Успешные действии партизан Енисейской и Иркутской губерний вызвали серьезную тревогу среди белогвардейцев. 31 марта Колчак специальным приказом объявил эти губернии на военном положении. Против партизан были брошены три пехотные чехословацкие дивизии, батальон итальянцев, польские и румынские легионеры и наспех сколоченные соединения из резервов колчаковской армии. Дли борьбы с партизанами одной лишь Енисейской губернии было сосредоточено до 22 тысяч войск с горной и полевой артиллерией. Речная флотилия белогвардейцев на Енисее тоже была целиком занята борьбой с партизанами.
Партизаны, отвлекая на себя крупные силы врага, облегчали тем самым борьбу Красной Армии против войск Колчака на фронте.
Ценою огромных потерь интервентам и белогвардейцам удалось захватить Степной Баджей и Тасеево. Каратели изощрялись в насилиях над мирным населением, зверски расстреливали взятых заложников. Захваченных в плен партизан интервенты убивали на месте. Телеграфные столбы на протяжении нескольких километров по линии железной дороги в районе станции Тайшет были превращены в виселицы. Дотла сжигались и сносились огнем артиллерии деревни и села, уничтожалось имущество крестьян, истреблялись посевы и скот. Колчаковский управляющий Енисейской губернией в июле 1919 года, докладывая о расправах с населением, писал:
«Был обнаружен случай, что жители д. Солнечно-Талой уже после занятия этого района нашими войсками отправили в тайгу для скрывшихся там мятежников 50 подвод съестных продуктов. В наказание за это деревня был зажжена сразу в 5 или 6 местах…
Дополнительно поступившие донесения говорят, что в Степно-Баджейской волости Красноярского уезда сожжены почти все селения за исключением Ст. Баджея. Сожжение этого села отложено до эвакуации церкви и больницы» [199]
.Однако уничтожить партизан интервенты и белогвардейцы не смогли. Тасеевские, шиткинские и тайшетские партизаны вместе с населением отошли на время в северные районы Енисейской и Иркутской губерний. Партизанская армия А. Д. Кравченко и П. Е. Щетинкина с массой спасавшегося от карателей мирного населения, с лазаретом и с большим обозом ушла на время через Минусинский уезд в пределы Тувы.
В Томской губернии южнее Сибирской железнодорожной магистрали центром партизанского движения был Кузбасс (Кузнецкий и Мариинский уезды). Здесь действовали отряды В. П. Шевелева-Лубкова, Г. Д. Шувалова-Иванова, Путилова, В. Попова-Пугачева и других. Севернее магистрали оперировали отряды Гончарова-Толкунова, П. Лубкова, М. Перевалова, Буркова-Зубова. На западе Томской губернии в Каинском уезде вел борьбу с колчаковцами партизанский отряд И. Чубыкина. В районе к северу от Томска был известен своими смелыми действиями партизанский отряд В. П. Долгова.
Партизанское движение руководилось подпольными комитетами большевиков Томска, Щегловска (Кемерово), Кольчугино, Мариинска, Анжерска, Боготол а и станций Тайга и Топки. Томские партизаны нарушали движение по Томской железной дороге, выводили из строя угольные шахты, помогали населению укрываться от мобилизаций в колчаковскую армию.
Руководимое коммунистами, широко развернулось партизанское движение в Алтайской губернии. Партийная организация Барнаула насчитывала летом 1919 года свыше 200 коммунистов. Она имела свои группы почти на всех предприятиях города, в мастерских затона, на железной дороге, в лагере военнопленных первой мировой войны, в местном гарнизоне. Барнаул был разбит на несколько районов, и в каждый из них были назначены доверенные партийного комитета. Коммунистические ячейки и группы беспартийных сторонников Советской власти действовали во многих деревнях Барнаульского уезда. Партийный комитет Барнаула укреплял партизанские отряды коммунистами и рабочими, руководил боевой деятельностью партизан, добывал для них оружие и боеприпасы. В подпольной типографии комитета печатались листовки, воззвания, призывавшие трудящихся к борьбе с интервентами и Колчаком.
Одним из центров партизанского движения на Алтае было село Зимино Барнаульского уезда. Здесь партийная организация, возглавляемая петроградским рабочим, членом партии с 1908 года Г. С. Ивкиным, созвала в августе 1919 года съезд представителей партизанских отрядов Барнаульского, Бийского, Змеиногорского, Славгородского и Каменского уездов, на котором было принято решение объединить все силы и восстановить в освобожденных районах Советскую власть. Партизанские отряды Зиминского района возглавляли командующий К. Н. Брусенцов и начальник штаба Ф. И. Архипов.
Крупным районом партизанской борьбы на Алтае был также Славгородский уезд, связанный с Кулундинской железной дорогой. Центром повстанческого движения в этом уезде вначале было село Вострово, а затем Солоновка. В Солоновке располагался главный штаб повстанческих войск, руководимых делегатом I Всероссийского съезда Советов, беспартийным крестьянином-фронтовиком Е. М. Мамонтовым.