В тот раз Рэли просидел в Тауэре всего лишь несколько месяцев и был освобожден, но не благодаря своим стихам и петициям, а потому что без него было трудно обойтись в государственных и морских делах.
Но в 1603 году королева Елизавета умерла. На трон взошел Яков I, шотландский племянник, новая метла, которая, как известно, чисто метет. Одним из первых, кого она замела, был сэр Уолтер Рэли. Нашлось достаточно завистников и врагов, в том числе и в Тайном совете, чтобы бросить его в Тауэр, обвинить в государственной измене (а то в чем же!) и приговорить к смерти. Под знаком этого приговора, не отмененного, но как бы отложенного на неопределенный срок, он и прожил в Тауэре более десяти лет.
Здесь он занимался, ставил химические опыты, составлял лекарства из трав, писал свою фундаментальную «Историю мира», преподавал принцу Генри науки. Государственный преступник учил наследника трона — ситуация пикантная! — но, видимо, не так много было в Англии голов такого класса, как у Рэли. Более того, когда в 1612 году за принцессу Елизавету посватался какой-то не то испанский, не то итальянский принц, именно к Рэли обратились за советом, выгоден ли Англии этот брак. И тюремный сиделец, десять лет, как говорится, света Божьего не видевший, сочинил целый трактат, в котором исчислял всех родовитых женихов в Европе и все родственные связи между царствующими домами — и после исчерпывающего геополитического анализа приходил к выводу, что брак с этим принцем невыгоден, а лучше всего было бы выдать девушку за немецкого (протестантского) князя Фридриха, пфальцграфа Палатинского.