Однако расхождения по поводу интерима спровоцировали длительный период разногласий между лютеранскими церквами. Флациус Иллирийский оказался самым образованным, воинственным и вздорным священником XVI века. Он происходил из Истрии, расположенной неподалеку от Венеции (отсюда и его прозвище), говорил на итальянском, языке его матери, но так и не смог свободно владеть немецким.
Меланхтон считал его «неблагодарным учеником», «змеей, которую взрастил Виттенберг». Флациус готов был защищать «истинную веру» до смерти. Отчасти он обладал теми же качествами разоблачительного памфлетиста, как и Лютер, выступая не только против Филиппа Меланхтона и его партии, известных как филипписты. Едва ли осталась хоть одна христианская школа, которую Флациус не пытался бы опровергнуть.
Испытывая страстную привязанность к ортодоксальной церкви, руководствуясь высшими религиозными правилами, он соединял в себе смесь эксцентричного человека и фанатика. Умерший в 1560 году Меланхтон составил небольшой список доводов, почему он не боится смерти. С левой стороны располагались слова: «Ты не свободен от греха. Ты не освобожден от заботы и от гнева теологов».
По мере того как реформированная вера начала распространяться на север в Германию, пробным камнем лютеранской веры стало учение о евхаристии. Меланхтон всегда придерживался точки зрения, что различие между «в хлебе» и «с хлебом» несет в себе скрытый смысл, и представил в 1540 году обновленный текст Аугсбургского исповедания, открывший путь к реформированию (позже известный как Особое исповедание (Cоnfessio Variata).
Филиппистов вскоре обвинили в скрытом кальвинизме, покровительстве реформированной доктрине евхаристии. Отличавшиеся более строгими взглядами лютеране иногда признавались, что католицизм к ортодоксальности не ближе, чем кальвинизм.
Меланхтон хотел как можно чаще встречаться со швейцарцами, чтобы мирно трудиться вместе с ними. Не оставалось других источников раздора. Филипписты, как наиболее ревностные лютеране, не могли позволить, чтобы Лютер хоть как-то подвергался критике, ибо выражали свою преданность через верность идеям Лютера.
В 1577 году удалось достичь частичного урегулирования споров в лютеранстве путем издания «Формулы согласия».
«Формула» не стала посмертным торжеством Флациуса Иллирийского, чьи взгляды, напротив, в ней осуждались. Однако в ней также содержалось бескомпромиссное исключение как реформированного учения о евхаристии, так и кальвинистской доктрины предопределения. Ни один филиппист не смог подписаться под ней.
«Формула», ставшая обязательной для священников в лютеранских государствах, принявших ее, установила религиозный мир в большей степени, чем во время Аугсбургского интерима 1548 года.
Большинство лютеранских общин (86 государств или городов и порядка 8000 священников-пасторов) приняли «Формулу согласия», и в течение некоторого времени все выглядело так, как будто лютеране объединились.
Однако не все государства приняли ее. Король Дании бросил свой экземпляр «Формулы согласия» в огонь. Среди прочих, кто отказался принять ее, оставаясь филиппистами, были Бремен, Анхальт, Нюрнберг. Продолжавшие существовать филиппистские церкви способствовали распространению в Германии реформированного протестантизма.
По своим предпочтениям они оказались так же близки Кальвину, как и строгие лютеране, и мало-помалу перестали отличаться от реформированных церквей. Реформированные церкви быстро распространялись по Германии, поскольку все больше лютеран начинало верить, что в основных моментах они оказывались правы.
Тем не менее в популярной литературе распространено заблуждение, что после Аугсбургского мирного договора 1555 года лютеране потеряли свою энергию.
На самом деле, хотя большинство земель формально стали лютеранскими до 1555 года, но именно на нескольких самых больших территориях, например в Пруссии и Швеции, лютеранские церкви сформировались во второй половине XVI века.
В Германии к началу Тридцатилетней войны лютеране сильно консолидировали свои территории. Не позже 1598 года они быстро овладели Страсбургом, когда город Мартина Буцера и Жана Кальвина принял «Формулу согласия» и стал лютеранским. Даже Пфальц, в Германии, где кальвинистские пресвитеры появились еще в 1570 году и который был краеугольным камнем немецких реформированных церквей, продолжал упорно оставаться лютеранским и в течение семи лет после 1576 года.
Критикуя друг друга, лютеране не задумывались над тем, что потеряли динамику. Страстность скорее является признаком не энергии, а слабости. Старая картина лютеранской церкви как статичной и угасающей под ударами реформированных (кальвинистов) и иезуитов относится к области церковных легенд, переписанных благодаря современным исследованиям.