Ради вразумления соблазненных отец Иоанн опубликовал несколько статей, раскрывающих смысл толстовского учения: «Главная, магистральная ошибка Льва Толстого заключается в том, что он, считая Нагорную проповедь Христа и слово Его о непротивлении злу, превратно им истолкованное, за исходную точку своего сочинения, вовсе не понял ни Нагорной проповеди, ни заповеди о нищете духовной, нужде смирения и покаяния, которые суть основание христианской жизни, а Толстой возгордился, как сатана, и не признает нужды покаяния и какими-то своими силами надеется достигнуть совершенства без Христа и благодати Его, без веры в искупительные Его страдания и смерть…». В проповеди в Великий пяток 1902 года отец Иоанн с горечью констатировал: «Каково же современное русское интеллигентство, отрекшееся от Христа вместе со своим лжеучителем? Не есть ли это новое Голгофское поругание, современное нам…» – а далее прозорливо предугадывал: «…Можно ли ввиду Голгофской Жертвы воздержаться от публичного обличения современных богохульников и отщепенцев от Христа и от Церкви, покушающихся на ниспровержение престолов царских и церквей Божиих и на убиение верных слуг царских, на преданных сынов Церкви и Отечества?». Это было сказано за полтора десятилетия до октября 1917 года. В предсмертном дневнике своем в октябре 1908 года батюшка записал о впавшем в самообольщение писателе: «Какая идиллия! Какая дурь в старости! Какая сатанинская гордость! Не хочу знать Сына Божия, чрез Которого одного можно прийти к Богу; не хочу Троицы; не хочу Церкви. Какое невежество, дикость» (67, с. 70).
Однако поразительным образом богословие отца Иоанна не было понято и востребовано современниками и внутри, и вне церковной ограды. В период 1901–1903 годов, когда в Петербурге проходили Религиозно-философские собрания, на которых впервые собрались для общего разговора представители Русской Церкви и русской интеллигенции, в 1902 году выходит в свет книга отца Иоанна «Христианская философия». Возносимое на пьедестал учение Толстого отвергало и христианство, и плоть, и культуру, в то время как отец Иоанн «отвергал извращенное диаволом отношение к плоти и порожденную этим культуру» (68, с. 117). Либеральные интеллигенты самонадеянно вознамерились «открыть глаза» ограниченным батюшкам, замкнувшимся в церковных стенах и не замечающим, в частности, по мнению В. В. Розанова, красоту и величие мира. Розанов не читал «Христианскую философию» кронштадтского пастыря. А тот дерзновенно писал о святости созданного Богом мира: «Вот перед глазами картина с нагими, самыми красивыми женщинами в самых искусительных позах… Плоть страстная волнуется, раздражается сладострастием, разжигается похотью. А духовное мудрование говорит: чего ты, глупая, волнуешься? Успокойся, славь Творца при виде этой чудной красоты, этой дивной пластики человеческого тела. Ведь тут проявились премудрость, благость, красота, величие Художника-Творца, Который создал такое тело свято, чисто, благопотребно, неблазненно, нетленно не для блазненности, а для чистого, праведного, честного, святого употребления и для прославления Творца. Ведь тело женщины – модель художника, для тебя, человек, приготовленная, чтобы по этому художественному, премудрому, прекрасному образцу образовать тебя, блазнящегося своим же, в существе, телом; ибо в таком теле, как в мастерской художника, выльется или исткется твое же тело, мужчины или женщины. Когда я это сказал сам в себе, всякая похоть пропала. Я стал покоен и уже нисколько не соблазнялся нагим телом женщины, а славил Господа, все премудро создавшего» (68, с. 145).
В то же время богословие отца Иоанна, по точному определению протоиерея Павла Хондзинского, «существует не столько как внешнее рациональное знание, сколько как внутренняя, а потому и не всегда последовательно излагаемая основа восприятия себя, мира и его Творца» (68, с. 101). Дореволюционные профессора духовной академии снисходительно улыбались на вопрос студентов о богословских взглядах отца Иоанна, которого считали, безусловно, замечательным, но – лишь практическим пастырем. Прошли десятилетия, и протоиерей Георгий Флоровский открыл «опытное богословие» отца Иоанна, стремившегося к преодолению «богословского гуманизма» и новому утверждению теоцентрического богословия и догматического реализма при возвращении на «забытый путь опытного богопознания» (191, с. 400, 401).