Единственным способом обращения Лас Касас считал мирное проповедование Слова Божьего и примеры праведной жизни. Он написал трактат, чтобы выразить свою точку зрения, но его опубликовали только в 1941 году, поэтому похвала за введение первой современной теории, проповедовавшей Евангелие, досталась иезуиту Иосифу Акосте, который проповедовал среди индейцев в Перу. В 1588 году он опубликовал знаменитую небольшую книгу «О проповедовании Евангелия среди индейцев», представлявшую собой первое систематическое толкование «миссионерской теории». Особое внимание уделено природе военной «защиты», массовому крещению, обучению и местным священникам.
Следует отдать должное папам периода Контрреформации за то, что они последовательно осуждали доктрину обращения в рабство индейцев.
Не считая всех этих идеалистов, испанское духовенство в Америке (равно как и португальское в Бразилии и Африке) в большинстве случаев возмущалось условиями рабства или крепостничества, которые укоренились среди большинства их паствы.
В 1541 году испанское правительство обрело контроль над огромными территориями, управляемыми вице-королями, большинство из которых оказались превосходными правителями, пытавшимися защитить подвластное им население от худших последствий завоевательной политики.
«Совет Индии» контролировал все назначения в испанских владения в Америке, как на духовные, так и на светские должности. Его власть над церковью в колониях считалась абсолютной, такой же как и власть короля Генриха VIII над церковью Англии. Викария наделяли полномочиями, связанными не только с его прямыми обязанностями. Он также должен был участвовать в строительстве церквей, организации епархий и обучении местных жителей.
На эти виды деятельности отпускались большие средства, в том числе пожертвования. Последствия испанских завоеваний в первую очередь имели светско-духовный характер. Обустраивались обширные территории испано-американских городов, в которых теперь доминировали величественные соборы в стиле барокко.
В 1569 году инквизиция, как следующий посредник, осуществлявший королевский надзор, утвердилась в Новом Свете. Из всех епископов самым значительным считался Турибио, архиепископ Лимы в 1580–1606 годах, известный как «апостол Перу». В 1583 году он провел совет, который принял законы, защищавшие свободу индейцев и завезенных в Америку негров. Турибио обучал их, переводил учебники и катехизис на язык кечуа (преобладающий в Перу). Турибио постоянно путешествовал по территориям местных племен. В 1594 году он написал Филиппу II, что крестил уже 50 000 человек. В 1726 году Турибио был канонизирован католической церковью.
Индейцы охотно крестились. Сложность заключалась в том, что они так же легко отрекались от христианской веры. Обычно миссионеры крестили индейцев после непродолжительной подготовки. Странно, что в папской булле, изданной Павлом III в 1537 году, показалось необходимым заявить, что индейцы способны принять крещение.
Прибывший в 1647 году в Конго (Африка) Феликс де Вилер заявлял, что за четыре года они крестили (ранее в Америке. —
В IV и V веках практиковался катехуменат, длительная подготовка к крещению, ее возродили только во время миссионерской деятельности XIX века. Испанские миссионеры предполагали, что новообращенные открыто признаются в своем понимании простейших истин.
Катехизис становился инструкцией для всех, как взрослых, так и детей, но только после крещения, никак не раньше. В 1541 году от индейцев Новой Галисии потребовали, чтобы перед крещением те поверили в единого Бога, создателя неба и земли, человека духовного и телесного, в первородный грех, божественность Христа, небо и ад, добрых и злых ангелов. Чтобы они признали себя подданными папы и императора. После крещения им следовало выучить ответы и публично произносить их в церкви в воскресенье и праздничные дни.
Порядок массового крещения вызвал тот же самый естественный результат, что и массовое обращение в христианство в Северной Европе в начале Средних веков: усиление магии, предрассудков и невежества. В одном городе Кортес оставил строжайшие предписания, чтобы жители поклонялись Христу. Они также должны были заботиться об одной из его лошадей, которая охромела. Жители преданно подчинились его требованиям. Они кормили лошадь фруктами и цветами, пока та не умерла. В их смятенных умах возникло предположение, что лошадь и Бог христиан одно и то же.
Позже два францисканских миссионера обнаружили, что местные жители изготовили подобие лошади и поклонялись ему, веря, что она является богом грома и молнии. До наших дней в горах Мексики сохранились народы, поклоняющиеся древним богам. Там христианский священник занимает более низкую ступень в иерархии, чем деревенский колдун.