Уже после революции 1917 года и гражданской войны в России многие вспоминали следующее пророчество: «Если не будет покаяния у русского народа, конец мира близок. Бог отнимет у него благочестивого царя и пошлет бич в лице нечестивых, жестоких, самозваных правителей, которые зальют всю землю кровью и слезами». А в 1920-е годы, когда в Польше по приказу Пилсудского началось массовое разрушение православных церквей, также всплыли слова отца Иоанна по поводу закладки в Варшаве собора в память святого Александра Невского: «С горечью вижу я сооружение сего храма. Но таковы веления Божии. Недолго спустя по постройке его – зальется Россия кровью и распадется на многие кратковременно самостоятельные государства. И Польша станет свободной и самостоятельной… И тогда будет разрушен Варшавский собор. И тогда доля испытаний постигнет Польшу…» (168, с. 542).
Последние годы жизни отца Иоанна были омрачены не только назревавшим в стране и обществе кризисом, но и появлением его лжепочитателей, образовавших секту «иоаннитов». Эти люди верили в постоянные новые воплощения Христа на земле и считали, что отец Иоанн стал таким воплощением. Сразу после возникновения в 1880-е годы такого рода явлений отец Иоанн ездил в места, где действовали секты, и лично опровергал учение сектантов. Он не допускал их до себя, отказывал им в причащении, но такое извращенное понимание веры оказалось живучим.
Нарекания в обществе, недовольство собратьев священнослужителей вызывал и «роскошный образ жизни» отца Иоанна. Он носил великолепные шелковые рясы (чтобы не обидеть дарителей), путешествовал по России в специальном вагоне, пользовался услугами богатых людей, был награжден несколькими орденами, в 1907 году был назначен членом Святейшего Синода, был вхож в царскую семью. Это породило двойственность в его восприятии. Скромный батюшка, любящий, кроткий и верующий, верующий той верой, которая «горами двигает», «стремившийся к небу, к вечному», которого нельзя было не любить, по словам известного всей России журналиста В. М. Дорошевича, уступает место другому – «митрофорному протоиерею, воинствующему, анафемствующему, делающему политику» (45, с. 440). Даже один из лидеров русских консерваторов – генерал А. А. Киреев заносит в дневник 22 декабря 1908 года двойственную характеристику: «Умер отец Иоанн Кронштадтский. Загадочная личность! Не много знающий, неумный (в обыкновенном смысле этого слова), поддававшийся глупому влиянию, попавший в руки каких-то скверных дам… Но в нем была гигантская вера, дававшая ему гигантскую мощь, мощь святости. Он был избранником всего русского народа. В него верили, и эта вера творила “чудеса”. Он останавливал припадки эпилепсии, заставлял тысячную толпу исповедовать вслух, вслух каяться в грехах… Он, несомненно, народный герой. Это, несомненно, самый популярный человек в России. Впрочем, он пользовался известностью и за границей». Тем не менее спустя полтора месяца, 14 февраля 1909 года, генерал отметил в дневнике: «Торопятся с провозглашением отца Иоанна святым…» (72, с. 299–300, 305).
Все эти видимые современниками «противоречия и странности» стали очевидным следствием незаурядной деятельности великого священника, который не счел возможным отгораживаться от потока жизни, хоть и перемешано в нем разное. Сам отец Иоанн сознавал возникавшие от этого трудности в своем главном деле – молитве. «Молясь с людьми, – писал он в дневнике, – мы должны иногда пробить молитвою своею как бы твердейшую стену душ человеческих, окаменевших житейскими пристрастиями, пройти мрак египетский, мрак страстей, пристрастий. Вот отчего иногда бывает тяжело молиться. Чем с более простыми людьми молишься, тем легче» (5, с. 366).
В записях 1908 года, последнего года жизни отца Иоанна, встречаются и вздохи о грехах: «Как мог, как умел, как старался, служил, но много ошибался, недомогал, сильно враг борол. Покрой, Господи, все грехи милосердием Твоим» (5, с. 377). Отец Иоанн Кронштадтский скончался 20 декабря 1908 года на 80-м году жизни.
Народ бесконечной чередой потянулся в Андреевский собор проститься с любимым батюшкой. 22 декабря состоялся перевоз тела в Санкт-Петербург. За гробом шло не менее 20 тысяч человек. Войска стояли шпалерами вдоль процессии. Звонили колокола даже в лютеранской церкви. В столице процессия направилась через весь город на набережную реки Карповки, где в основанном отцом Иоанном в память святого Иоанна Рыльского Иоанновском женском монастыре было приготовлено место упокоения. Отпевал почившего первоиерарх Русской Церкви митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский) в сослужении нескольких епископов, 60 священников и 20 диаконов. Особым рескриптом император Николай II повелел ежегодно в день кончины отца Иоанна совершать церковное его поминовение во всех церквах России.