Моральные богословы из Манилы на Филиппинах в 1630 году должны были установить, может ли священник миссии, как глава своего сообщества, организовывать отпор при нападении. Ответ, конечно, дали положительный, расценив этот поступок как законное средство самозащиты.
Франциск Борджиа, аристократ, генерал иезуитов в 1565–1672 годах, посоветовал, чтобы подобные функции не исполнялись. В 1597 году генерал Клавдий Аквавива попытался более жестко обновить систему. Попытка провалилась. Индейцы не доверяли религии, точно так же как они не доверяли никому из поселенцев. Даже если бы ввели нормальное правительство и истинное исповедание Библии, альтернативы не было.
Кроме того, неудобство вызывал и тот факт, что индейцы, отделенные от основного развития мексиканской или перуанской жизни, не смогли бы больше противостоять суровым испытаниям внешнего мира. Так, например, современные политические проблемы частично вытекают из сложности интеграции индейцев в национальную жизнь. Подобные явления испанские миссионеры, конечно, не могли предвидеть.
Самым успешным примером создания туземных резерваций было разделение Парагвая. Францисканские и иезуитские миссионеры трудились в Парагвае среди племени гуарани (то есть на территории современного Парагвая вокруг города Асунсьон) между 1583 и 1605 годами.
В 1605 году в Асунсьон прибыла вторая группа иезуитов. Сначала они заручились определенной независимостью от местного колониального правительства, подчинив свое поселение непосредственно испанскому королю. Иезуиты создали порядка тридцати резерваций, земельных владений с центральной церковью, госпиталем, монастырем и школой, где наиболее одаренные дети изучали испанский и даже латинский языки.
Именно здесь индейцев вводили в своего рода «ограниченный» мир, сохранявшийся в стороне от коррумпированного общества белых. Здесь, в организованном иезуитами «мире» существовала постоянная дисциплина на основе церковного распорядка и была общая собственность. Все члены каждого такого сообщества ежедневно посещали мессу и вечерню, во время работы пелись гимны. Появился дневной катехизис для детей.
Рабочий день продолжался восемь часов, поощрялись развитие оркестровой музыки, театра и занятия спортом. По крайней мере в одной из первых резерваций все обучались за общим столом, чтобы затем произносить слова в церкви после мессы по воскресеньям.
Жителям приходилось защищать поселения от захватчиков земель, грабителей и работорговцев, захвативших в рабство или убивших тысячи индейцев, а также обратиться к руководителям церкви, чтобы они возглавили исход 15 000 жителей через джунгли.
Иезуиты, наконец, получили право обучить индейцев владению оружием, благодаря чему возникшие местные вооруженные формирования уберегли эти индийские фермерские сообщества от уничтожения. И сегодня в отдаленных районах Парагвая встречаются руины огромных церковных зданий. (В 1865–1870 годах Парагвай был совершенно разгромлен совместными усилиями армий Бразилии, Аргентины и Уругвая. Погибло почти все мужское население стран (в боях) и большая часть всего населения. Причина такого остервенения стран-соседей — прогрессивные преобразования и бурное развитие небольшой страны. С тех пор Парагвай, потерявший значительную часть территории, превратился в задворки Латинской Америки. —
Не следует думать, что индейцы в Южной или в Центральной Америке находились в резервациях. Большинство их них размещались в «колониальных» приходах, с обычными священниками, где присутствовала не очень реформированная, а просто пересаженная версия церквей Испании и Португалии. Установлено, что в XVII веке в Кито (Эквадор) было почти поровну духовного и светского населения. В то время как Европа модернизировала церковь, средневековая церковь продолжала свое существование за морем.
В то время как испанцы осуществляли свою деятельность среди американских индейцев, португальцы продвигались на восток. Их успехи видны через основание новых приходов: на островах Мадейра (1514), Кабо-Верде (о-ва Зеленого Мыса) (1532), Гоа в Индии, ставшем резиденцией вице-короля — наместника португальского короля (1533)и архиепископа в 1558 году, в Малакке (1557), Макао на южном побережье Китая (1576), Мозамбике на юго-восточном побережье Африки (1612). (В 1624-м и в последующие годы португальские иезуиты проникли, первыми из европейцев, в Гималаи и Тибет. —
Их миссии путешествовали в Софале (Южная Африка), вверх по Замбези до Тете, вверх по Конго, в Эфиопию. Иезуит Бенедикт (Бенто) де Гоэш под видом армянского купца прошел по Хайберскому проходу и путешествовал по всей территории Афганистана и горам Гиндукуш, а затем перебрался в китайский Туркестан. Он умер в Сучжоу, в Китае.