Во время первого нападения были убиты несколько родителей. Террористы затащили одно из тел и бросили его на пол, оставив кровавый след, чтобы развеять сомнения в том, что они действуют всерьез. Затем один из них призвал к тишине и объявил, что заложники будут находиться в плену до тех пор, пока Путин не согласится вывести российскую армию из Чечни. В возникшей суматохе один из родителей встал и попытался успокоить детей, говоря на местном осетинском языке. Ему было сказано: "Говорите по-русски". Когда он продолжил, боевик приставил пистолет к его голове и застрелил его, оставив тело там, где оно упало, на глазах у двух маленьких сыновей.
Нападение на школу, как и захват заложников на Дубровке, было организовано Шамилем Басаевым. Беслан был выбран в качестве легкой цели - террористам удалось подкупить милицейские посты, выдавая себя за контрабандистов, - а также потому, что Северная Осетия и соседняя Ингушетия имели давний территориальный спор, в котором 12 лет назад погибло несколько сотен человек. Осетины - христиане, а не мусульмане, и Басаев, возможно, надеялся разжечь этническую и религиозную вражду, которая привела бы к более широкому конфликту.
Путин находился в Сочи, когда стало известно об этом. Утром он заявил группе турецких журналистов, что ситуация в Чечне "приходит в норму".
Он сразу же вылетел в Москву. В аэропорту его встречали Патрушев и министр внутренних дел. Настроение было мрачным. Повторялся сценарий Дубровки, но на этот раз в заложниках были дети. Как и прежде, Путин публично заявил, что первоочередной задачей является спасение жизни заложников. В частном порядке он исключил возможность компромисса. В ту же ночь в Беслан были переброшены подразделения элитного подразделения ФСБ "Альфа" для подготовки к штурму здания.
Террористы в Беслане были гораздо более безжалостны, чем те, кто захватил театр в Москве. В первый же день они приказали 20 или около того самым крепким на вид мужчинам-заложникам помогать им строить баррикады. Когда работа была закончена, их отвели в классную комнату на втором этаже, где расстреляли, а тела выбросили из окна. У заложников не было ни еды, ни воды, и они вынуждены были пить мочу - свою или друг друга, чтобы утолить жажду. Среди похитителей были две женщины, одетые в черное, с поясами со взрывчаткой на поясе. Тренер по физкультуре Цаголов вспоминал, что одна из них была похожа на "смерть, ходящую с косой". Когда маленькие дети плакали, она приставляла к их головам пистолет. На второй день в школу привезли жену одного из террористов, которая позвонила мужу на мобильный телефон. Когда она умоляла его пощадить детей, он попросил поговорить с сотрудником ФСБ вместе с ней. "Убейте ее, - сказал он, - и убейте моих троих детей".
Единственным переговорщиком, с которым удалось договориться захватчикам, был бывший президент Ингушетии Руслан Аушев, герой афганской войны, пользовавшийся большим уважением в регионе. Ему разрешили вывести двенадцать кормящих матерей с детьми. Тринадцатая отказалась оставить своих детей, и Аушев сам вывез ее младенца. К тому времени условия содержания быстро ухудшались. Спортзал был "как паровая баня", - вспоминал он позже. Дети были почти голые... Два дня они ничего не ели". Всю ночь продолжались переговоры о возможности доставки еды и воды, но соглашение так и не было достигнуто.
Развязка наступила без предупреждения вскоре после 13.00 третьего дня. Террористы согласились пропустить в здание группу медиков, чтобы те извлекли тела убитых заложников. Когда они приступили к работе, началась стрельба, а затем два громких взрыва в спортзале, второй из которых пробил огромную дыру в одной из стен. Десятки детей погибли мгновенно, многие получили тяжелые ранения.
Что именно послужило причиной взрывов, так и не было установлено. Здание было оборудовано взрывными устройствами, некоторые из которых были прикреплены к "выключателю", который в случае детонации приводил их в действие. Не исключено, что огонь открыли военнослужащие российской армии. Военные привезли с собой оружие, которому не место в контртеррористической операции, в том числе танки Т-72 и реактивные огнеметы "Шмель", которые по мощности взрыва не уступают 155-мм артиллерийскому снаряду. И те, и другие были использованы в ходе завязавшейся перестрелки. Но если первые взрывы были произведены правительственной стороной, то для спецназа они оказались такой же неожиданностью, как и для всех остальных. Не успев надеть бронежилеты, спецназовцы подразделения "Альфа" бросились вперед, защищая детей своими телами, помогая им выбраться из горящего здания, зачастую ценой собственной жизни. Десять офицеров спецназа погибли, в том числе все три командира подразделения, а 30 получили тяжелые ранения.