Рассказ предка

Наша уверенность в дереве, которое мы, наконец, выберем, будет зависеть от нашей уверенности, что различные ветки правильны, и принято указывать их величины по обеим сторонам каждой точки ветвления. Вероятности автоматически вычисляются при использовании метода Байеса, но для других, таких как метод экономности или максимальной вероятности, мы нуждаемся в альтернативных мерах. Широко используется метод "бутстрапов", повторно перебирающий разные части данных, чтобы узнать, настолько сильные различия это вносит в итоговое дерево - настолько оно устойчиво к ошибкам. Более высокое значение "бутстрапа" указывает на более надежное ветвление, но даже эксперты испытывают трудности в интерпретации того, что каждая конкретная величина бутстрапа нам говорит. Схожими методами являются "складной нож" и "индекс разложения". Все они - показатели того, насколько мы можем доверять каждой точке ветвления на дереве.

‘By me nothing added ne mynusshyd’ (Caxton’s Preface). Неукорененное филогенетическое дерево первых 250 строк по 24 разным версиям рукописей «Кентерберийских рассказов». Представленное подмножество рукописей изучено в «Проекте «Кентерберийские рассказы», сокращения которого для рукописей использованы здесь. Дерево было построено по принципу экономности, будстрап-поддержка отображается на каждой ветви. Четыре версии обсуждаются и полностью поименованы.

Перед тем, как мы оставим литературу и вернемся к биологии, посмотрим на итоговую диаграмму эволюционных отношений между первыми 250 строками 24 манускриптов Чосера. Это филограмма, на которой не только схема ветвления, но и длины линий имеют значение. Вы можете непосредственно прочитать, какие манускрипты являются малоотличимыми вариантами друг друга, а какие отклонениями. Она неукорененная - не берет на себя утверждение, какой из 24 манускриптов ближе всех к "оригиналу".

Время вернуться к нашим гиббонам. Годами многие люди работали, чтобы распутать отношения гиббонов. Экономность предполагает 4 группы гиббонов. На следующей странице приведена укорененная диаграмма, основанная на физических характеристиках.

Она убедительно показывает, что настоящие гиббоны сгруппированы вместе, как и номаски. Обе группировки имеют высокие показатели "бутстрапа" (числа над линиями). Но в нескольких местах порядок ветвлений не определен. Хотя все выгладит так, будто Hylobates и Bunopithecus представляют единую группу, величина бутстрапа 63 неубедительна для тех, кто натренирован в чтении таких рун. Морфологических черт недостаточно для разрешения этого дерева.

По этой причине Кристиан Рус и Томас Гайсманн (Christian Roos and Thomas Geissmann) из Германии обратились к молекулярной генетике, в частности к участку митохондриальной ДНК, называемому "регионом контроля". Используя ДНК 6 гиббонов, они расшифровали последовательности, выстроили их буква к букве и произвели их анализ методами объединения соседей, экономности и максимальной правдоподобности. Метод максимальной правдоподобности, лучший из этих трех методов при преодолении притяжения длинных ветвей, дал наиболее убедительный результат. Их заключительный вердикт о гиббонах приведен выше, и вы можете видеть, что он разрешает родственные отношения между четырьмя группами. Значения бутстрапов были достаточны, чтобы убедить меня, что это дерево - именно то, которое следует использовать для филогении в начале этой главы.