В-третьих, как свидетельствовали сами крестьяне, чиновники на местах зачастую стремились подсунуть переселенцам землю похуже, а лучшую оставить казне. Поток переселенцев и стал иссякать к 1911 году, потому что к этому времени наиболее плодородные земли вдоль Транссибирской железной дороги, которые особенно привлекали крестьян, закончились.
В-четвертых, нередкими были стычки между сибирскими инородцами и сибирскими старожилами из казаков и столыпинскими поселенцами. Раздавая поселенцам землю, правительство ущемляло местных инородцев и казаков, что вызывало недовольство с их стороны. Показательно, что в годы гражданской войны в Сибири разделение на красных и белых точно совпало с разделением на старожилов и столыпинских переселенцев, первые поначалу были за Колчака, а вторые — за Советскую власть (потом, после «белого террора», за Советскую власть стали все).
Наконец, в-пятых, само правительство вело странную и во многом противоречивую политику по отношению к переселенцам. С одной стороны, оно призвало крестьян сниматься с родных мест и переезжать осваивать Сибирь. С другой стороны, оно стало выпускать циркуляры, которые только препятствовали переселению. Так, 30 декабря 1910 года был выпущен циркуляр, по которому отныне льготный проезд обеспечивался только тем переселенцам, чьи прежние общины согласны были распуститься и перейти к хуторскому хозяйствованию. В итоге поток переселенцев, и так уменьшающийся, становится еще скуднее: теперь добраться до Сибири могли только обеспеченные крестьянские семьи.
Эту противоречивость в действиях правительства, которое то поощряло переселенцев льготами, то препятствовало им бюрократическими препонами и снижениями тарифов, легко объяснить. Российская империя начала ХХ века представляла собой, как и современная Российская Федерация, «торгово-сырьевое государство». Значительную часть доходов дореволюционной России составляли доходы от продажи за рубеж сельскохозяйственной продукции и, прежде всего, хлеба. Продукция же эта производилась крестьянами в образцовых помещичьих латифундиях, которые принадлежали «хлебным капиталистам» — очень узкой, но очень влиятельной прослойке общества, имевшей влияние и в правительстве, и при дворе и уж, конечно, в органах местной власти. Не случайно ведь еще в 1906 году против переселенческой программы Столыпина выступал именно министр земледелия — его ведомство отвечало за производство хлеба, который продавался за границу, и было заинтересовано в том, чтобы дешевая рабочая сила концентрировалась в европейской России. Да и сами хлебные капиталисты были кровно заинтересованы в сохранении в деревне избытка рабочей силы, ведь чем больше работников, тем меньшую плату они будут просить за свой труд. Об этом помалкивают либеральные и правые пропагандисты, идеализирующие П. А. Столыпина и рыдающие по поводу того, что «ему не дали необходимые 20 лет», но представители академической науки знают это и давно об этом открыто говорят. Так, историк М. Дорофеев совершенно правильно заключает: «Массовое переселение крестьян на окраины империи, в том числе и в Сибирь, стало частью невыполнимой задачи правительства, которое летом 1906 г. возглавил П. А. Столыпин, — разрешить аграрный кризис при неприкосновенности помещичьего землевладения».
Впрочем, был и еще один влиятельный противник переселенческой политики — русская крестьянская община. Столыпинская программа переселенчества была тесно увязана с программой разрушения общины и перехода к фермерскому «хуторскому» хозяйству. Чтобы переехать в Сибирь, нужно было выйти из общины да и на новых землях правительство поощряло создание хуторов, а не новых «сельских обществ». Однако разобщинивание русской деревни как известно, провалилось, и из 13,5 млн крестьянских домохозяйств выделилось из общины и получило землю в единоличную собственность к 1916 году лишь 1,436 млн (10,6 %). Крестьяне активно сопротивлялись приватизации земли, поскольку не без оснований на то видели в общине свою защитницу в трудные годы недорода или в частной беде (пожар, болезнь). Да и просто идея частной собственности на землю полностью противоречила мировоззрению крестьян того времени, построенному на фольклорном православии, обожествлявшем землю как «кормилицу». Крестьяне сопротивлялись размежеванию земель и с таким же ожесточением поджигали хутора «отделившихся», как и дома помещиков.