Наиболее чувствительный удар нанесла христианству школьная реформа Юлиана. Первый указ касался назначения профессоров в главные города империи. В прежнее время назначение профессоров находилось в ведении города. Теперь же кандидатов утверждал император.
Еще важнее был второй указ, сохранившийся в письмах Юлиана: «Все, кто собирается чему-либо учить, должны быть доброго поведения и не иметь в душе направления, несогласного с государственным».
Указ считает нелепым, чтобы лица, объясняющие Гомера, Гесиода, Демосфена, Геродота и других античных писателей, сами отвергали чтимых этими писателями богов. Таким образом, Юлиан запретил христианам обучать риторике и грамматике, если они не перейдут к почитанию богов. Косвенно же христианам было запрещено и учиться, раз они не могли (морально) посещать языческие школы.
Летом 362 года Юлиан предпринял путешествие в восточные провинции и прибыл в Антиохию, где население было христианским. Столица Сирии осталась совершенно холодна к симпатиям императора. Юлиан рассказал историю своего визита в своем сатирическом сочинении «Мисопогон, или Ненавистник бороды». Конфликт обострился после пожара храма в Дафне, в чем заподозрили христиан. Рассерженный Юлиан приказал в наказание закрыть главную антиохийскую церковь, которая к тому же была разграблена и подверглась осквернению.
Главной внешнеполитической задачей Юлиан считал борьбу с Ираном, где в это время правил шахиншах Шапур II Великий. Поход в Персию (весна — лето 363 года) поначалу складывался весьма успешно: римские легионы дошли до столицы Персии — Ктесифона.
Ктесифон был найден неприступным даже для огромного римского войска, хотя ранее римские войска уже трижды овладевали этим городом. Положение усугублялось тем, что римские подкрепления и армянские союзники, которым надлежало нанести удар по Ктесифону с севера, не явились.
26 июня 363 года в битве при Маранге Юлиан получил три ранения: в руку, грудь и печень. Последняя рана стала смертельной.
По некоторым сообщениям, раны были нанесены солдатом его собственной армии, чем-то обиженным им. Согласно другим слухам, смерть Юлиана была на самом деле самоубийством: поняв, что положение его армии безнадежно, он искал смерти в бою и кинулся на вражеское копье. Из всех его современников лишь его друг, знаменитый оратор Либаний, сообщает, что его убил христианин, однако и он признает, что это лишь предположение.
Очевидец и участник событий Аммиан Марцеллин пишет о смерти Юлиана как о трагическом несчастном случае, вызванном неосторожностью:
«Вдруг император, который в этот момент вышел немного вперед для осмотра местности и был без оружия, получил известие, что на наш арьергард неожиданно сделано нападение с тыла. Взволнованный этим неприятным известием, он забыл о панцире, схватил в тревоге лишь щит и поспешил на помощь арьергарду, но его отвлекло назад другое грозное известие о том, что передовой отряд, который он только что оставил, находится в такой же опасности. Пока он, забыв о личной опасности, спешил восстановить здесь порядок, персидский отряд катафрактов совершил нападение на находившиеся в центре наши центурии. Заставив податься левое крыло, неприятель стремительно стал нас окружать и повел бой копьями и всякими метательными снарядами, а наши едва выдерживали запах слонов и издаваемый ими страшный рев. Император поспешил сюда и бросился в первые ряды сражавшихся, а наши легковооруженные устремились вперед и стали рубить поворачивавших персов и их зверей в спины и сухожилия. Забывая о себе, Юлиан, подняв руки с криком, старался показать своим, что враг в страхе отступил, возбуждал ожесточение преследовавших и с безумной отвагой сам бросался в бой. Кандидаты, которых разогнала паника, кричали ему с разных сторон, чтобы он держался подальше от толпы бегущих, как от обвала готового рухнуть здания, и, неизвестно откуда, внезапно ударило его кавалерийское копье, рассекло кожу на руке, пробило ребра и застряло в нижней части печени. Пытаясь вырвать его правой рукой, он почувствовал, что разрезал себе острым с обеих сторон лезвием жилы пальцев, и упал с лошади. Быстро бежали к нему видевшие это люди и отнесли его в лагерь, где ему была оказана медицинская помощь… Все умолкли, лишь сам он глубокомысленно рассуждал с философами Максимом и Приском о высоких свойствах духа человеческого. Но вдруг шире раскрылась рана на его пробитом боку, от усилившегося кровотечения он впал в забытье, а в самую полночь потребовал холодной воды и, утолив жажду, легко расстался с жизнью…»
Колонна Юлиана в Анкаре
Юлиан был похоронен в языческом капище в Тарсе, Киликия; впоследствии же тело его было перенесено на его родину в Константинополь и положено в церкви Святых Апостолов рядом с телом его супруги, в пурпурном саркофаге, но без отпевания.