Начало царствования оказалось безрадостным. С возведением на трон Михаила Смута не закончилась. На юге собирали силы мятежники атамана Ивана Заруцкого, действовавшего от имени «царицы» Марины Мнишек и её сына — «царевича» Ивана. В 1615 году шведский король Густав Адольф пытался овладеть Псковом, а на западной границе шла война с отрядами Сигизмунда III и Владислава, предпринимавшего походы на Москву вместе с отечественными «ворами» и запорожскими казаками гетмана Петра Сагайдачного. Польский король с королевичем третировал нового царя как изменника — «Фи-ларетова сына, холопа нашего». По стране бродили отряды казаков, порой бравшие штурмом такие крупные города, как Вологда. Казна хронически пустовала. «Великий государь» должен был просить взаймы у подданных, в том числе у богатых солепромышленников Строгановых, ведь «в нашей казне денег и в житницах хлеба на Москве нет ни сколько». Купцы пожаловали три тысячи рублей — и стали «именитыми людьми», то есть получили право называться по имени-отчеству. Хорошо ещё, что восточный сосед шах Аббас I не только сразу признал новую династию Романовых, но выделил заём в семь тысяч рублей и в 1625 году прислал в Москву подарки: ценную реликвию — ризу Богородицы — и роскошный трон.
С огромным трудом правительству царя Михаила удалось справиться с опасностью. В 1614 году на Яике (Урале) были своими же казаками схвачены Заруцкий и его «царица»; мятежный атаман посажен на кол, а трёхлетний «ворёнок» публично повешен в Москве. Столбовский мир со Швецией (1617) и Деулинское перемирие с Польшей (1618) завершили иностранное вторжение — дорогой ценой: Россия была на столетие отрезана от Балтики и надолго потеряла Смоленск и ряд других юго-западных земель. К 1619 году удалось справиться с казачьей вольницей: часть казаков получила жалованье и даже поместья, других отправили по разным городам и границам. Великая Смута завершилась.
Вызванное ею разорение трудно выразить в цифрах, но его вполне можно сравнить с разрухой после Гражданской войны 1918—1920 годов или ущербом от военных действий и оккупации во время Великой Отечественной войны. Официальные переписи — писцовые книги и «дозоры» 20-х годов XVII века — постоянно фиксировали «пустошь, что была деревня», «пашню, лесом поросшую», пустые дворы, чьи хозяева «сбрели безвестно». По многим уездам Московского государства «запустело» от половины до трёх четвертей пахотной земли; появился целый слой разорённых крестьян-«бобылей», которые не могли самостоятельно вести хозяйство. Заброшенными оказались целые города (Радонеж, Микулин); в других (Калуге, Великих Луках, Ржеве, Ряжске и пр.) количество дворов составляло треть или четверть от досмутного. По современным демографическим подсчётам, численность населения восстановилась только к 1640-м годам.
Надо было воссоздать разрушенную систему управления, возродить армию, наладить финансы, наконец, заставить людей поверить в то, что новая власть — не только реальная, но и истинная, праведная. Между тем утрата «природной» династии и многолетняя Смута не прошли даром. В 1620—1630-х годах находились люди, верившие в то, что «царь Дмитрий» жив. Продолжали появляться подражатели Лжедмитриев, а затем и «царские дети»; так, под именем сына царя Дмитрия выступал казак Иван Вергунок. Одними из лжемонархов были авантюристы заграничного происхождения, как астраханский армянин Мануил Сеферов сын, оказавшийся после смерти от-ца-торговца в Стамбуле и выдавший себя за Ивана — «сына царя Дмитрия Ивановича и царицы Марины Юрьевны». В 1626 году он объявился в Польше при гетмане Станиславе Конецпольском и познакомился с другим самозванцем — «царевичем Симеоном Васильевичем Шуйским». Последний был представлен королю и заявил, что «соблюл де ево и вскормил в порубежных городех торговой человек, и как де он возмужал, и тот де торговой человек привёз ево к запорожским казаком, и сказал про нево... что он царя Васильев сын».
Претенденты подружились было, но пути их разошлись. Мануил отправился гонцом от короля в Иран, но по дороге загулял в занятом донскими казаками Азове. За непомерные долги кредиторы отправили его прямиком в Москву. Там за него взялись, подозревая в шпионаже, обнаружили во время осмотра странные знаки на теле — и в итоге признали самозванцем. Его дальнейшая судьба неизвестна — то ли казнили, то ли, наказав кнутом, сослали на каторгу.
«Сын» Шуйского из Речи Посполитой отправился в Турцию и по дороге, на свою беду, задержался у молдавского господаря Василия Лупу. Молдавский правитель, не желая связываться с сомнительной личностью, сообщил о нём в Москву. Оттуда в сентябре 1639 года в Молдавию был отправлен посланник Богдан Дубровский с заданием любой ценой устранить самозванца. Впрочем, особо усердствовать не пришлось: господарь передал своего гостя москвичу. Сведений о ходе следствия не сохранилось, но, скорее всего, самозванец был убит по дороге в Москву. Молдавскому господарю в благодарность за услугу отправили набитую золотыми монетами кожу, снятую с выданного им «вора».