Весенние бои и отход на север были первым серьезным испытанием для партизан. В этих боях закалялась и оттачивалась воля к борьбе. Отсей вались все колеблющиеся и неустойчивые, выдвигались наиболее способные и смелые командиры. Несмотря на то, что состав полков уменьшился, внутренняя сплоченность, дисциплина и боевые качества партизан повысились. Это дало возможность после небольшого перерыва снова начать активные действия.
В июне и июле 1919 года партизаны провели несколько удачных боев. 1-й Революционный кавалерийский полк предпринял экспедицию на Газимурский завод и наголову разбил там два семеновских казачьих полка. 4-й Революционный кавалерийский полк, действуя по-прежнему вдоль западного берега Аргуни, занял станицу Аргунскую, вынудив белоказачью дружину бежать на китайскую территорию.
2-й Революционный кавалерийский полк после боев овладел станицей Богдать и развил успешное наступление в направлении Нерчинского завода с севера. Белые несколько раз пытались отбросить партизан от Богдати, ставшей партизанской «столицей», но каждый раз терпели поражение. При одной из таких попыток семеновская конница подверглась стремительным ударам с флангов и тыла и была окружена партизанами. Противник с трудом вырвался из кольца, понеся большие потери и оставив на поле боя много вооружения. Под влиянием разгрома у Богдати, а также вследствие революционной пропаганды 15 июля восстал 1-й Забайкальский белоказачий полк и в полном составе, за исключением офицеров, перешел к партизанам. Получив название 5-го Революционного кавалерийского полка, восставшие казаки приняли участие в последующих боях против семеновцев и интервентов.
Это восстание, а также угроза, нависшая над Нерчинским заводом, заставили белогвардейцев взорвать там склады боеприпасов и отступить на юг. В конце июля и в начале августа 1-й, 2-й, 4-й и 5-й партизанские полки, очистив от семеновцев почти всю территорию между реками Аргунь и Газимур, вели бои уже значительно южнее Газимурского и Нерчинского заводов.
В то же время 3-й Революционный кавалерийский полк, направленный к реке Шилке с задачей поднять восстание в прибрежных селениях, развернул успешные действия на этой важной водной коммуникации врага. В августе и первой половине сентября партизаны совершенно дезорганизовали речное сообщение интервентов с Амурской областью. Все транспорты, направлявшиеся из Сретенска к Амуру, подвергались обстрелу и либо поворачивали назад, либо попадали в руки партизан.
Нарушение речного судоходства на Шилке приобрело особо важное значение потому, что как раз в это время восставшие рабочие железнодорожных мастерских станции Зилово Амурской железной дороги организовали летучий партизанский отряд в 250 человек и парализовали сообщение на участке Зилово — Урюм.
В первых числах сентября Шилкинский и железнодорожный районы партизанского движения значительно расширились и составляли уже один общий район активных действий партизанских отрядов, объединенных под командованием Ф. А. Погодаева, ставшего заместителем П. Н. Журавлева на сретенском направлении.
Самоотверженно боролись против интервентов и белогвардейцев коммунисты-подпольщики и трудящиеся Амурской области. Осенью 1918 года здесь сосредоточились отступившие под натиском превосходящих сил врага остатки красногвардейских отрядов, партийные и советские организации Забайкалья, Приморья и Приамурья. Дальнейшая фронтовая борьба ввиду явного превосходства врага, отрезавшего к тому времени Дальний Восток от Советской республики, стала невозможной. Было принято решение уйти в подполье, в тайгу и начинать повстанческую и партизанскую войну.
В начале октября 1918 года был избран подпольный областной комитет РКП(б), который возглавил член партии с 1904 года, один из виднейших организаторов борьбы трудящихся на Амуре Ф. Н. Мухин. Амурская партийная организация так же, как другие большевистские организации Дальнего Востока и Сибири, получала помощь от Центрального Комитета партии. В Благовещенск приезжал связной Центрального Комитета Д. Д. Киселев.
Большинство членов Амурского обкома выехало в область. В конце 1918 — начале 1919 года были проведены совещания в Ильиновке, Жарикове, Бочкарево, Гондатти, Свободном, Сохатино, Завитой и других населенных пунктах, где обсуждались директивы областного комитета партии о развертывании вооруженной борьбы против интервентов и белогвардейцев.