Лютеранские церкви медленно разрастались и распространяли свое учение. Старейшие университеты в Тюбингене, Ростоке, Грайфсвальде и Лейпциге реформировали, после основания университета в Марбурге (1527) появились университеты в Кенигсберге (1544), Йене (1558), Хельмштедте (1576) и Гисене (1607).
Мартин Хемниц из Брауншвейга (1522–1586), ученик Меланхтона, превратился в самого образованного протестантского теолога столетия. Он продолжил упорядочивать лютеранское учение. Его известной книгой стало «Исследование собора в Тренте» (вышло в четырех частях, в 1565–1573 годах), где содержались самые полные из всех современных оправданий протестантского движения. В различных государствах устраивались церковные ордена, администрации состояли из образованных людей, лучше организовывалась помощь бедным.
В лютеранских княжествах раздробленной Германии лютеране не допускали мессы или кальвинистский культ. Кальвинистские консистории наказывали любого, кто придерживался католических или лютеранских доктрин реального присутствия. Поскольку в Германии имелось больше протестантских государственных образований, чем где-либо еще, религиозный разлад стал гораздо откровеннее.
По своей сути протестантская Германия не стала единой общностью с различными точками зрения. Кальвинисты более дружелюбно относились к лютеранам, чем лютеране к кальвинистам. Но они спровоцировали недовольство, открыто заявив, что лютеране все еще запятнаны «наследием папизма», а также сознанием своего превосходства. «Хотя Хешель и лютеранин, — писал Скалигер, он — образованный человек».
До 1648 года лютеране никогда не забывали, что они и римские католики оставались единственными легитимными религиями в Германии и что статус «реформированных» считался таким же незаконным, как и анабаптистов. Они верили, что кальвинистское отрицание «реального присутствия» представляет собой крайнее направление католической веры. Они редко признавали общее единение среди протестантов.
Лютеранский профессор Поликарп Лейзер защищал положение, что ошибки кальвинистов хуже, чем заблуждения папистов. Когда опубликовали молитвенник против кальвинистов, религиозное рвение приобрело воинственный характер. Хотя точка зрения Лейзера не поддерживалась большинством, более требовательные лютеране верили, что его верность истине не соотносится с реформированными (кальвинистами).
Когда Теодор Беза встретился с лютеранином Андреа на дискуссии, посвященной воссоединению в Монбельяре, после ее завершения они не смогли пожать друг другу руки.
Смерть тысяч гугенотских мучеников во Франции показалась Гуттеру справедливым возмездием Господа за нарушение религиозного мира. Разразился неистовый шум против филипписта Каликста, встретившегося за завтраком с реформированным (кальвинистским) придворным капелланом в Берлине.
«Возможно ли, — спрашивал Каликст, будучи под огнем ради поддержки реформированных теологов, — чтобы эта ненависть поднялась среди нас до такой степени, что реформированные отвергают человека, пересекающего рядом с ними улицу? Сам я не стану избегать компании добропорядочных людей, независимо от того, являются ли они кальвинистами или папистами».
Столкновения происходили по всей Германии, ослабляя политическую власть протестантов в Германии, Польше, Франции, Венгрии и Трансильвании, открывая дорогу Контрреформации богословской полемикой. Однако даже антагонистическое богословие продолжало оставаться таковым, и знания, необходимые для военных целей, оказались более полезными, чем глухое и однообразное безразличие.
Некоторые лютеране не боялись использовать сочинения кальвинистов, хотели даже переводить книги английских реформистских авторов. Лютеранские ученые включали в свой маршрут путешествий Магдебург, Хайдельберг или Лейден, лютеранский университет в Тюбингене оказывал дружеский прием даже резким кальвинистским студентам.
Филипписты менее дружелюбно относились к реформированным, отмечались лишь отдельные случаи личных привязанностей. Так, Пеларг, суперинтендент во Франкфурте-на-Одере, перешел от филиппизма к открытому кальвинизму. Некоторая часть лютеранского духовенства продолжала поддерживать его, он посвящал в сан как лютеранских, так и реформаторских священников, а университет допускал степень доктора для членов обеих конфессий.
Шотландского священника Джона Дьюри в 1628 году сделали капелланом английских купцов в Эльбинге (теперь Эльблонг) в Восточной Пруссии (ныне в Польше). Страдавший от религиозных разногласий в Германии, Джон посвятил оставшуюся часть своей длинной жизни созданию союза лютеран и реформированных, исходя из признания ими веры, основанной на апостольском кредо.
Он путешествовал по всей Европе, от Лондона до Трансильвании, от Женевы до Стокгольма. Швейцарская церковь упоминает его в молитвах, а Шведское государство его изгнало. Симпатизируя многим и не отличавшийся четкими богословскими взглядами, практически ничего не смысливший в делах, Джон Дьюри доказал, что в случае, когда речь идет о христианском единении, чувств и привязанности недостаточно.