В период отсутствия патриарха (1658-1667 гг.) власть над ней переходит в руки царя, от лица которого за церковными делами надзирал боярин Семен Лукьянович Стрешнев, хотя официально церковь возглавлял митрополит Крутицкий Питирим.38
В 1662-1663 годах умирают владыки Макарий Новгородский и Маркел Вологодский, которые по сути хоть и открыто не выступали против реформы, но и не поддерживали ее, тем самым, по крайней мере, в своих епархиях сохраняли старую традицию.39 А количество людей, выступавших за церковную старину, росло.40 Царя засыпали челобитными в защиту старого обряда (слово на еретика Спиридона Потемкина, сочинения игумена Феоктиста, архимандрита Антония, епископа Коломенского Александра, священников Ивана Курочки, Авраамия, Никиты Добрынина, дьяка Феодора, юродивого Авраамия и многих других).41Так же стали возрастать эсхатологические ожидания, прежде всего среди последователей «лесных старцев», заселивших вязниковские леса около Владимира, они не ходили в Церковь, не причащались, скрывались от властей. Начались добровольные уморения голодом, проповеди очищения через самоубийство. В 1665-66 гг. стали поступать донесения о самосожжениях. Севернее Нижнего Новгорода на речке Керженц стали формироваться скиты из противников нововведений.42
5 августа 1664 года митрополит Крутицкий Питирим был переведен с центральной Московской кафедры в Новгородскую митрополию. Во главе московской епархии 22 августа 1664 года становится архимандрит Чудового монастыря Павел, возведенный в сан епископа с титулом Сарский и Подонский, на его место заступает архимандрит Иоаким (Савельев), будущий патриарх.43
В этот период были проведены две военные экспедиции по очистке от противников церковных реформ в вязниковских и керженецких лесах.44Одновременно шли приготовления к собору с участием восточных патриархов, два из них – Дионисий Константинопольский и Нектарий Иерусалимский, уклонились от участия в соборе, главной целью которого было отрешение патриарха Никона. А патриархи Макарий Антиохийский и Паисий Александрийский приняли деятельное участие в работе собора, хотя в период принятия соборных решений были отстраненны от своих кафедр и предстоятелями на тот момент не являлись, но впоследствии за деньги русского царя задним числом были восстановлены в своем достоинстве, для подтверждения авторитетности деяний собора. Так же активными действующими лицами церковных событий этого периода стали Газский митрополит Паисий Лигарид, скрывший от русского царя, что он лишен сана Иерусалимским патриархом, дьякон Милетий, дьякон Агафангел, архимандрит Дионисий, против них так же выдвигались впоследствии обвинения, свидетельствующие о крайне низком духовном и нравственном уровне выше указанных особ.45
Первая часть собора русской церкви проходила с 29 апреля по 2 июня 1666 года. Под давление государственной власти епископат вновь поддержал церковную реформу. На соборе противники нововведений, подчинились и признали новый обряд ради сохранения единства церкви. Непреклонен остался только о. Аввакум, за что и был лишен сана и предан анафеме в мае 1666 года.46
Вторая часть собора началась 1 декабря 1666 года. И уже 12 декабря того года был оглашен приговор, лишавший предстоятеля русской церкви Никона патриаршего достоинства, он так же был лишен и епископского сана и простым монахом был отправлен в Ферапонтов монастырь.47
Новым патриархом избрали престарелого архимандрита Троице-Сергиевой лавры Иоасафа.48 10 февраля 1667 года он стал патриархом Иоасафом II. В середине апреля 1667 года собор занялся делами противников церковной реформы. 13 мая 1667 года собор наложил анафему на сторонников старого русского православия:«Аще же кто не послушает, повелеваемых от нас (постановлений в обряде) и не покорится Святой Восточной Церкви и сему освященному собору, или начнет прекословить и противиться нам, и мы такого противника данною нам властью от всесвятого и животворящего Духа,– аще ли будет от освященного чина, – извергаем и обнажаем его всякого священнодействия и проклятию предаем. Аще же от мирского чина, отлучаем и чужда сотворяем от Отца и Сына и Святого Духа, и проклятию и анафеме предаем, яко еретика и непокорника и от Православного всесочления и от стана от Церкве Божия отсекаем, дондеже уразумится и возратится в правду покаянием. А кто не уразумится и не возвратится в правду покаянием и пребудет в упорстве своем до скончания своего, тот да будет и по смерти отлучен, и часть его и душа его со Иудою предателем и с распеншими Христа жидовы, и со Арием и с прочими проклятыми еретиками. Железо, камень и древеса да разрушатся и да растлятся, а той да будет не разрешен и не растлен и яко тимпан во веки веков. Аминь» .49
26 августа к ссылке в Пустозерск были приговорены о. Аввакум, о. Лазарь, дьякон Феодор, инок Епифаний, о Никофор, который вскоре после вынесения приговора скончался. Иноку Епифанию и о. Лазарю отрезали языки.50