В национальном парламенте в Аугсбурге в 1548 году император Карл V объявил решение по поводу религиозного поселения, известного как Аугсбургский интерим (
Буцер бежал из Страсбурга в Англию, другие духовные лица на север, заключенный Иоганн-Фридрих попытался перевести свой университет из Виттенберга, оказавшегося в числе земель, изъятых из его владений, в Йену, в Тюрингию. В Йене собрались самые яростные противники интерима, самые бескомпромиссные из учеников Лютера. Они призывали Меланхтона присоединиться к ним.
Тот отказался это сделать. Он бежал из Виттенберга незадолго до его захвата испанскими войсками, но вскоре вернулся туда. Герцог Мориц уверил его в том, что протестантская церковь Саксонии сохранится. Меланхтон согласился — отчасти потому, что охотно вступал в дискуссии с оппонентами, отчасти потому, что не хотел покидать Виттенберг, который он воспринимал как «зарождающееся светило Реформации».
При поддержке Морица он улучшил интерим, сделав его более сносным. Лейпцигский интерим от декабря 1548 года содержит удовлетворявшую лютеран формулу веры, но принимает епископальное управление церковью (в той степени, в какой они не противоречили воле Божьей), латинскую литургию, семь таинств, облачения и посты.
Уверенный в том, что основные положения Евангелия не затронуты, Меланхтон согласился принять католический ритуал и обряды, хотя ему самому они вовсе не нравились. В письме к Карловицу он сообщал, что остается мирным человеком, и косвенно критиковал лютеранскую страстность и несдержанность.
Карл V не пользовался любовью населения. Стало ясно, что протестантские вера и обряды глубоко проникли в народное сознание. В Южной и Центральной Германии принятие интерима обеспечивалось присутствием испанских войск. В Саксонии и Бранденбурге оно оказывалось возможным, поскольку отчасти походило на евангельские формулы. Однако в Северной Германии разразился открытый бунт.
Император продолжал не считаться с традиционной независимостью немецких городов и местных князей. Даже в Южной Германии встречались люди, не принимавшие восстановленную мессу, которые с трудом находили нужных им священников. Ведь многие протестанты отказывались приспособиться, а большинство католиков сомневались в переменах, вводимых без одобрения папы.
Если Карлу V и не удалось уничтожить лютеран, то он преуспел в их расколе. Филипп Меланхтон оказался единственным учеником Лютера европейского уровня, только он смог возглавить лютеранские церкви. Однако сократившееся вдвое количество лютеран ослабили и его позицию. Хотя Карл V и продолжал воспринимать его как наставника Германии и автора, которому обязаны многим истинам в религии.
Тем не менее за несколько месяцев Меланхтон потерял главенствующее положение в церкви и остался главой группы теологов. Лютеране разделились на умеренную партию, базировавшуюся в Виттенберге под предводительством Меланхтона, и классическую, или экстремальную, партию, помещавшуюся в Йене и Магдебурге, ее возглавлял Маттиас Флациус Иллирийский.
Лютеранской церкви больше не удалось восстановить свое единство, которое она потеряла благодаря Аугсбургскому интериму 1548 года.
Вскоре в политическом смысле лютеране стали нуждаться в воссоединении, ибо император не мог удержать свою власть. Поддерживаемая новым вторжением турок, союзом с Францией и герцогом Морицем Саксонским протестантская лига склонила императора к Аугсбургскому религиозному миру 1555 года.
По нему каждая земля, бывшая лютеранской до 1552 года, должна была оставаться таковой законодательно, а в будущем каждому правителю государства предоставлялся выбор между прежней религией и лютеранством. Но, несмотря на требования лютеран, Аугсбургский мир не предоставил права выбора религии подданным имперских князей и рыцарей. Подразумевалось, что каждый правитель сам определяет вероисповедание в своих владениях. Позднее это положение трансформировалось в принцип «чья власть, того и вера» (