Толчком к вооруженному восстанию послужили кровавые бесчинства японского и белогвардейского отрядов в селе Мазапово. Крестьяне этого села в начале января 1919 года выступили с оружием в руках против японо-белогвардейских грабителей и убийц. Восстание поддержали окрестные села и деревни. Под руководством революционного военного штаба, созданного перед этим на крестьянской конференции в деревне Сохатино, повстанцы уничтожили карателей. Интервенты бросили против повстанцев большие силы. Восстание было подавлено, и повстанцы ушли в тайгу Японские захватчики сожгли Сохатино и Мазаново. Оставшиеся жители, в том числе женщины, старики и дети, были расстреляны. Во время восстания погиб один из его организаторов член ВЦИК 3. Ф. Кулинич.
После Мазановского восстания партизанское движение охватило почти всю область. По решению Благовещенского подпольного партийного комитета для руководства движением был создай в январе в деревне Красный Яр областной военно-революционный штаб. В него вошли коммунисты В. А. Бородавкин, С. Г. «Пашкевич, И. Ф. Матвеев и другие. Командующим армией был избран И. Г. Безродных, а после его ранения в февральских боях — Г. С. Дрогошевский. Начальником штаба был назначен В. К. Аксенов. Партизанская армия Амурской области, объединившая многие отряды, насчитывала в начале 1919 года до 10 тысяч бойцов. Она провела в январе — марте несколько крупных боев с японскими войсками и нанесла им большие потери. Интервенты были вынуждены признать, что волна партизанского движения «захлестнула Дальний Восток». Японская газета «Иордзу-Чиохо» 3 марта 1919 года писала о том, что советские партизаны — весьма серьезный противник для японских войск. Японское командование отмечало, что войска в безуспешной борьбе с партизанами несут огромные потери. И действительно, в зиме-весенних боях 1919 года амурские партизаны уничтожили до 7 тысяч японцев и белогвардейцев. Они сковали значительные силы врага. Интервенты сосредоточили против партизанской армии 14-ю японскую пехотную дивизию, части 13-й, 17-й японских дивизий и несколько белоказачьих полков.
В марте партизанское движение на Амуре понесло тяжелую утрату. Белогвардейская разведка раскрыла подпольный большевистский комитет в Благовещенске и арестовала 66 руководящих партийных работников В числе их был арестован и Ф. И. Мухин, который был убит белогвардейцами по дороге в тюрьму. Но эта утрата не ослабила воли к борьбе с интервентами. В апреле был избран новый состав подпольного Амурского обкома, в который вошли Я. Ф. Яковлев (председатель), З. А. Нестеров, О. Н. Иогансон, М. А. Трилиссер, М. Шергов, П. В. Яницкий.
С наступлением весны и началом полевых работ часть партизан была распущена по домам. Опыт прошедших боев показал, что создание большой, малоподвижной партизанской армии нецелесообразно. Интервенты и белогвардейцы, имея численное и техническое превосходство и удерживая в своих руках важнейшие дороги, имели возможность изолировать и блокировать такую армию. Поэтому революционный военный штаб принял решение перестроить тактику борьбы. Амурская армия разделилась на мелкие отряды, которым было приказано действовать самостоятельно в отведенных им районах. Партизанам, которые могли жить легально, было предложено на время разойтись по домам.
Летом колчаковские власти начали проводить мобилизацию нескольких возрастов молодежи в армию. В ответ на это большинство призывников вступало в партизанские отряды. Партизанское движение разрасталось.
Широко развернулось партизанское движение в Приамурье. Началось оно с восстания в Хабаровске. Здесь группа партийных работников, оставшихся в подполье после занятия города интервентами и белогвардейцами, несмотря на жесточайший террор, уже в сентябре 1918 года сумела начать активную деятельность, завязать связи и создать подпольную организацию. В начале октября была установлена связь с союзом грузчиков, рабочими арсенала, матросами речной флотилии Амура, железнодорожниками депо Хабаровска и станции Вяземская. В районе Вяземской в декабре 1918 года был сформирован один из первых партизанских отрядов под командованием паровозного машиниста, большевика А. Е. Погорелова. Здесь же в январе 1919 года организовался отряд под командованием Г. Ф. Коваля — бывшего командира красногвардейского бронепоезда.
Хабаровские коммунисты подготовили в январе 1919 года восстание в одном из калмыковских полков, куда попали бывшие красногвардейцы. Восстание началось в ночь на 28 января. Повстанцы перебили часть офицеров и юнкеров. Был убит начальник хабаровского гарнизона полковник Бирюков. Самого Калмыкова захватить не удалось, он успел скрыться в японском штабе, где поднял тревогу. Японские части отрезали пути отхода повстанцам. Но часть повстанцев все же прорвалась и ушла через Амур в сторону китайской границы.