Осенью 1799 года Исаков обратился в Коллегию иностранных дел с прошением об отставке за старостью лет и слабости здоровья. 16 ноября император Павел I подписал соответствующий Указ об отставке с награждением чином статского советника и пенсией в размере прежнего консульского жалования. Уехать из Кёнигсберга Исаков не успел. До августа 1800 года он продолжал исполнять обязанности консула, ожидая прибытия нового на смену. Умер Исаков в Кёнигсберге и был похоронен на католическом кладбище. Место его погребения ныне неизвестно.
Следует особо отметить то обстоятельство, что православной церкви при российском консульстве в Кёнигсберге создано не было. В то же время при многих дипломатических представительствах России в различных европейских странах церкви были созданы. Конечно, обычно эти представительства имели ранг посольства или дипломатической миссии. Статус консульства был более низок и не позволял поднимать вопрос о создании при нём церкви. Отметим, что у первого русского консула в Кёнигсберге Ивана Исакова в течение всего периода его деятельности вообще не было сотрудников. Всю консульскую работу он выполнял самостоятельно. Таким образом, появление русского консульства в Кёнигсберге никак не способствовало появлению здесь православной церкви.
Зато спустя три десятилетия после окончания Семилетней войны проблемы Православной церкви пришлось решать прусским властям. По третьему разделу Речи Посполитой в 1795 году Пруссия захватила земли со значительной долей славянского православного населения. Была создана провинция под названием Новая Восточная Пруссия, на территории которой, в свою очередь, были созданы два департамента военно-доменной камеры: Плоцк и Белосток. В Белостокском департаменте под прусской властью оказались даже православные монастыри: в Заблудове (Успения Пресвятой Богородицы), Вельске (Свято-Никольский) и Дрогичине (Свято-Троицкий). Впрочем, православных на захваченных Пруссией территориях было весьма немного – от двух до трёх тысяч. Указанные монастыри выполняли одновременно и функции приходских церквей, поэтому миряне, бывшие их прихожанами, оставались в Православии. К тому времени все остальные православные приходы на данной территории были насильственно переведены в унию, и их прихожане стали числиться греко-католиками. Фактически православие сохранили только указанные выше три монастыря. В них монахи оказались более стойкими в вере. Эти три монастыря входили в группу Подляшских заграничных монастырей Киевской митрополии и непосредственно подчинялись православному минскому епископу.
Греко-католиков (униатов) было больше. Всего на территории Новой Восточной Пруссии оказались 68 греко-католических приходов и 4 монастыря. Число греко-католиков в королевстве Пруссия достигло 62 тысячи человек с учётом детей. По другим подсчётам прихожан обоего пола (свыше девятилетнего возраста) считалось 46 968 душ. А ещё на этой территории жило некоторое количество русских старообрядцев. Таким образом, после 1795 ГО
ДУ У прусских властей появилась новая головная боль: нужно было разобраться в различиях между православными, греко-католиками и старообрядцами и что-то с ними сделать. Прусские власти начали решать проблему с наиболее многочисленной конфессии, то есть с греко-католиков. После третьего раздела Польши в пределах Пруссии не оказалось ни одной униатской епархии. Прусское правительство, находя неудобным допустить для своих новых подданных сношения с заграничными епископами, решило открыть самостоятельную кафедру в местечке Супрасль. На первых порах во главе униатского духовенства области стоял Феодосий Вислоцкий, архимандрит Супрасльского монастыря, с титулом оффициала и администратора епархии. Затем в 1797 году король Прусский издал указ на имя Онуфрия Шенбека, римско-католического епископа Плоцкого, об учреждении новой Супрасльской епархии. Супрасльская консистория была открыта в том же 1797 году; булла же папы Пия VI об учреждении епархии и капитула была издана лишь в следующем году, 6 марта. Буллою этою местечку Супрасль предоставлялись все права епископского города; церковь Супрасльскаго монастыря была сделана кафедральным собором; епископское достоинство и кафедра оставлялись за каждым вновь назначаемым епископом, который созывал для своего Синода аббатов, прелатов и других членов; учреждались Супрасльские капитул, печать, двор, епископский трон и прочие епископские отличия, а также все права власти и суда. По словам той же буллы, в Супрасльской епархии значились 27 городов и 474 поместий, в которых состояло 35 000 прихожан униатов. Супрасльскому епископу определялось жалованье в 4000 талеров из сумм прусского казначейства; капитул и каноники должны были получать жалование по усмотрению короля.