О влиянии греческих таинств свидетельствует их воздействие на простых мусульман. Хотя самая величественная из византийских церквей, церковь Святой Софии, была окружена минаретами и стала мечетью, христиане продолжали посещать святые места. Турки присоединялись к ним во время их поклонения, поскольку двери в храме были изготовлены из дерева священного ковчега. Или же встречались у святого колодца, отделанного камнем из колодца Вифлеема.
Иногда турки строили и отделывали здания в своих традициях, постепенно расширяя свой кругозор и усваивая знания, очевидно знакомые каждому профессиональному архитектору. Как говорили, купол Софии обвалился в тот день, когда родился пророк, его не восстанавливали, пока не появился святой Хызр и показал, что строителям следует взять известковый раствор, составленный из песка из Мекки, воды из колодца Зем-зем и слюны пророка. (Все захватчики, тем более кочевники, пришедшие на готовое, любят сочинять сказки. Купол Софии частично обвалился в 551 году в результате землетрясения (обрушился также и в 989-м — также из-за землетрясения). Оба раза восстанавливался архитекторами и строителями великой империи. —
В Салоники к могиле святого Деметрия, хотя здание церкви превратили в мечеть, продолжали стекаться христианские паломники, и вскоре туда же начали приходить мусульманские пилигримы. Сохранились достоверные свидетельства о том, что турки тайно крестились, надеясь исцелиться от недугов или получить иную выгоду. Возможно, среди них оказались сам султан Мурад (в 1585 году) или турки, носившие амулеты с текстами из вступления к Евангелию от святого Иоанна наряду с Кораном.
Как рассказывают, Селим II поставил шесть серебряных лампад перед иконой в монастыре Ксиропотам на горе Афон, потому что верил, что святые помогут ему. Он дружелюбно относился к христианам и позволял более свободно реставрировать церкви или строить новые. Сохранились и свидетельства о том, как простые христиане советовались с муэдзином, равно как и со священником, когда у них возникала подобная потребность.
Смешение верований и суеверий без труда происходило, когда христианские женщины попадали в турецкие гаремы. Однако новые факты твердо свидетельствуют о силе и продолжительности православных традиций во время их подавления. Христианские священники могли быть бедными и простыми сельскими жителями, заниматься крестьянским трудом среди своей паствы, однако их должность почиталась. Проходя мимо двери покоев патриарха, где стояла охрана из двух янычар, православные женщины крестились. Ощущение давно существовавших традиций поддерживалось так сильно, как никогда прежде, или даже сильнее, по мере того как оно отождествлялось с национальными традициями подчиненных туркам христиан.
Законы султана укрепляли духовную власть патриарха над всей Греческой православной церковью. Турки рассматривали православную церковь как подчиненную нацию с ее местными законами и воспринимали константинопольского патриарха как его представителя.
В XVI веке для устройства дебатов среди греков патриарх начал приобретать некоторые юридические функции. В самой иерархии турецкое правительство постоянно укрепляло власть патриарха над другими епископами и митрополитов внутри конкретной епархии.
В 1576 году патриарх получил власть, позволявшую ему назначать или смещать епископов. Составной частью турецкой политики было подчинение местных церквей столичному (то есть константинопольскому) патриарху.
На территориях стран Балканского полуострова, захваченных турками, подобное скорее являлось исключением, поскольку местная политика или влияние дружелюбно настроенных визирей допускало некоторую автономию сербского архиепископа в городе Печ и болгарского архиепископа в городе Охрид. Но духовная власть константинопольского патриарха, несмотря на внутренние проблемы города, укрепилась на протяжении веков гораздо сильнее, чтобы достичь своей вершины в XVIII веке.
Враждебное отношение православной церкви к Риму не ослабевало. Как никогда раньше, она испытывала такую антипатию в связи с его претензиями. В Венгрии и Польше земельные владения православной церкви и ее православных прихожан по-прежнему им принадлежали. Некоторая часть земель (на территории бывших православных княжеств, захваченных католическими Польшей и Венгрией. —
Это влияние не было новостью на Востоке. Со времен крестоносцев частичная изоляция от византийской традиции восполнялась обращением к западной богословской мысли, проявляясь в сближении или отталкивании.