Буржуазные националисты и немецкие интервенты боялись народного гнева. Они начали белый террор, с 13 февраля ввели военное положение в Каунасе и его окрестностях, в районе Мариамполе, также в районе Алитуса. Начались аресты местных коммунистов и других левых активистов, прогрессивной интеллигенции. Часть из них были убиты. В Мариамполе отряд местных крайних националистов напал на лидеров местных коммунистов Ю. Зонелиса и Ю. Габриса, один из них был убит, другой тяжело ранен. Тяжело раненый Ю. Габрис был отвезен в помещение штаба националистов, там ему отрубили руку, и он умер. Затем отрубили руку и от тела уже мертвого Ю. Зонелиса, после этого тела мертвых коммунистов бросили в реку. Только через месяц соратники нашли их тела и похоронили в кладбище. 7 апреля группа белых карателей недалеко от Паневежиса схватила одного из лидеров местных коммунистов С. Лукшиса, его жестоко мучили и убили. Защитники советской власти решительно боролись с врагами, вот на окраине Тельшей 18 февраля 1919 г. трое соратников – коммунист Ф. Пашкис, комсомольцы Н. Петрушин и С. Штуков держались до последнего патрона и пали смертью храбрых. 13 июня 1919 г. в городе Вилкавишкис решением немецкого военного суда на смертную казнь осуждены 5 коммунистов из городка Кибартай – А. Тислява, К.Каченаускас, Й. Жюркус, К. Бурайтис, А. Рентелис. Только после решительных протестов общественности вместо смертной казни им дали наказание – пожизненное тюремное заключение.
Основными противниками в боях были немецкие военные. Они были хорошо вооружены и многочисленны, в тяжелых боях литовские советские войска потерпели несколько поражений. 11 марта немецкие интервенты заняли Шауляй, 14 марта – Радвилишкис, 22 марта – Йонишкелис, 24 марта – Пасвалис и 26 марта они заняли Паневежис. И тогда было принято решение остановить врага, определили план действий, прибыло подкрепление: 15-ый Латгальский полк, дивизион артиллерии, большие отряды из Купишкиса и Йонишкелиса, основу которых составляли коммунисты. 2 апреля начато наступление на Паневежис. 4 апреля литовские советские войска заняли Паневежис и продолжили наступление. 12 апреля заняли Вабалнинкас, 21 апреля Пасвалис, а 1 мая освободили Йонишкелис.
В апреле все активнее стали действовать и польские националисты. 19 апреля рано утром польская кавалерия под руководством полковника П. Пражмовского ворвалась в Вильнюс и заняла железнодорожный вокзал. Вечером 19 апреля в Вильнюс ворвались и два батальона пехоты, ночью к ним добавился и эскадрон кавалерии. Шли бои в разных местах Вильнюса, город защищали бойцы 153 полка (командир В. Розе), отряд комсомольцев имени К. Либкнехта (вместе с мужчинами отряда с оружием город защищали и немало женщин). Но вечером 21 апреля польские националисты заняли город. Тогда принято решение созвать разные военные формирования и освободить Вильнюс. Из Укмерге в сторону Вильнюса тронулись 5-ый и 7-ой полки, в Рокишкисе был сформирован отряд коммунистов из 120 человек (командир – П.Федаравичюс, его заместитель Й. Мацияускас). 28 апреля освобождена Майшягала, 29 апреля – Риеше. 30 апреля советские силы ворвались в окраины Вильнюса. Но польским интервентам удалось отразить нападение, им помогло значительное превосходство в численности, кроме того, они были лучше вооружены.
Польские интервенты утвердились в Вильнюсе и начался жестокий белый террор. Были схвачены и расстреляны комиссар народного контроля С. Берсон, профсоюзный лидер П. Раманаускас, комиссар милиции Й. Мацкявичюс. В тюрьмы закрыты сотни коммунистов, комсомольцев и членов их семьей. 5 мая поляки совершили жестокий еврейский погром, убили 12 евреев, сотни ранили, ограбили много домов.
В начале мая в атаку шли и немецкие интервенты вместе с военным соединениями буржуазных националистов. На этот раз с воздуха их поддержала эскадрилья немецкой авиации. 5 военных самолетов бросили бомбы на Укмерге. Вечером 3 мая немецкие интервенты заняли Укмерге.
После того, когда польские националисты утвердились в Вильнюсе, советское правительство Литвы, ЦК КПЛ и совет Обороны с начала мая начали работать в Минске. Здесь работал председатель правительства В. Мицкявичюс-Капсукас, члены правительства К. Циховский, А. Вайнштейн и другие их коллеги. А член ЦК КПЛ З. Алекса-Ангаретис вместе с группой соратников работало в Даугавпилсе, в его обязанности входило поддержать связи с советским правительством Латвии, он отвечал и за сектор агитации и пропаганды. В Даугавпилсе находилась и редакция издания, Коммунист”.