5 апреля 1799 года была издана папская булла об утверждении Феодосия Вислоцкого епископом Супрасльским, само же посвящение его в епископы состоялось лишь 15 апреля 1800 года. Но прошел всего лишь один год, и 28 апреля 1801 года епископ Феодосий скончался. После него епископом Супрасльским был избран 15 июля 1801 года священник Николай Духновский, кафедральный канцлер Брестской епархии (занимавший приход в местечке Семятичи). Папа утвердил это избрание 16 мая того же 1801 года, а вот посвящение состоялось лишь 29 апреля 1804 года. Епископ Духновский еще в 1800 году записал бооо злотых на учреждение в Супрасле училища для клириков; при посвящении же его в епископа записал на учреждение в Супрасле семинарии 40 ооо злотых. Семинария была открыта в октябре 1804 года; учеников в ней было всего з человека, а учитель – один, на содержание которому было назначено юоо злотых в год. Скончался Духновский 21 июня 1805 года. После его кончины епископом Супрасльским был избран, но не был утвержден в своем звании, архимандрит Супрасльскаго монастыря Лев Яворовский. Вот этот человек был убежденным латинянином по религии и поляком по всему складу своего ума; восточного обряда он чуждался, впоследствии стоял в стороне от воссоединения униатов и умер ревностным сыном Римской церкви (скончался он 21 октября 1833 года). Позднее, в 1807 году почти вся эта Супрасльская греко-католическая епархия по Тильзитскому договору отошла к России в составе Белостокского округа и была немедленно упразднена российскими властями. В 1839 году все униаты Белоруссии, в том числе и проживавшие в Белостокском округе, вернулись в Православие и воссоединились с Греко-Российской Православной Церковью. Их потомки ныне проживают в Подляшском воеводстве Польши и составляют костяк Польской Православной Церкви.
В целом период проживания в составе Прусского королевства не был особо благоприятен для униатов и православных. Прусские власти стали навязывать свои, протестантские взгляды на жизнь, стали разбираться с церковным имуществом, отбирать накопленную веками недвижимость. Духовные имения конфисковались в казну. Так, уже 8 июня 1796 года появился указ прусского правительства о конфискации всех имений греко-католического Супрасльского монастыря, находившихся в пределах Пруссии. Взамен этих имений на содержание монастыря определена была сумма 2333 талера и 45 грошей, а также 75 саженей и 4 воза дров. Печальная судьба постигла униатскую Супрасльскую типографию, действовавшую в одноименном монастыре с 1692 по 1803 гг. За сто с небольшим лет её существования она выпустила 456 названий книг, из которых 35 % составляли религиозные издания. Впрочем, собственно униатских религиозных книг было только 45, что не дотягивает даже до ю% от общего числа изданных книг. В то же время на протяжении 1772–1796 годов в Супрасли было издано 60 книг для русских старообрядцев. Книги для старообрядцев шли в Белоруссию, на Украину, в Польшу, Молдавию, в европейскую Россию, в Сибирь и Среднюю Азию. Старообрядческая литература печаталась в униатском монастыре на коммерческой основе. Существенный упадок экономики униатских монастырей Польши вынудил их использовать любую возможность для заработка. Старообрядцы же денег на книги не жалели. С 1772 по начало 1780-х годов издание в Супрасли старообрядческих книг было связано с деятельностью купца Михаила Григорьевича Соловьева, который самостоятельно печатал книги, арендуя часть оборудования типографии. Им было напечатано всего несколько изданий. С середины 1780-х годов до 1796 года префектом типографии был Мелетий Оссуховский, придавший её деятельности ярко выраженный коммерческий характер. При нём старообрядческие книги печатались на заказ. Одним из заказчиков старообрядческих изданий был купец из Стародубья П. И. Губарев.
Так вот, после создания провинции Новая Восточная Пруссия условия для деятельности Супрасльской типографии резко ухудшились. Германским властям наличие такого славянского духовного центра совершенно не нравилось. Опираясь на немецкую администрацию, германские королевские типографы Е. Кантер и Е. Апфельбаум сделали всё для устранения конкурента. Наконец, в 1803 году по приказу прусских властей Супрасльский монастырь был вынужден (под угрозой конфискации) продать типографию со всем ее оборудованием белостокскому купцу Аарону. Так прусские власти закончили историю Супрасльской типографии.