После хабаровского восстания подпольная организация перенесла центр тяжести революционной работы на периферию. 10–11 марта в деревне Соколовке состоялся нелегальный областной съезд трудящихся Приамурья, на котором присутствовало 76 делегатов. Съезд положил начало массовому партизанскому движению в Приамурье. Для руководства партизанами съезд избрал военно-революционный штаб во главе с рабочим хабаровского арсенала, коммунистом Д. И. Бойко-Павловым, на которого было возложено командование партизанскими отрядами Приамурья. По решению съезда уже в марте — апреле было сформировано несколько новых отрядов.
На левобережье Амура из мелких партизанских групп еще в начале 1919 года выросли крупные, боеспособные отряды. Среди них были такие, как 1-й Тунгусский отряд, которым командовал хабаровский грузчик И. П. Шевчук, а политическим руководителем был видный партийный работник П. П. Постышев; 2-й Тунгусский отряд под командованием Алексея Кочнева и его братьев — рабочих базы Амурской флотилии; отряд под командованием матроса Мизина, действовавший в районе озера Катар, и другие.
На правобережье Амура, между Вяземской и Хабаровском, сражались отряды Гармашова, Рубеля, М. Изотова, И. Федотенко, И. Жукова, Н. Найденова и другие. В апреле 1919 года в Приамурье действовало свыше 20 партизанских отрядов.
Японское командование не один раз посылало карательные отряды против партизан, но все они возвращались битыми. Никакими мерами белогвардейские власти и интервенты не могли задушить разраставшееся движение. Население сел и деревень встречало карательные отряды огнем или уходило в тайгу к партизанам.
Хабаровская подпольная организация большевиков, возглавлявшаяся последовательно Б. Славиным, Я. Луненко, Б. Ждановым, настойчиво вела работу среди трудящихся и солдат гарнизона. На многих предприятиях, в воинских частях и учреждениях были созданы подпольные группы. Добывалось оружие, боеприпасы. Среди населения собирали одежду, белье, медикаменты, и все это переправлялось партизанам.
Подпольная организация неоднократно терпела провалы и несла потери. Мучительной смертью погибли в калмыковском «вагоне смерти» сотни подпольщиков, среди них активные коммунисты Н. Гаврилов, Б. Славин (члены «Центросибири»), Г. Штылев (председатель хабаровского союза грузчиков), Г. Аксенов, Болотин и Болотина (члены Хабаровского комитета партии), Я. Луненко и многие другие. На смену погибшим вставали новые бойцы и самоотверженно продолжали работу.
Приамурье стало ареной ожесточенных боев с интервентами, которые имели здесь значительные силы. Почти на каждой станции Амурской и Уссурийской железных дорог стояли японские гарнизоны. Условия борьбы требовали объединить действия партизанских отрядов, сделать их более целеустремленными. В 20-х числах августа в деревне Алексеевке была созвана конференция представителей партизанских отрядов и хабаровского подполья. Было принято решение: всем партизанским отрядам начать разрушение железнодорожных и. водных коммуникаций врага и усилить работу по разложению вражеского тыла. Конференция постановила также создать в селах нелегальные ревкомы и возложить на них оказание помощи партизанским отрядам. После конференции в Алексеевке партизанское движение в Приамурье приобрело еще больший размах. Оно стало более организованным; отряды сосредоточили теперь основные усилия на разрушении вражеских коммуникаций.
Огромного размаха достигло партизанское движение в Приморской области. Здесь основными центрами его были Сучанские каменноугольные копи, Тетюхинские серебро-свинцовые рудники, таежные селения Ольга, Анучино, Фроловка и другие.
Начало партизанскому движению в Приморье было положено осенью 1918 года, когда в Сучанской долине учителя Н. К. Ильюхов, Т. А. Мечик и группа рабочих-шахтеров, крестьян и фронтовиков образовали нелегальный комитет по подготовке сопротивления внешней и внутренней контрреволюции. Благодаря энергичной деятельности комитета в разных местах Приморья стали создаваться боевые дружины. В них охотно вступало трудящееся население, чтобы бороться против интервентов и белогвардейцев. В начале января 1919 года вспыхнуло восстание на Сучане, которое получило отклик почти по всему Приморью. Началось повстанческое движение в Цемухинской долине. На вооружённую борьбу поднялись шахтеры Тетюхинского рудника. В районе Спасска действовал крупный партизанский отряд А. Д. Борисова, в Иманском уезде — отряд владивостокского грузчика И. Я. Мелехина.