Машины первой серии NA-73 американцы на заводе окрашивали по английской схеме, используя краски американского производства. Сверху и с боков на самолет наносили матовые пятна землисто-коричневого (Dark Earth) и темно-зеленого (Dark Green) цветов. Снизу самолет красили светлосеро-зеленоватой краской (Sky Type S). На хвосте помещался черный серийный номер, состоявший из двух букв и трех цифр. На самолет также наносили опознавательные знаки, но их пропорция оказалась нарушенной. Ошибку быстро исправили и все последующие NA-73 несли безукоризненные опознавательные знаки. На фюзеляже четыре концентрических круга желтого, темно-синего, белого и красного цвета (тип А1), на нижних поверхностях крыльев три концентрических круга без внешнего желтого (тип А), на верхних поверхностях крыльев только темно-синий и красный круги (тип В). На хвосте помещался прямоугольник (Fin Flash), разделенный на три вертикальные полосы равной ширины: красную, белую и темно-синюю. Красная полоса всегда находилась ближе к носу самолета, независимо от правого или левого борта. Данная схема просуществовала до августа 1941 года.
Кроме стандартного заводского камуфляжа «Мустанги I» несли элементы быстрой идентификации в виде голубых (Sky) полос шириной 18 дюймов (45,7 см) на фюзеляже у хвостового оперения и голубых коков винта. Дополнительно каждая эскадрилья RAF имела идентификатор в виде двух букв. Эти две буквы наносили той же голубой краской перед опознавательным знаком. За опознавательным знаком помещалась третья буква, обозначавшая конкретную машину эскадрильи.
«Мустанги» Mk I и Mk II армейской авиации несли только третью букву, обозначавшую машину. Две буквы эскадрильи на них отсутствовали. Эта единственная буква могла помещаться не только за опознавательным знаком, но и перед ним. Полоса в хвостовой части фюзеляжа наезжала на бортовой номер самолета. В результате приходилось перерисовывать номер, делая его больше. Иногда номер переносили под хвостовое оперение, позднее это стало стандартом. (В скобках заметим, что новое положение номера в наши дни стало причиной головной боли историков, моделистов и любителей техники, поскольку разглядеть черный номер на темном камуфляже, закрытый тенью от хвоста, почти невозможно). Позднее, когда англичане перешли к наступательным действиям, палитра камуфляжа изменилась. Коричневый цвет (Dark Earth) заменили шаровым (Ocean Grey), а небесно-голубой (Sky) — светло-серым (Medium Sea Grey). Обозначения остались прежними. Все старые Р-51, имевшие оборонительный камуфляж, перекрасили. Однако вскоре выяснилось, что краска Ocean Grey очень низкого качества. Поэтому ее часто заменяли какой-либо другой краской, имевшей похожий цвет. В результате известно несколько заметно различающихся оттенков, носящих название Ocean Grey.
Опыт первых месяцев войны заставил усилить систему знаков быстрой идентификации самолетов. В бою пилоту за какую-то долю секунды приходилось решать свой это самолет или чужой, часто глядя на машину, развернутую так, что видна лишь минимальная площадь обшивки. Кок голубого цвета не мог служить надежным признаком. У многих Bf 109 коки также были выкрашены в светлые тона. Поэтому у всех английских одномоторных истребителей с июля 1941 года желтой краской покрывали передние кромки крыльев. Инструкция предписывала наносить полосу шириной 15 см от средней части крыла до кончика. У Р-51 полосу обычно наносили по всей длине кромки. Быстро выяснилось, что силуэт «Мустанга» при взгляде сверху и снизу очень напоминает силуэт Me 109. Чтобы отличить свои машины, на крыльях «Мустангов» стали наносить желтые или красные полосы шириной 12 дюймов (30 см). Такие полосы носили только «Мустанги» с двигателем Allison.
В апреле 1942 года командование RAF приказало уменьшить размеры опознавательных знаков, сократив белые и желтые элементы до 1/4 от прежней ширины (типы С и С1). По возможности следовало также уменьшить диаметр знаков на нижней поверхности крыльев. Яркие белые и желтые круги на фоне темного камуфляжа облегчали прицеливание немецким пилотам.