Сам Борромео был страшно строг по части нравственности. Первым делом, став архиепископом, он навёл порядок в церкви. Миланские нравы могут быть охарактеризованы тем, что именно с XVI века сифилис по всей Европе стали называть «ломбардской болезнью», а содомию – «любовью по-ломбардски». Церковники богатого и роскошного Милана, ориентируясь на Рим, не только закрывали глаза на грехи своих сограждан, но и сами пустились во все тяжкие. Карло Борромео задал им перцу, наведя порядок в монастырях и церквах, устрожив устав и его соблюдение и многих подвергнув наказанию. Заодно он добивается запрещения монашеского ордена Умилиатов, основанного ещё в XII веке, влиятельного среди интеллектуалов итальянского севера и ставшего в XVI веке оппозиционным по отношению к официальному католицизму. Карло вообще лютует, он преследует еретиков, жжёт ведьм. Миланский архиепископ может быть обвинён в коллаборационизме, ибо находился в прекрасных отношениях с испанцами, которые хоть и не были слишком навязчивы, но всё ж оккупанты. Аресты инакомыслящих и костры, сжигающие несчастных женщин, о которых его биографы предпочитают умалчивать, не слишком его красят, но деятельность имела и другие стороны: он много строил церквей и школ, развернул широкую благотворительную программу, заботился о системе миланского здравоохранения, переоборудовал госпитали, боролся с голодом и эпидемиями. В общем, кроме того, что был строгим и благочестивым архиепископом, он был ещё и рачительным мэром, и к тому же настолько богат, что не был замешан ни в каких финансовых махинациях, а на многие благотворительные проекты тратил свои деньги.
Во время чумы 1576–1577 годов, охватившей север Италии и затронувшей, хотя и в меньшей степени, другие её районы, Карло Борромео предпринял столь деятельные меры по борьбе с заразой, что они считались образцовыми для всей Европы, так что эпидемия в итальянской истории получила название Песте ди Сан Карло, Чума Святого Карла. Начался мор в Венеции – считается, что именно Чума Святого Карла унесла в могилу Тициана, заразившегося от собственного сына, – затем перекинулся в Ломбардию. Карло Борромео после сложных переговоров добился от испанского наместника, маркиза Айямонте, чтобы в Милане и всей Ломбардии было прекращено взимание казённых налогов. Также он получил от испанцев субсидию в сорок тысяч скуди. На эти деньги, добавив собственные средства, Карло Борромео благоустроил, как мог, знаменитый миланский лазарет, Лаццарето ди Милано. Построенный ещё в конце XV века, лазарет занимал огромную территорию на северо-востоке города, в районе сегодняшней Виа Буэнос-Айрес. Лаццарето ди Милано был практически полностью разрушен в конце XIX века, остались немногочисленные отдельные фрагменты его строений и церковь, находившаяся в центре его двора.
Лаццарето ди Милано – грозный символ чёрной беды, что разгуливала по барочной Европе. Предназначенный для бедных, он был страшным и проклятым местом. Отправлявшиеся туда практически были обречены на смерть и это знали, но это была хоть какая-то санитария, возможность не умереть на улице. Лазарет был предназначен в первую очередь для того, чтобы изолировать, а не подать помощь и уж тем более – не для того, чтобы излечить. Он находился в ведении городских властей, то есть при Карло Борромео в ведении губернатора, маркиза Айямонте. Деньги на него отпускались из казны, по распоряжению того же губернатора. Власти лазарет никогда не посещали, поэтому чиновники нещадно воровали. Всё было отдано на откуп рвению и добросовестности монахов, всего около сорока человек. Карло Борромео мало что мог изменить, но он не боялся общения с чумными. Он постоянно посещал лазарет, следя хотя бы за тем, чтобы выдаваемая монахам для распределения солома не была прогнившей, хлеб заплесневевшим, а вода протухшей. Отличному маньеристу, художнику Пеллегрино Тибальди, ломбардцу по происхождению, учившемуся в Риме, также подрабатывавшему и архитектурой по совместительству и много чего построившему в Милане, надо сказать – довольно успешно, он заказал особый и довольно экстравагантный проект открытой церкви, сохранившейся, хоть и в очень перестроенном виде, с полностью замурованными арками, до наших дней. Такой тип называется chiosco, «киоск», причём слово происходит из персидского, от слова kušck, «дворец», и обозначало сначала не торговые точки, а садовые павильоны-беседки. Церковь называется Сан Карло аль Лаццарето. В построенной Тибальди церкви он часто сам служил, к тому же навещал больных, исповедуя и причащая многих умирающих. Церковь-киоск во имя Чумы – очень барочный образ.