В ходе Наполеоновских войн в 1807–1813 годах французская армия, занимавшая Кёнигсберг, использовала эту церковь как тюрьму и лазарет. В XIX и начале XX веков там размещалась гарнизонная, а позже университетская лютеранская кирха. Её неоднократно реставрировали. В изданной в 1895 году в Кёнигсберге книге Рихарда Армштедта и Рихарда Фишера «Краеведение Кёнигсберга в Пруссии» утверждается, что со времен русского владычества во время Семилетней войны в кирхе сохранились три медные люстры с изображением двуглавых орлов. В годы Второй мировой войны здание кирхи было непоправимо повреждено. В ночь с 27 на 28 августа 1944 года – во время налета английской авиации – у Штайндаммской кирхи обрушилась крыша, сильно пострадал интерьер, но башня тем не менее устояла. Во время штурма в апреле 1945-го кирха получила очередные серьёзные повреждения. Уцелели только алтарная часть, восточная сторона с аркой свода и фрагмент северной стены. В конце 1950-х годов руины кирхи были окончательно разобраны при прокладке Ленинского проспекта. Сейчас на месте кирхи – проезжая часть напротив аптеки. Место бывшего храма Воскресения Христова никак не отмечено. Здесь нет ни часовни, ни памятного знака, ни хотя бы мемориальной доски на стене ближайшего дома по Ленинскому проспекту.
Никак не отмечено и место бывшей Французской кирхи, где православные богослужения начались ещё до Семилетней войны и продолжались до освящения храма Воскресения Христова (Штайндаммской кирхи).
Можно вспомнить, что после занятия русскими войсками Кёнигсберга первые богослужения проводились в помещении Орденского замка. Замок был сильно разрушен в 1944 году английской авиацией и окончательно разобран после войны. Ничто, ни часовня, ни мемориальный знак, не напоминает о том, что в 1758–1760 гг. на этом месте проводились православные богослужения.
Следует учесть, что в Фридрихбургской крепости Кёнигсберга существовала своя кирха, предназначенная для удовлетворения религиозных потребностей её гарнизона. Сразу же после занятия русской армией Кёнигсберга в январе 1758 года гарнизон Фридрихсбургской крепости был сменён на русский. Русские военнослужащие жили в этой крепости вплоть до передачи Кёнигсберга прусским властям в 1762 году. При этом лютеранскому пастору в крепостной кирхе делать было нечего. Вся его паства – прусские солдаты и офицеры – бежали из Кёнигсберга в январе 1758 года и вернулись только в конце лета 1762 года. С очень большой уверенностью следует предположить, что крепостная кирха использовалась русским гарнизоном Фридрихсбурга для проведения богослужений и исполнения треб, хотя конкретных свидетельств об этом сегодня и не известно.
Выше было отмечено особо, что при отправке имущества Кёнигсбергского храма Воскресения Христова в Россию книги Триодь Цветная и Минея общая были оставлены в Кёнигсберге при госпитальной церкви. Это свидетельствует о том, что в занятом русскими Кёнигсберге действовал как минимум один военный госпиталь и церковь при нём. Между тем госпитальные кирхи существовали в Кёнигсберге ещё до семилетней войны. Можно предположить, что русские для размещения и лечения своих больных и раненых военнослужащих использовали здания прусского госпиталя, а для проведения богослужений и треб – госпитальную кирху. Это предположение требует дополнительных исследований.
Для размещения православной церкви в Пиллау было использовано здание у входа в крепость, которое было «надстроено». В крепости Пиллау у входа вплоть до 1945 года стояла кирха совершенно необычной для Пруссии архитектуры. Её выстроили в форме креста. Башни-колокольни не было. Кирху не венчал ни крест, ни традиционный для лютеран петух. Изначально богослужения проводились в ней на различных языках и для представителей различных конфессий. Объясняется это тем, что в гарнизоне крепости служили наемники. Это были и шведы, и французы, и немцы, и представители других народов. В здании кирхи также проводились занятия для детей военнослужащих. Вот эту кирху и «надстроили», переделав под православный храм. В отличие от мемельского протопопа, пилавский священник был вполне доволен фактом нахождения храма в крепости, и жалоб в Синод не писал. Его паства – воины-артиллеристы – находились в этой крепости постоянно. Обращать в Православие местных жителей он, видимо, особо не стремился. После ухода русских кирху продолжали использовать по назначению, но после 1945 года она исчезла. Сейчас нельзя даже точно сказать, была ли она разрушена во время штурма Пиллау, или разобрана позже. Место бывшего православного храма Святого Духа никак не отмечено: ни поклонного креста, ни памятного камня, ни мемориальной плиты…