По договору Бухара стала в вассальном отношении к России, уступила Самарканд и Катта-Курган с округами и обязалась заплатить контрибуцию. Из этих земель был образован Зеравшанский округ во главе с генералом Н. А. Абрамовым.
Вскоре после заключения мира начались народные волнения. Против бухарского эмира Музаффара восстал его сын Катта-тюря и шахрисябские беки, а также правители мелких бекств в верховьях Зеравшана-Мача, Фальгар, Кштут, Магиан и др., отложившихся от Бухары[231].
Российские войска участвовали в подавлении волнений на юге эмирата, штурмом были взяты города Шаар и Китаб. В верховья Зеравшана была направлена Искандер-кульская экспедиция 1870 г., после чего последовало присоединение названных бекств к Зеравшанскому округу.
Начались военные действия России против Кокандского, Бухарского эмирата, Ташкентского владения. Сотня уральских казаков под командой есаула И. В. Серова три дня вела бой под Иканом с 10 тыс. кокандцев.
Генерал-губернатор К. П. Кауфман с отрядом в 3500 человек атаковал Зерабулакские высоты под Самаркандом, где было сосредоточено 60 тыс. бухарское войско. Были взяты штурмом высоты и город Самарканд[232].
В «Перечне желательных изменений в устройстве высшего управления Туркестанским краем и других вопросах управления», направленном генерал-лейтенантом Д. И. Субботиным военному министру А. Ф. Редигеру от 22 декабря 1905 г. был поставлен вопрос о положении бухарского эмира[233].
Одновременно с завоеванием Бухары и Коканда, на границе северо-восточной части Туркестана, в Китае вспыхнуло восстание дунган (мусульман), которые в союзе с уйгурами и киргизами изгнали китайцев из Кульджи, где образовалось независимое государство уйгур-Йетишаар. Российское правительство, опасаясь, что волнения в Кульдже могут нарушить спокойствие среди пограничных киргизов, ввело войска в Кульджу в 1871 г., а через 10 лет вернуло область Китаю.
Дунганское восстание в Китае было подавлено, часть дунган бежала в российские пределы и была поселена в Семиречье.
Ухудшились российско-хивинские отношения, Хива настраивала против России туркмен и киргизов. В 1873 г. решено было организовать военную экспедицию в Хиву[234].
В это же время, как было сказано выше, было подписано первое соглашение России с Англией о создании нейтральной зоны в Средней Азии, которой должен был служить Афганистан. Во время переговоров вопрос, однако, свелся не к нейтральной зоне, а к включению в сферу влияния Англии Афганистана, с закреплением за последним Бадахшана и с установлением границы сфер влияния обоих государств по Амударье.
В 1873 г. также часть Хивинского ханства была присоединена к России. Возглавлял военную экспедицию в Хиву туркестанский генерал-губернатор К. П. Кауфман. 13 тыс. человек были разделены на пять колонн, двинувшихся из Джизака, Казалинска, Мангышлака, Красноводска, Оренбурга. Все отряды, кроме красноводского, прибыли своевременно и заняли Хивинское ханство. 12 августа 1873 г. был подписан мирный договор, согласно которому Хивинское ханство подчинялось России, обязывалось уплатить контрибуцию и уступить всю территорию правобережья Амударьи. Было освобождено из рабства множество персов.
В 1874 г. в Среднюю Азию было направлено две экспедиции: от Русского Географического Общества – Амударьинская и Петербургского Общества Естествоиспытателей – Арало-Каспийская, исследовавших Аральское и Каспийское моря, Амударью и прилегающие степи[235].
В 1875 г. в Кокандском ханстве вспыхнули волнения кипчаков во главе с Абдурахман-Автобачи, его поддержало мусульманское духовенство. Кокандский хан Худояр бежал, правителем был провозглашен его старший сын Наср-Эддин. Против России было объявлена «священная война» (газават). Восстание охватило не только Фергану, но и прилегающие части российских владений, куда вошли кипчаки. Против восставших были направлены войска. В сражении при Махре участвовало 50 тыс. восставших. Против них действовала кавалерия под командой полковника М. Д. Скобелева. Повстанцы потерпели поражение, но волнения продолжались. К кипчакам присоединились киргизы восточной части Ферганы. Российскими войсками были заняты Наманган, Коканд, Андижан, Маргелан. Волнения были подавлены. Кокандское ханство, как сказано выше, было ликвидировано. На его территории была образована Ферганская область в 1876 г. Военным губернатором был назначен полковник М. Д. Скобелев. Худояр-хан был с семьей выслан во внутренние губернии России.
Продолжались волнения алайских и памирских киргизов. Против них была организована полковником М. Д. Скобелевым военная экспедиция на Алай и Памир. Волнения были подавлены в 1876 г.
Параллельно шло исследование научными и военными экспедициями Ферганы и сопредельных стран учеными, путешественниками (А. П. Федченко, Н. А. Северцев, И. В. Мушкетов, А. Г. Романовский, Е. К. Миддендорф). В 1878 г. в Афганистан было отправлено посольство во главе с генералом Н. Г. Столетовым.