В связи с этим Сергеев признал: «1. что по собранным следствием данным событие преступления представляется доказанным; 2. что б. император Николай II, б. императрица Александра Федоровна, наследник цесаревич, в. княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия Николаевны убиты одновременно, в одном помещении, многократными выстрелами из револьверов; 3. что тогда же и при тех же обстоятельствах убиты состоявший при царской семье лейб-медик Евгений Сергеевич Боткин, комнатная служанка Анна Демидова и слуги Харитонов и Трупп; 4. что убийство задумано заранее и выполнено по выработанному плану, что сопровождалось оно такими действиями, которые носили характер жестокости и особенных мучений для жертв преступления, причем убийцы завладели имуществом убитых». Такое описание сразу же вызывало подозрения в том, что в Доме Ипатьева было совершено ритуальное убийство.
В начале 1919 года адмирал Александр Колчак назначил генерала Михаила Дитерихса надзирать за ходом расследования. 23 января он забрал все материалы дела у следователя Сергеева, а в начале февраля передал расследование следователю по особо важным делам Омского окружного суда Николаю Соколову, который и вел его до июля 1919 года в Екатеринбурге, а впоследствии — в эмиграции.
Соколов уже в конце февраля 1919 года опубликовал в Омской газете «Заря» некоторые результаты своего расследования этого убийства и сообщил о найденных возле шахты на Исетском руднике некоторых вещах убитых, пулях, отрезанном пальце и пр. В период с мая по 10 июля 1919 года Соколов собрал множество вещественных доказательств, опросил сотни свидетелей, провел десятки экспертиз. После захвата красными Екатеринбурга (15 июля 1919 года) Соколов продолжал работу и во время отступления белых, проводя допросы свидетелей и экспертизы, вплоть до Харбина. Собранные им вещественные доказательства и документы Соколов при помощи главы французской миссии генерала Жанена в 1920 году перевез из Харбина во Францию. Работу по опросу свидетелей и экспертизам материалов Соколов продолжал и в эмиграции вплоть до своей смерти. Часть материалов следствия была опубликована Соколовым в 1924 году на французском языке. Его незаконченная книга «Убийство царской семьи. Из записок судебного следователя Н.А. Соколова» увидела свет уже после его смерти в 1925 году в Париже. Затем она была в разных редакциях издана не однажды. (См.:
По мнению некоторых экспертов, книга Соколова «имеет признаки жесткого редактирования посторонними лицами». В частности, в этом издании не уделено внимания теме ритуального убийства и причастности к нему евреев, о чем говорил Соколов в своей прижизненной публикации в Париже. Вейлу этого его полное авторство ставится под сомнение. (См.:
Тем не менее после Соколова остался свод документов по расследованию убийства царской семьи. Конечно, он не полон. Виной тому, что он сохранился не полностью, и действия тех сил, которые пытались не дать потомкам узнать истину, и исторические обстоятельства. Часть следственных материалов пропала еще при эвакуации через Сибирь во Владивосток (из 50 ящиков дошло лишь 29), часть по пути оттуда в Европу, часть — после загадочной смерти Соколова. Часть следственных материалов и вещественных доказательств, собранных Соколовым, в том числе частицы мощей царственных мучеников в специальном сундучке, оказались в эмиграции в руках М.Н. Гирса, председателя Совещания послов (объединившего в основном послов Временного правительства, то есть февралистов и масонов). Незадолго до своей смерти Гире передал их для хранения графу В.Н. Коковцеву, а тот — масону В.А. Маклакову. Все они отказались передать эти реликвии Русской Зарубежной Церкви и хранили неподобающим образом в одном из парижских банков. В годы войны след их теряется.