Под чутким руководством Отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями при Московской Патриархии стали появляться православные военные части, набор в которые производился военкоматами по вероисповедному признаку. Выступая в одной из таких частей, Патриарх отметил даже, что «воинский долг и подвиг имеет в настоящее время особенно важное значение и требует от тех, кто принимает его на себя, особо серьезного отношения к сохранению православной традиции российской государственности» (М.Ситников. «РПЦ в политическом пространстве современной России». http://www.ateism.ru/articles/sitnikov01.htm).
Такое участие церкви очевидно способствует расколу общества и государственных институтов по религиозному принципу. На это указывал Председатель Совета муфтиев России Равиль Гайнутдин, который сказал, что «нельзя в многонациональном, многоконфессиональном государстве делить армию на полки по вероисповеданиям. Если сегодня создаются христианские полки, значит, необходимо будет создавать в дальнейшем и мусульманские, буддийские, иудейские. Если у нас одно отечество, мы должны защищать его сообща». (С.Мозговой. Силовики благочестия. Журнал «Отечественные записки». № 1, 2003. https://magazines. gorky.media/oz/2003/1/siloviki-blagochestiya.html).
Но РПЦ проявляет гибкость в своем проникновении, в частности, в школы. Так, Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II в письме епархиальным архиереям № 5925 от 9.12.1999 г. рекомендовал в случае, если попытки убедить директоров и педагогов школ ввести преподавание основ православного вероучения будут неудачны, назвать такой курс основами православной культуры. И в некоторых школах Московской области такие курсы ввели. (У.Карашова. Опыт введения предмета «Основы православной культуры» в общеобразовательных учреждениях Ногинского района Московской области. https://pandia.ru/text/78/468/66971.php).
Материальная база РПЦ начала развиваться с передачи церкви объектов религиозного назначения из госфондов. С 1995-го религиозным организациям по всей России стали передавать культовые здания. (Т.В.Растимешина. «Возвращение церкви объектов культурного наследия в контексте внутриполитических тенденций в России // Экономические и социально-гуманитарные исследования. 2014, № 1 (1), с.143).
Сведения о бюджете Патриархии (центральном церковном бюджете) не оглашались с 1997 года. Он весьма незначителен в сравнении с совокупным доходом приходов и епархий, что связано с отсутствием механизма контроля и принуждения к отчислению средств в центральный бюджет, а также зачастую и в звене приход (монастырь) — епархиальное управление. (Н.А.Митрохин, М.Ю.Эдельштейн. Экономическая деятельность Русской Православной Церкви и ее теневая составляющая. М., РГГУ, 2000).
В середине 1990-х годов правительство России предоставило ряду структур РПЦ таможенные льготы, приведшие к злоупотреблениям среди связанных с РПЦ коммерческих структур. После того, как масштаб злоупотреблений стал общеизвестным (табачный и алкогольный скандалы «под крышей» гуманитарной помощи), льготы были отменены по просьбе Алексия II (Письмо Минфина РФ от 05.11.1996 № 01–10/11-4547. «О предоставлении таможенных льгот»). РПЦ получала доход от инвестиций в импорт иномарок, строительство, ресторанный и гостиничный бизнес, в оптовую и розничную торговлю, сельское хозяйство и производство продуктов питания, а также банковский сектор (Журнал «РБК» подсчитал, на что живет РПЦ // РБК. 25.07.2012. rbc.ru›economics/25/07/2012/).
Как церкви не возлюбить такую «богопочитаемую» власть, которая предоставила ей возможность (в отличие от коммунистов) под декларации о высокой нравственности, духовности и святой Руси обрести и укрепить РЕЛИГИОЗНУЮ ДУХОВНУЮ ВЛАСТЬ в обществе, наращивать СОБСТВЕННОСТЬ для церкви в целом и церковной элиты, безнаказанно создавать «теневые» источники ОГРОМНЫХ ДОХОДОВ. Ради таких «святых» целей церковные иерархи согласны мерзопакостные дела Б.Н.Ельцина и его подельников трактовать как благо для России и укрепление нравственности народа.
В свою очередь РПЦ стала по пасторски поддерживать руководство РФ, активно призывать россиян к терпению и покорности, обещая за это благоденствие на том свете, убеждать мирян в том, что протестовать против существующей власти противоречит православным догматам и божьим заповедям.