По «Уложению» весь суд над лицами церковного ведомства по гражданским и уголовным делам и весь контроль над церковной экономикой переходили к новосозданному государственному «Монастырскому приказу», что особенно не одобрял Никон. В изъятие из этого принципа он в своей митрополии получил право по-прежнему судить все население церковных земель (клириков и мирян) церковным судом по всем делам. И даже более: во всей новгородской области он мог контролировать и государственный суд над лицами государственного ведомства, причем государевым дьякам было строго запрещено вмешиваться в дела митрополита. Это, как и щедрая благотворительность (он устроил 4 богадельни, во время голода кормил 200–300 человек ежедневно, и безденежно хоронил неимущих) сделало его чрезвычайно любимым в народе. «Это приучило Никона и на будущее время заниматься мiрскими делами» [113, кн.2, с. 160]. «В первые годы патриаршества Никона среди управляющих Монастырским приказом были и представители духовенства; <…> но при И. Ф. Стрешневе <т. е. после 17.4.1657> все они были отстранены от управления» [139, с. 191].
Однако, при всем этом, для умиротворения кого-либо Никон, по своему характеру, был вполне непригоден, и в Новгороде вспыхнуло давно зревшее восстание; Никон предоставил воеводе Ф. А. Хилкову в своем доме убежище от взбунтовавшихся новгородцев, и 17.3.1650 сам, выйдя им навстречу, был ими избит. «Яко зверие на него устремившеся, начаша его немилостиво бити, овии дреколием, овии же камением, <…> по земле влачили и немилостиво смерти предавали» [43, с. 23]. Сам он писал царю, что его «ослопом в грудь ударили и грудь разбили, по бокам били кулаками и камнями»; цит. по [38, с. 30]. (Отмечу, что «ненависть к митрополиту выразилась уже тем, что мятежники поставили одним из главных начальников Жеглова, митрополичьего приказнаго, бывшаго у него в опале» [113, кн.2, с. 162]). После этих побоев Никон, «харкая кровью», прошел с крестным ходом из Софийского собора через Волхов в Знаменский, отслужил литургию, увещевал бунтовщиков и анафематствовал (рискуя головой) упорствовавших, а когда бунт был подавлен, ходатайствовал перед царем о их прощении. Ответное письмо Никону царь Алексей Михайлович начал так: «Новому страстотерпцу и исповеднику и мученику <…> и иная многая похвальная и благодарственная ему словеса приписа» [43, с. 25]. Мужественные и гуманные действия Никона еще выше подняли его авторитет в народе и в правительстве. Отмечу, что понимая значение книгопечатания, «Никон пытался наладить в России производство бумаги» [139, с. 237]. Вероятно, Никон устроил в Новгороде типографию ([35]; [1, с. 339]); это пока не подтверждено соответствующими находками.
Но его властность и неумолимая строгость сделали его врагами многих новгородцев, в том числе бояр. Так, князь Хованский писал в Москву, прося сообщить их жалобу царю, что Никон «ему и боярам житья не дает. Они совсем пропали от Никоновой строгости»; цит. по [2, с. 143]. Василий Отяев, сопутствовавший Никону в Соловки, писал в Москву: «Лучше бы на Новой Земле за Сибирью <…> пропасть, нежели с новгородским митрополитом»; цит. по [38, с. 30]. Отношения Никона (нрав которого не менялся в течение всей его жизни) с его подчиненными – духовными и мiрскими – были резко полярными: часть бояр и большинство простонародья любили его, как, вероятно, никого из прежних патриархов. Павел Алеппский и его спутники-греки «слышали и видели от всех воевод, от других вельмож, священников и всех вообще московитов благожелания, хвалы, благодарения и большую веру их к патриарху» [230, № 23, с. 172]. Большая же часть бояр и все противники «его» богослужебной реформы смотрели на него, естественно, противоположно.
На Новгородской кафедре Никон показал себя убежденным охранителем своей паствы от влияния лютеранской шведской пропаганды. Так, «когда, стремясь избежать трений со шведами, русское правительство согласилось на выдачу перебежчиков, он <Никон> категорически воспротивился этому и добился того, что русские выкупили их, уплатив шведам 190 000 золотых в покрытие убытков, сумму колоссальную по тому времени» [25, с. 166]. Нужно пояснить, что шведские перебежчики в огромном большинстве – это православные крестьяне нынешней Ленинградской области, не желавшие жить под властью лютеранской Швеции, которой эти земли достались после Смутного Времени, и перебежавшие, поэтому, на русскую территорию. И позднее, на кафедре патриаршей, Никон благословил войну со Швецией, убедительно мотивировав это необходимостью вернуть России недавно отнятое у нее православное население.