В 1992 г. в российской, а в 1993 г. – монгольской части Убсунурской котловины были созданы заповедники, имеющие кластерную (разрозренную) структуру. Российский заповедник включает пять участков, наиболее ярко представляющих основные типы экосистем региона. Самый западный, наиболее удаленный от других и наиболее труднодоступный – кластер Монгун-Тайга. На высоте 3970 м здесь находятся вечные снега и крупные ледники – необычный феномен для такого аридного района; ниже ледника – альпийские мохово-лишайниковые тундры, а по долинам – леса из карликовой березы и кустарниковой лапчатки. Здесь еще сохранился такой редкий вид животных, как снежный барс, встречаются сибирская косуля, алтайский архар (самый крупный баран в мире), серый сурок. Среди птиц можно выделить алтайского улара, альпийскую белую куропатку, бородача, черного грифа и полосатого гуся [Петрова, Петров…, 2000, с. 48].
На южных склонах хр. Восточный Танну-Ола располагается кластер Арысканныг с участками горной тундры, субальпийских лугов, горной тайги и в более низких местах – лесостепи. Здесь обитают типично тундровые виды животных и птиц – дикий северный олень, белая куропатка, монгольский зуек – и таежные виды – марал, бурый медведь, рысь, глухарь и неясыть.
На горном массиве Сангилен, на восточной окраине котловины, расположен кластер Улар с таежными, лесотундровыми и тундровыми группировками растительности (это самые южные в мире тундры). Животный мир отличается богатством и разнообразием, здесь распространены снежный барс, бурый медведь, кабан, волк, рысь, выдра, куница, соболь, барсук, колонок, кабарга, сибирская косуля, марал, северный олень, а из птиц – глухарь, рябчик, тетерев, кедровка.
Самые северные в мире песчаные пустыни представлены в кластере Цугер-Элс. Здесь можно наблюдать весь комплекс песчаных дюн – от полностью лишенных растительности и развеваемых ветром до закрепленных караганой и другими пустынными растениями. Обитатели этих мест – заяц-толай, мохноногий тушканчик, джунгарский хомячок и редкий вид – хомячок Роборовского, длиннохвостый суслик, из пресмыкающих – пестрая агама, песчаный удавчик, из птиц – степная и бородатая куропатки, дрофа; на незакрепленных песках встречается полуденная песчанка и местами ставший редким тарбаган. В буферной зоне этого участка располагается уникальное пресное озеро Тере-Холь. Это настоящее птичье царство, на его берегах отмечены гнездовья красного ястреба, черного коршуна и серой цапли, много видов водоплавающих птиц: лебедь, гуси – гуменники и серые, большой баклан, озерные и сизые чайки, изредка встречается черноголовый хохотун. В период пролета обычны белая цапля, серый журавль, различные виды куликов.
Кластер Ямаалыг представляет собой своеобразный гранитный остров среди полого-волнистой степной равнины. Орнитологический комплекс останцовых гор и скал также достаточно богат авифауной. Особую ценность представляют редкие хищники – сокол-дербеник, сокол-балобан, сапсан, орел-змееяд, широко распространены пустельга обыкновенная и курганник. Нередки пустынный сыч и филин. В южной части массива находится целый комплекс культурно-исторических памятников – свыше 400 курганов и каменных стел II–I тысячелетий до н. э. [Петрова, Петров…, 2000, с. 48].
Убсунурская котловина является природным и культурно-историческим объектом мирового значения. Благодаря своей уникальности котловина вызывает повышенный интерес у любителей экологического туризма. Вместе с тем освоение туристических ресурсов в республике требует новых подходов, направленных на обеспечение экономической целесообразности функционирования объектов, которые основаны главным образом на негосударственных формах собственности и не только не нарушают экологического равновесия территорий, но, наоборот, способствуют сохранению окружающей среды и культурных ценностей [Устойчивое развитие., 1996, с. 42].