Институт империи на Западе был восстановлен германским королем Оттоном I Великим, окончательно захватившим северную часть Италии в 961 году и в 962 году коронованным в Риме папой Иоанном XII как imperator Romanorum et Francorum, «император римлян и франков». Оттон II уже использовал титул imperator augustus Romanorum «римский император», а в 1034 году появляется наименование его державы как Римской империи. Апогея своего влияния институты империи достигли в XI столетии, при Генрихе III. Вскоре после этого начинается длительный процесс борьбы пап и императоров, включавший в себя как борьбу за инвеституру (право назначения епископов и аббатов), так и борьбу за господство в Италии. Результатом этой борьбы стали как компромиссные решения о двойной инвеституре, принятые в 1122 году Вормсским конкордатом, так и постепенное ослабление иперской власти в Италии и потеря империей большей части итальянских земель, включая Рим, утраченный в конце XII века. Тем не менее коронация императоров продолжала происходить в Риме вплоть до начала XVI века, когда в 1508 году императоры получили от Пап право приобретать императорский титул просто на основании их избрания курфюстами. В этот период происходит «имперская реформа» (1495), инициировавший которую император Максимилиан I ставил целью укрепление имперских институтов и превращение Империи в подобие централизованного государства. Это государство начинает все более осмысляться как национальное немецкое: так, в 1512 году Максимилиан I в обращении к Рейхстагу назвал империю Heiliges Römisches Reich Deutscher Nation «Священной Римской империей германской нации». Характерной чертой этого периода также стал рост влияния Австрии внутри Империи. Столицей Священной Римской империи фактически стала Вена, все избранные императоры начиная с 1439 года происходили из правивившей в Австриии и соседних с ней славянских и венгерских землях династии Габсбургов.
Периодом острого кризиса, предпоределившего дальнейший упадок имперского проекта, стал XVII век, когда религиозные противоречия между католиками и протестантами, до этого сдерживавшиеся в рамках Аугсбургского мира (1555), выплеснулись в открытое вооруженное противостояние. Тридцатилетняя война разорила земли Священной Римской империи, а условия заключенного в 1648 году Вестфальского мира привели к потере части территорий Империи и общему ослаблению императорской власти. В XVIII веке единство Империи стало рассыпаться из-за соперничества сильнейших королевств и княжеств, входящих в ее состав, в первую очередь Австрии и Пруссии, консолидировавших под своей властью значительную часть восточноевропейских земель, не входящих в состав Империи. Окончательный удар Империи нанесло вторжение Наполеона в 1801–1805 годах – оккупация значительной части германских земель французами и военный разгром Австрии фактически свели политическое влияние императора на немецкие дела к нулю. В 1806 году был образован Рейнский союз, участники которого заявили о выходе из состава Империи. 6 августа 1806 года Франц II отказася от короны императора Священной Римской империи и освободил имперские княжества, сословия, чины и должностных лиц имперских учреждений от обязанностей, наложенных на них имперской конституцией. Таким образом, Священная Римская империя перестала существовать.
Можно ли говорить о каких-либо наследниках, сохранивших определенную преемственность со Священной Римской империей? Вне всякого сомнения таким наследником, в первую очередь, стала Австрийская империя. В составе империи Австрия имела статус эрцгерцогства, однако правившая ей династия Габсбургов начиная с XV века прочно утвердилась на престоле императоров Священной Римской империи. Франц II был провозглашен императором Австрии в 1804 году, в дни крушения Священной Римской империи, прекратившей свое существование через два года после этого события. Австрией правила династия Габсбругов, до того три века управлявшая империей, ядром австрийских земель стало бывшее эрцгерцогство Австрия, ранее бывшее имперским владением Габсбургов. Император и его двор, как и в предыдущие века, продолжали находиться в Вене, столице новой Австрийской империи. Тем не менее сложно говорить о преемственности между Священной Римской и Австрийской империями в буквальном смысле или о притязаниях Габсбургов на римское наследство.