В ходе последовавших за этим перестановок в кабинете министров Виктор Черномырдин остался на посту премьер-министра, но для продвижения реформ Ельцин назначил своими заместителями двух убежденных либералов: Анатолия Чубайса, который отказался от должности главы администрации президента и стал министром финансов, и Бориса Немцова, популярного 37-летнего нижегородского губернатора, чьи успехи в регионе сделали его плакатом рыночных реформ. Чубайс назначил Алексея Кудрина первым заместителем министра финансов, что означало, что прежняя должность Кудрина как начальника Главного контрольного управления стала вакантной. Его же место руководителя Администрации Президента занял Валентин Юмашев, бывший главный редактор либерального еженедельника "Огонек" и соавтор двух мемуаров Ельцина. По предложению Чубайса Юмашев назвал Путина преемником Кудрина в ранге заместителя руководителя Администрации Президента, которого тот едва не лишился летом предыдущего года.
Очевидно, что он хорошо себя зарекомендовал. Через четыре месяца после его назначения секретарь Совета Безопасности Иван Рыбкин сказал интервьюеру: «Путин обладает системным мышлением, быстро вникает в суть дела». Другой чиновник через год отметил его "кулуарное решение проблем, феноменальное чутье и предельную осторожность в принятии решений". Юмашев вспоминал, что «с самого начала он выделялся среди заместителей. Он блестяще формулировал вопросы».
Путин выделялся и в другом отношении. Еще до отъезда из Санкт-Петербурга он дал понять, что, приехав в Москву, намерен быть самим собой. Мне трудно представить, какие группировки и клики могут там существовать", - сказал он. Я не собираюсь во все это ввязываться. Меня привезут на работу, и я буду работать. Он старался не ввязываться в интриги, которые плели при дворе Ельцина, и, видимо, ему это удалось. Людмила рассказывала своей подруге Ирене Пьеч: «Он всегда пытается сгладить конфликты, и ему это удается, даже когда я считаю, что он зря старается. У него нет врагов, что очень необычно для России».
Путин проявил решительность в преследовании бюджетных злоупотреблений и не побоялся задеть интересы сильных мира сего. В мае 1997 г. он представил доклад о коррупции в армии. Неделю спустя Ельцин уволил министра обороны генерала Игоря Родионова. Это была не совсем причина и следствие. Ельцин был в ярости на Родионова за то, что тот блокировал военные реформы. Но доклад Путина пришелся как нельзя кстати. Вскоре после этого было объявлено, что 40% времени Контрольного управления будет посвящено проверкам силовых структур. Министерство обороны, - считает Путин, - само себя реформировать не сможет. За них это сделают другие.
Тем не менее, пределы его возможностей были ограничены. Когда предшественника Родионова Павла Грачева - человека, чья коррупция была настолько печально известна, что его прозвали Паша-Мерседес - обвинили в незаконной передаче Армении оружия на миллиард долларов для войны с Азербайджаном за Нагорный Карабах, Путин с прямым лицом заявил: «Мы не нашли никаких документов, указывающих на то, что Грачев отдавал какие-либо прямые приказы или указания по этому вопросу». Дело не в том, что Грачев был неприкасаемым, а в том, что сам Ельцин одобрил эту сделку.
Не менее предусмотрительно поступил Путин, когда Контрольное управление обнаружило финансовые злоупотребления в фонде, созданном Анатолием Чубайсом, приложив к своему отчету слова: "На Ваше усмотрение". Когда коллега Чубайса, Борис Немцов, спросил Путина, что это значит, тот ответил: «Вы начальник. Вам решать».
Главное контрольное управление имело широкую компетенцию. Оно занималось вопросами задолженности по пенсиям и заработной плате бюджетникам, медицинским страхованием, расходами на инфраструктуру, созданием единого правового пространства в России и даже такими, казалось бы, заумными проблемами, как правила рассекречивания архивов. Но главным объектом его внимания была коррупция и нецелевое использование государственных средств в регионах. Главными проблемами, по мнению Путина, были "разгильдяйство, бесхозяйственность... и низкое качество управления". В 1997 году Управление обнаружило, что почти восемь триллионов рублей, или около 1,6 миллиарда долларов США, бюджетных расходов были направлены на другие цели. В результате было возбуждено 50 уголовных дел, в которых оказались замешаны несколько сотен чиновников.
Следующие шесть месяцев стали самым интенсивным периодом экономических реформ за все время президентства Ельцина. Государственные расходы были сокращены на 20%. Резко повысилась собираемость налогов. Даже государственные гиганты не смогли вырваться вперед. Только газовая монополия "Газпром" заплатила 2,4 млрд долларов США в виде неуплаченных налогов. Почти 2 000 государственных предприятий были приватизированы, что принесло в казну еще 2,4 млрд долларов. Инсайдерские аукционы были запрещены, и впервые к участию в них были допущены иностранные компании.