Верховный военачальник – войсковой топчи-баши – являлся одновременно и начальником гарнизона столицы. Основными родами бухарского войска была конница и иррегулярные отряды из нукеров – служилых людей. В мирное время они освобождались от налогов, а в военное – должны были нести службу в полном вооружении, с боевым конем. Войско делилось на сотни, десятки. Командиры сотен получали за службу от эмира танхо – земельные поместья, нижние же чины получали от государства в военный период только лошадей, зерно для продовольствия, одежду и небольшие денежные суммы. При эмире постоянно находился военный отряд из конницы и пехоты.
В XIX – начале ХХ в. в связи с железнодорожным строительством и активной миграцией населения из Европейской России, Украины и Белоруссии в Бухарском эмирате возникают поселения европейского типа и небольшие города: Новая Бухара, Чарджуй, Термез и Керки. Эти населенные пункты имели самостоятельную систему административного управления. В них действовало «Положение об управлении Туркестанским генерал-губернаторством» 1867 г. Бухарские власти не имели права вмешиваться в их внутренние дела. Все должностные лица этих населенных пунктов назначались туркестанским генерал-губернатором.
Согласно «Правилам об управлении, хозяйстве и благоустройстве поселений близ железнодорожных станций Чарджуй и Новая Бухара» от 23 июня 1888 г., российский представитель пользовался в этих поселениях такой же административной властью, что и военные губернаторы. В Новой Бухаре была введена должность начальника города, полномочия которого распространялись и на русских подданных города Старая Бухара и селений вдоль железной дороги между станциями Фараб и Каттакурган. Чарджуй, Термез и Керки управлялись городскими начальниками, имевшими равные права с уездными начальниками Туркестанского генерал-губернаторства[432].
Особый статус был и у воинских гарнизонов, размещенных в Бухарском эмирате. Войска находились у города Керки и в пограничном укреплении Термез. Они контролировали афганскую границу. На пограничной линии от города Керки до Дарваза располагались посты пограничной стражи особой Амударьинской бригады и таможенные посты, регулировавшие торговлю России с государствами Востока.
В 1885 г. в Бухаре создается «Российское императорское политическое агентство», выполнявшее функции посольства. Через политического агента как официального представителя России в эмирате осуществлялись все связи Ташкента и Петербурга с бухарским правительством. Ему также поручался контроль за русско-афганской границей: он следил за соблюдением условий договора, заключенного между двумя государствами в 1873 г., за беспошлинным провозом российских товаров через зону протектората в соседние восточные государства, регулировал взаимоплатежи российских и бухарских торговцев, обеспечивал оплату исков по векселям, предъявляемым российскими подданными, осуществлял судебные функции, связанные с интересами российского купечества в ханстве.
В созданной судебной комиссии, состоявшей из российского политического агента и куш-беги, решались по взаимному согласию сторон уголовные и гражданские дела, возникавшие между российскими и бухарскими подданными.
В конце XIX в. прерогативы политического агента претерпевают изменения в связи с организацией русского суда в Бухарском эмирате. Его судебные права были несколько ограничены в результате введения института мировых судей, решавших дела российских подданных.
В 1873 г. после покорения царскими войсками Хивинского ханства был заключен мирный договор, по которому ханство стало протекторатом России. Для контроля над деятельностью хана создается Диван в составе 7 человек: 4 представителя российской администрации и 3 представителя хивинской стороны (хан, диван-беги и мехтер). Решения Дивана, возглавлявшегося ханом, утверждались туркестанским генерал-губернатором, который также назначал и смещал членов Дивана. После образования Амударьинского округа Диван упраздняется. В 1874 г. округ переименовывается в отдел с центром в городе Петро-Александровск. Возглавляет его российский военачальник в звании офицера[433].
В 1887 г. принимается «Положение об управлении Туркестанским краем», по которому Амударьинский отдел включается в состав Сырдарьинской области, его начальник приравнивается к уездному начальнику, но с сохранением особых полномочий. Он остается начальником войск отдела и в военных делах подчиняется туркестанскому генерал-губернатору, являясь также дипломатическим представителем России в Хивинском ханстве.