В 1959 году освоение самолета проходило почти без происшествий, если не считать вынужденной посадки в Савастлейке заместителя начальника Центра подполковника М.К Каснерика. В дальнейшем подобное на Су-9 повторялось с пугающей периодичностью. 10 сентября, выполняя учебный перехват, по отказу РЛС летчик обнаружил отказ системы электропитания, прекратил выполнение задания и пошел на свой аэродром. Далее отказала автоматика двигателя, сильно упала тяга, самолет стал быстро снижаться, и лишь сброс ПТБ позволил вывести машину в горизонтальный полет на высоте 1200 м. После прекращения радиосвязи летчик попытался катапультироваться. Система притяга сработала штатно, но этим все и ограничилось, так как не сбросился фонарь кабины. В тот раз все закончилось благополучно: в довольно стесненных условиях Каснерик смог благополучно посадить аварийную машину, но сколько случаев, связанных с отказом в полете жизненно важных систем самолета, заканчивались катастрофами!
До конца 1959 года с завода ушли 163 машины, из них более 150 – в строевые части. Первыми перевооружались части, расположенные в Красноводске на Каспии, Озерном и Стрые на Украине, Барановичах в Белоруссии, Кипл-Ярв под Мурманском, Карши в Узбекистане. Все самолеты перегонялись к местам постоянного базирования своим ходом. Из-за сравнительно малой дальности полета первых серийных машин это оказалось не такой уж простой задачей, так как требовалось иметь на маршруте несколько промежуточных аэродромов на расстоянии не более 1000 км друг от друга, что было весьма проблематично для Сибири и Дальнего Востока. В связи с этим у командования родилась мысль: для перегонки снабдить самолет вместо штатных ПТБ специальным несбрасываемым баком увеличенной емкости. В ноябре 1959 г. конструкторы ОКБ предложили подвесить бак на существующие держатели снизу вплотную к фюзеляжу (сейчас такой бак назвали бы конформным, а тогда обозвали «прилипалой»). Расчеты показали, что с таким баком перегоночная дальность должна увеличиться чуть ли не вдвое. Но, выдвинув идею, военные в конечном счете сами ее и похоронили, так как начали требовать аварийного слива топлива из этого бака или его аварийного сброса, что реализовать практически оказалось невозможно.
Уже первый опыт эксплуатации в строю выявил множество эксплуатационных недостатков самолета. У АЛ-7Ф-1 первых серий был крайне мал ресурс – всего 25 – 50 часов, что приводило к частым простоям машин без двигателей. Выяснилось также, что бензиновый турбостартер типа ТС-19 неустойчиво работает при отрицательных температурах, что сильно затрудняло эксплуатацию машины в зимнее время. Довольно часто отмечались отказы оборудования как в полетах, так и при наземных проверках, а доступ ко многим агрегатам был сильно затруднен. В первые годы эксплуатации часто можно было наблюдать, как во время летной смены из десятка вытащенных на полеты самолетов в воздух поднимались всего 3 – 4, а остальные простаивали в связи с выявленными отказами оборудования. Из частей сплошным потоком шли рекламации. ОКБ и Новосибирский завод порой просто не успевали отслеживать вал документации по доработкам. В результате по согласованию с военными был выработан порядок, согласно которому все доработки сводились в комплексы и выполнялись заводскими бригадами прямо в строю. Одной из первых таких серьезных работ стало внедрение на машинах первых серий аппаратуры ЭСУВ-1. Для выполнения этого задания были составлены комплексные бригады из сотрудников ОКБ и серийного завода, которые в течение 1960 года доработали более 120 самолетов. В дальнейшем подобные работы выполнялись заводскими бригадами практически на постоянной основе.
К середине 1960-х годов Су-9 были вооружены около 30 авиаполков. Так, в Московском округе ПВО на них летали: 28-й ИАП в Кричеве, 415-й ИАП в Туношной под Ярославлем и полк во Ржеве[1086]
.На перехватчиках, начиная с № 07 – 02, увеличили запас керосина за счет введения дополнительных топливных отсеков в крыле и фюзеляже. Доработали РЛС, в итоге реже стала пропадать отметка от цели. Установили новые колеса и средства спасения (кресла КС-3), рассчитанные на большую скорость полета при катапультировании. В 1961 году на машине № 0308 30-го завода кабину летчика оснастили осветительными приборами красного света[1087]
. Для предупреждения заглохания двигателя при пуске ракет РС-2УС внедрили устройство встречного запуска ТРД, испытанное на Т-43 – 4[1088].