Юге.
Уже в первые месяцы пребывания у власти Полк начал реализовывать свои планы. Несмотря на энергичное сопротивление вигов, ему удалось провести в Конгрессе, правда сравнительно медленно, закон о сокращении тарифов, который позволил значительно расширить внешнюю торговлю, особенно с Великобританией. В США постепенно развивались «таможенные качели» — сокращение тарифов вело, с одной стороны, к активизации торговли, а с другой — к заполнению американского рынка иностранными товарами. Это приводило к повышению пошлин, что сокращало внешнюю торговлю и порождало новое движение за их уменьшение. Эти внешнеторговые «качели» продолжаются по настоящее время.