С войной еще не было покончено. Хотя Помпей потерпел поражение и погиб в Египте, у его сторонников оставалась армия в Диррахии, с Катоном во главе. Они не испытывали недостатка в средствах и к тому же имели флот. Более того, они разгромили войска Цезаря в Африке, и у них появилась база для ведения военных действий.
Катон перебросил свою армию в Африку и соединился с войском Юбы в Нумидии. Вскоре у города Утики, расположенного в пятнадцати милях к северо-западу от того места, где стоял когда-то Карфаген, собралось войско, равное по численности десяти легионам. Юба привел с собой сто двадцать слонов, а Гней Помпей, старший сын Помпея, подтянул флот. Это была внушительная сила, и у Помпеев оказался реальный шанс изменить положение в свою пользу.
Но из-за проволочек они снова его упустили. Им следовало воспользоваться тем, что Цезарь, оставив в Малой Азии свою армию, попал в Александрии в ловушку, и вторгнуться в Италию. К несчастью для нее, африканская армия все это время дожидалась, когда ее руководители прекратят ссориться, ибо среди них только Катон думал об общем деле, а не о том, чтобы увеличить свою власть.
Армия находилась еще в Африке, когда Цезарь наконец отправился туда, чтобы разгромить Помпеев. Противники встретились у города Тапс, примерно в ста милях к югу от Утики, 4 февраля 46 г. до н. э. В войске Цезаря было много новобранцев, в чьей стойкости он сомневался. Поэтому он попытался придержать их, задумав выпустить в битву в самый решающий момент. Однако его солдаты сами ринулись в бой и снесли все на своем пути. Слоны противника, испугавшись пущенных в них стрел, бросились назад сквозь ряды своей же армии и только усилили их расстройство. Победа Цезаря была полной.
Когда остатки разгромленной армии вернулись в Утику, Катон попытался убедить своих воинов подготовить город к обороне, но они боялись воевать с Цезарем. Поэтому Катон велел погрузить деморализованную поражением армию на корабли и отвезти ее в Испанию. Друзья и члены семьи думали, что он последует за ними, но в ночь перед отплытием Катон покончил жизнь самоубийством.
Юба последовал его примеру, и Нумидия, которой когда-то правили Масинисса и Югурта, перестала существовать. Восточная ее часть была захвачена Римом и вошла в состав провинции Африка, а западная была присоединена к Мавритании, номинально независимому царству, которое оставалось верным Цезарю.
Цезарь вернулся в Рим более могущественным, чем когда-либо прежде. После победы при Фарсале он был избран консулом на пять лет и каждый год избирался диктатором. Теперь, после Тапса, он стал диктатором на десять лет.
В июле 46 г. до н. э. Цезарь четыре дня подряд отмечал триумфы в Риме в честь своих побед над Галлией, Египтом, Понтом и Нумидией.
Осталось выиграть одну последнюю битву — в Испании до сих пор воевала армия Гнея Помпея. Цезарь со своими легионами отправился туда, и 15 марта 45 г. до н. э. состоялось сражение у города Мунды. Помпейские легионы стойко сражались, потеснив войско Цезаря. На какое-то мгновение Цезарю, вероятно, почудилось, что эта последняя битва, как и у Ганнибала, уничтожит плоды всех его прежних побед. В отчаянии он схватил меч и щит и бросился в гущу сражавшихся, крича отступавшим легионерам: «Вы хотите, чтобы ваш полководец попал в руки неприятеля?»
Воодушевленные его примером, солдаты бросились на врага и разгромили его. Последняя армия Помпея погибла. Гней Помпей бежал с поля боя, но был настигнут и убит.
Цезарь еще несколько месяцев пробыл в Испании, реорганизуя управление этой провинцией, а затем вернулся в Рим и в октябре 45 г. до н. э. отпраздновал еще один триумф. Он был назначен пожизненным диктатором, и никто уже не сомневался, что, дождавшись удобного момента, он объявит себя царем.
Почти все время своего пребывания у власти Цезарь сражался с врагами. Однако с июня по сентябрь 46 г. до н. э. и с октября 45 г. до н. э. по март 44 г. до и. э., то есть всего восемь месяцев, он находился в Риме и развивал бурную деятельность по реорганизации административных структур.
У Цезаря хватило ума понять, что город Рим не сможет управлять огромной территорией страны. Он увеличил число сенаторов до девятисот человек за счет выходцев из провинций. Это сильно ослабило партию консерваторов, поскольку сенат больше уже не был защитником интересов узкой кучки олигархов, тесно связанных между собой. Зато эта мера усилила римское государство в целом, поскольку провинции получили право голоса в правительстве. Цезарь пытался помочь подвластным государствам и другим способом — реформируя систему налогообложения.
Цезарь первым присвоил право называться римскими гражданами людям, жившим за пределами Италии, Это право получили жители Цизальпинской Галлии, а также население нескольких городов Трансальпийской Галлии и Испании. Цезарь особенно заботился об ученых, которым было даровано право гражданства вне зависимости от места их рождения. Он планировал дать гражданство и сицилийцам, но не успел сделать этого.