О возможных средствах его осуществления в лоне Собрание выражается широкое согласие. Робеспьер, как и другие, верит в действенность политического правосудия и поощряет в Комитете общественного спасения создание революционных судебных органов в провинции. Он, как и другие, верит в легитимность процесса королевы, которого он требовал в течение долгих месяцев. Он, как и другие, теперь верит в необходимость суда над жирондистами, которых он рассматривает как сообщников врагов-англичан и, говорит он, ответственных за пролитую кровь, "в Бельгии, в Вандее, в Тулоне и повсюду, где эта преступная фракция осуществляла своё влияние".
Однако Робеспьер акцентирует внимание на необходимости поразить только несущих ответственность. Когда, по завершении доклада Амара, 3 октября, он поддерживает обвинение против примерно сорока жирондистов, он знает, что ждёт многих из них. Он принимает это, как и огромное большинство Собрания. Он также соглашается на арест шестидесяти трёх депутатов, протестовавших против дня 2 июня 1793 г. Но, когда Осселен предлагает издать постановление об их уголовном преследовании и судить их, Робеспьер решительно противится этому; согласно ему, Конвент должен щадить "сбившихся с пути". Не следовало бы полагать, что его позицию легко защитить; сначала она встречена осуждающим шумом на ступенях и на трибунах. Тогда, по привычке, Робеспьер оправдывается своими заслугами и своей публичной добродетелью: "Я далёк от того, чтобы защищать ненавистную фракцию, с которой я боролся в течение трёх лет, и жертвой которой я чуть не стал множество раз; моя ненависть к предателям равна моей любви к родине; кто осмелился бы сомневаться в этой любви?" Зал успокаивается, затем выражает одобрение. Робеспьер позволил пощадить протестовавших депутатов, многие из которых вскоре вернуться, чтобы заседать в Конвенте через несколько месяцев после термидора. В последующие дни он подтверждает свою позицию в Якобинском клубе: "Не пытайтесь умножать виновных; пусть падут головы вдовы тирана и лидеров заговора; но после этих необходимых примеров, будем скупы на пролитие крови".
Тем не менее, Робеспьер не склоняется к снисходительности; как и предыдущей весной, как и следующей весной, он от неё отказывается. 12 октября он пишет представителям миссии в Лионе: "Нужно разоблачить предателей и поразить их без жалости". На следующий день он предписывает Изабо и Тальену в миссии на Юго-Западе: "Сурово и быстро наказывайте предателей и роялистов, особенно лидеров и главных участников жирондистских и контрреволюционных интриг". Вскоре представители в миссиях, Колло д'Эрбуа, Альбитт, Лапорт и Фуше будут руководить лионскими казнями; республиканская армия разгромит вандейских мятежников в Мане и Савене, адские колонны генерала Тюрро опустошат воинственную Вандею; представитель Карье свяжет своё имя с роковыми нантскими расстрелами и потоплениями… Конечно, в такой форме и с таким масштабом эти чрезвычайные насильственные действия проводятся отчасти по местным решениям; однако они также являются ответами, иногда поддерживаемыми, иногда прицаемыми, на ужасные декреты Конвента, на суровые постановления Комитета общественного спасения.
Чтобы наказать за непокорность Лион, Собрание предписывает его разрушить и стереть его название с карты французских городов (12 октября 1793-21 вандемьера II года), а затем проинформировать об исполнении своих декретов. В декабре Дорфёйль сообщает ему, что "четыре или пять сотен контрреволюционеров, которыми заполнены тюрьмы, вскоре искупят в один из этих дней все свои преступления". Комитет, со своей стороны, поддерживает регулярную переписку с представителями в миссии. Сам Робеспьер находится в прямой связи с некоторыми коллегами на месте. 23 ноября (3 фримера) Колло д'Эрбуа пишет ему: "Много раз по двадцать виновных понесли наказание, подобающее за их злодеяния в тот же самый день. Это ещё медленно для правосудия целого народа, который должен поразить всех своих врагов сразу, и мы будем заботиться о том, чтобы выковать молнию, но поверь мне, друг, оцени трудности и подумай, что первые мгновенья, в которые всё должно было быть исполнено, были потеряны, и то, что мы сделали, это очень много". Собрание, комитеты и Робеспьер соглашаются.