В течение многих лет государственная система страны мешала существованию такой системы, оставаясь в основе папской организацией. Однако в большинстве свидетельств говорится, что во многих районах консистории и совещательный орган работали вполне эффективно.
В 1559 году из-за инфляции в ходе европейского кризиса кредитов Франция оказалась банкротом, и в этот худший для создания общественного порядка момент умер король. 30 июня 1559 года во время турнира в правый глаз короля Генриха II попал кусок расщепившегося копья. Хотя несколько выдающихся врачевателей попытались провести поспешные эксперименты, вставляя королю глаза четырех преступников, умерщвленных для этой цели, король умер спустя десять дней.
Новый король, Франциск II, уже женатый на Марии, королеве Шотландской, хотя ему и не было шестнадцати, оказался болезненным. Когда он умер 5 декабря 1560 года, корона перешла к его младшему брату Карлу X, которому было десять лет. Его мать, Екатерина Медичи, провела остаток своих дней, зыбко колеблясь между двумя фракциями дворян.
На одной стороне оказались Гизы, возглавляемые герцогом Гизом и кардиналом Лотарингии: католиками, которым помогали при возможности испанцы. На другой стороне находились Бурбоны, возглавлявшиеся принцем Конде (поскольку номинально возглавивший партию Антуан де Бурбон, хотя и был женат на набожной протестантке, оказался немощным и нерешительным). Его поддерживали три шатильонских (шатийонских) брата (кардинал Шатильонский (Шатийонский), адмирал Колиньи и д’Андело). Они дружелюбно относились к гугенотам и при необходимости вступали в союз с немецкими протестантскими князьями или с королевой Елизаветой Английской.
Королевская власть не смогла выдержать испытания меньшинством и регентством иностранной королевы-матери (Екатерина Медичи была наполовину француженкой (по матери). —
Даже в 1560–1561 годах современники делились между «политическими» гугенотами и «религиозными» гугенотами. Политические — знать, возмущенная доминированием католических землевладельцев над короной, — были готовы использовать религиозные прения в качестве инструмента. И среди них не отмечалось согласия, их лидеры различались по своим взглядам. Конде пользовался дурной славой в личной жизни, Колиньи считался преданным и великодушным протестантом.
В связи со слабостью правительства гугеноты иногда переступали через закон. Невозможно стоять в стороне и смотреть, как твоих друзей сжигают, если в твоей власти остановить это. Они начали защищать свои собрания, чтобы можно было спокойно молиться под охраной вооруженных людей.
В Кане они завладели оставленными церквами, повсюду они иной раз изгоняли нападающую сторону, если той удавалось овладеть помещением раньше. В Монпелье гугеноты осадили каноников в соборе. Весной 1560 года гугенотская церковь Руана насчитывала 10 000 человек вместе с четырьмя пасторами и двадцатью семью старейшинами.
В Дьепе конгрегация оказалась настолько наглой или отчаянной, что построила «храм» в центре города, в классическом стиле, как и Колизей, однако власти разрушили его. В тех городах, большинство жителей которых составляли протестанты, скрываться стало невозможным и бессмысленным делом.
Конечно, гугеноты не могли встречаться без поддержки, но общественные власти не могли защитить их. В Валансе в 1560 году молодые гугеноты захватили францисканскую церковь, и вооруженные охранники защищали их службы. В Ниме конгрегация встречалась в пригородах и служила женевскую литургию при охране, вооруженной пиками и аркебузами. 26 августа 1560 года конгрегация из 7000 человек встретилась на рыночной площади в Руане, пела псалмы и слушала проповедника, стоявшего на кресле. Его окружало 500 человек с аркебузами.
Занятие церквей гугенотами казалось католикам отвратительным, они рассматривали его как святотатственное. Гугеноты вовсе не ощущали себя осквернителями, они считали себя церковью Господа, очищали свои здания и восстанавливали истинную религию. Если почти все жители города оказывались гугенотами, они считали вполне естественным и справедливым, что могут встречаться и поклоняться Господу в одной или более пустых церквах.
Тайная организация, где религиозный мотив составлял небольшую часть или являлся просто предлогом, чтобы захватить короля и добиться терпимости по отношению к гугенотам (беспорядки 1560 года в Амбуазе), была предана Гизами и разбита. Страна оказалась на грани гражданской войны.
Следовало ли верующим объединяться, чтобы выступить против законного правителя? По этому поводу между женевскими и гугенотскими лидерами велись многочисленные дискуссии. Ведь и Кальвин верил, что власть исходит от Господа, что никто не имеет права восстать против законного правителя.