Сердюков наломал очень много дров, на что ушла немалая часть бюджета страны. Были и правильные вещи, например, решение вопроса с находящимися годами «за штатом» тысяч офицеров, многие из которых практически не исполняли свои обязанности, а только числились. Ликвидация так называемых кадрированных частей, преобразование подавляющего большинства соединений в части постоянной боевой готовности, что позволило избавиться от балласта. И все.
Еще один отрицательный пример — перевод на аутсорсинг системы обеспечения и обслуживания Вооруженных сил, который не оправдал себя как оперативная система. Для солдат срочной службы ввели пятидневную «рабочую неделю» с двумя выходными. А готовили пищу, убирали территорию и помещения, мыли полы в казарме и туалеты гражданские лица, по факту — тетя Маша из соседней деревушки. «Мы хотим ввести во всех частях дополнительный час послеобеденного отдыха», — декларировал Сердюков, не понимая ни сути воинской службы, ни конкретных ее реалий. Фактически аутсорсинг развивался там, где он приносил хороший доход, и не было обязательств. А значит, не решались задачи по обеспечению войск в боевых условиях, военнослужащих оказалось некому кормить, техника не ремонтировалась, а в районы полевых выходов не доставлялись ГСМ. Подрядчики при этом занимались только эксплуатацией коммунально-жилищного фонда, электро- и теплохозяйства без надлежащего содержания и ремонта. В результате в зимний период происходили многочисленные аварии или отсутствовали запасы топлива. Все недостатки приходилось устранять в авральном режиме, причем нередко самим же военнослужащим. При этом Минобороны содержало 124 тысячи уборщиц и дворников, более 100 тысяч рабочих на заводах.
Все начинания Сердюкова оказались фантазиями человека, не знающего ни армии, ни ее реальных потребностей. Можно, например, вспомнить, как он хотел вообще отказаться от закупок ВВТ (вооружения и военной техники) российского ВПК в пользу закупок за рубежом. Сейчас в условиях санкций понятна наивность таких пожеланий.
Другой инициативой Сердюкова стала разработка новой военной формы домами моды Игоря Чапурина, Валентина Юдашкина, ЦНИИ текстильной промышленности, других организаций. Но после введения новой формы «от Юдашкина» с приходом зимы в войсках начались вспышки ОРВИ и простудных заболеваний.
В ходе реформирования планировалось избавление Министерства обороны от непрофильных активов, их планировалось распродать, вырученные деньги направить в бюджет. В рамках этой реформы в сентябре 2008 года был создан холдинг «Оборонсервис», в который вошли девять субхолдингов — «Авиаремонт», «Спецремонт», «Ремвооружение», «Оборонстрой», «Агропром», «Оборонэнерго», «Военторг», «Красная звезда» и «Славянка». Но вместо праведных дел, работники холдинга занялись противоправной деятельностью, породившую крупный коррупционный скандал. Сотрудников «Оборонсервиса» правоохранительные органы уличили в махинациях при реализации непрофильных военных активов, в том числе здания Мосвоенторга; при продаже комплекса зданий «31 ГПИСС» в центре Москвы: компания «ВитаПроджект» (в то время подконтрольная Е.Васильевой) и ОАО «Сосновоборэлектромонтаж», купили, соответственно, 70 % и 30 % акций института, по заниженной цене. По версии следствия, Центр правовой поддержки «Эксперт», которым руководила подруга Васильевой Екатерина Сметанова, по заказу «Оборонсервиса» оценивал объекты по заниженный цене, после чего выставлял их на продажу. Предварительный ущерб, нанесенный государству от продажи частным компаниям по заниженным ценам только восьми объектов недвижимости, составил более трех миллиардов рублей. Следствие пришло к выводу, что решения об их продаже не могли приниматься без ведома главы военного ведомства. При последующем расследовании общий ущерб по уголовным делам холдинга ОАО «Оборонсервис» приблизился к семи миллиардам.
В декабре 2012-го находящийся в СИЗО бывший глава юридической службы ООО «Мира» Дмитрий Митяев рассказал следствию, что Сердюков лично выпускал директиву и давал указания членам совета директоров «Оборонсервиса», как голосовать по вопросу продажи того или иного военного имущества. Показания на Сердюкова дала и экс-глава центра правовой поддержки «Эксперт» Екатерина Сметанова, которая подбирала покупателей для реализуемого по заниженным ценам имущества МО РФ. Сердюков лично утверждал план реформирования холдинга «Оборонсервис», этим документом устанавливались сроки ликвидации и приватизации предприятий ведомства. 6 декабря 2013-го Сердюкову было предъявлено обвинение в халатности, повлекшей причинение крупного ущерба (ч. 1 ст. 293 УК РФ). Но в феврале 2014 года ГВСУ прекратило следствие, так как Сердюков попал под амнистию к 20-летию Конституции, будучи признан «защитником Отечества».