В Орлеане, где сами жители испытывали те же чувства, кальвинистам удалось продвинуться. Точно так же произошло в Дофине и Провансе на отдаленном юге Франции, где соединились наследие, полученное от вальденсов, и средневековая ересь, образовав независимую политическую традицию.
Большинство жителей Парижа, Бордо и Тулузы всегда оставались католиками. Лотарингия и Северная Франция контролировались католическими дворянами, Гизами и Монморанси.
Вначале службы гугенотов проводились тайно: в частном доме, в амбаре, в лесу или в поле. Некоторые конгрегации требовали клятву, что член никогда не раскроет имена других протестантов. Немногочисленным священникам удавалось отчасти защищаться с помощью переодевания или вымышленных имен, их тотчас смещали, если их личность раскрывали в городе.
Хотя гугеноты провели свой первый национальный синод в Париже в 1559 году, центром организации и контактов оставалась Женева. Гугеноты использовали женевские псалмы и Библию, а также порядок службы. Испытывая необычайный недостаток в священниках, многих привлекли из Швейцарии.
В некоторых приходах священник спокойно принимал протестантскую точку зрения и продолжал наставлять свою паству. Избрали ряд священников и монахов, они приняли на себя роль пасторов.
В 1560 году монах по имени Темпест стал проповедовать реформированное Евангелие в Монтелимаре, даже не отказавшись от своих привычек. В 1561 году августинец в Монтобане стал молиться, прочел известный курс проповедей во время Великого поста, во время Пасхи публично отказался от сана и присоединился к гугенотам во время причастия.
Однако французский эксперимент с лишенными духовного сана священниками и монахами не всегда оказывался удачным. Мотивы были сомнительными, их чрезмерно ненавидели духовные власти. Гугенотские консистории устанавливали правила, согласно которым бывшие священники или монахи могли снова принять свой сан. Они полагали, что помощь придет из Швейцарии, и посылали студентов в Женеву, чтобы те становились пасторами.
Между 1555 и 1562 годами из Женевы прибыло по крайней мере восемьдесят восемь священников-пасторов для гугенотов, а в Берне и Невшателе рукоположили остальных. Швейцарские города жертвовали своих проповедников в пользу Франции.
В течение 1561 года, по мере того как гугеноты стали появляться открыто, французский город мог выдворить своего священника, разбить статуи в церкви и обратиться за новым священником-пастором, хотя иногда даже некого было послать. Женева помогла в 1558 году, когда Берн изгнал нескольких пасторов из Лозанны и других мест, потому что они настаивали на сохранении женевской консисториальной дисциплины на территории Берна. Многие из отлученных пасторов отправились во Францию.
В начале 1561 года французское правительство формально выразило протест Женевской республике за то, что та посылала священников, подстрекавших к мятежу или размолвкам в государстве. Поэтому Женеве приходилось проявлять осторожность, закрывать глаза на неофициальную помощь, которую обеспечивали ее пасторы и горожане.
В 1561 году адмирал Колиньи подсчитал, что во Франции было 2150 протестантских конгрегаций.
Сохранилось современное описание, показывающее рост количества протестантов в небольшом городке Кастр в Лангедоке. В 1559 году несколько жителей города отправились в Женеву, чтобы купить Библии и попросить прислать им пасторов. В конце 1559 года почтенное сообщество выбрало Жоффруа Брюна, которого Берн недавно изгнал с территории Лозанны.
В апреле 1560 года члены конгрегации благополучно переправили Брюна в Кастр, приведя его в город под покровом темноты и разместив у видного горожанина по имени Гош. В его доме проводились службы, всегда ночью и соблюдая конспирацию. Однако через месяц встреч о доме Гоша узнали, и гугеноты перенесли службы в дом другого протестанта.
Тем временем конгрегация росла. Только спустя шесть месяцев Брюн решил, что должен быть второй пастор, и вернулся в Женеву, что подыскать его. Пока он отсутствовал, пришел пастор из Тулузы, чтобы проповедовать и крестить, но его обнаружили и изгнали.
Теперь наступил 1561 год, гугеноты начали действовать открыто. В феврале 1561 года новый помощник Брюна возобновил службы в частных домах. 18 апреля другой новый пастор начал проповедовать публично в старом школьном доме, а когда магистраты приказали ему перестать, он отказался подчиниться распоряжению.
Сам Брюн вскоре вернулся из Женевы, и магистраты сами присоединились к конгрегации. Паства настолько возросла, что не смогла собираться в частных домах, поэтому они стали занимать общественные здания и силой освободили протестантских заключенных. Так город стал гугенотским.
Синод Парижа в 1559 году организовал национальную систему пресвитерии. Каждая церковь управлялась консисторией, священниками с мирскими старейшинами. Кроме того, существовали районные собрания, совещательные органы. Над ними находился провинциальный синод, еще выше — национальный синод.